Moore, J.: Oxford Academic Vocabulary Practice. OUP, 2017.
Kolaříková, Z., Petruňová, H., Timková, R.: Angličtina v akademickom prostredí – cvičebnica. Košice, Vydavateľstvo ŠafárikPress, 2021.
Tomaščíková, S., Rozenfeld, J. Developing Academic English in Speaking and Writing. Vydavateľstvo ŠafárikPress, 2021.
McCarthy, M., O´Dell, F.: Academic Vocabulary in Use. CUP, 2008.
Štepánek, L., J. De Haff a kol.: Academic English-Akademická angličtina. Grada Publishing, a.s., 2011.
Armer, T.: Cambridge English for Scientists. CUP, 2011.
lms.upjs.sk
Absolvovanie e-kurzu Anglický jazyk pre doktorandov (lms.upjs.sk), konzultácie (1-3).
Písomné zadania - Profesijný/akademický štruktúrovaný životopis, krátky akademický životopis
anglický jazyk B2 podľa SERR
Špecifiká akademického a odborného jazyka so zameraním na správnu výslovnosť, na rozvoj slovnej zásoby (menné a slovesné kolokácie, frázové slovesá, predložkové spojenia, slovotvorba, formálna/neformálna angličtina a i.), na vybrané gramatické aspekty (predložky, gramatické časy, trpný rod a i.), na akademické písanie (profesijný/akademický štruktúrovaný životopis a krátky akademický životopis).
Upevnenie jazykových zručností študentov - hovorenie, písanie, čítanie a počúvanie s porozumením. Zvýšenie jazykovej kompetencie študentov - študenti sa oboznámia s vybranými fonologickými, lexikálnymi a syntaktickými javmi. Rozvoj pragmatickej kompetencie študentov - študenti dokážu efektívne a účelovo komunikovať, na úrovni B2 podľa SERR so zameraním na akademickú angličtinu a odborný jazyk a terminológiu študijného odboru.
Prezentácia pracoviska doktoranda, jeho vlastného výskumu, vedecko-výskumných aktivít, naštudovanej odbornej literatúry a i.
Moore, J.: Oxford Academic Vocabulary Practice. OUP, 2017.
Kolaříková, Z., Petruňová, H., Timková, R.: Angličtina v akademickom prostredí (cvičebnica). UPJŠ Košice, 2021.
Tomaščíková, S., Rozenfeld, J. Developing Academic English in Speaking and Writing. Vydavateľstvo ŠafárikPress, 2021.
McCarthy, M., O´Dell, F.: Academic Vocabulary in Use. CUP, 2008.
Štepánek, L., J. De Haff a kol.: Academic English-Akademická angličtina. Grada Publishing, a.s., 2011.
Armer, T.: Cambridge English for Scientists. CUP, 2011.
Test, ústna skúška v súlade s požiadavkami na skúšku (dostupné na stránke CJP a v MS TEAMS)
anglický jazyk B2 podľa SERR
Komunikácia na akademickej pôde (sebaprezentácia, prezentovanie na odborných podujatiach, konferenciách a pod.).
Špecifiká akademického a odborného jazyka so zameraním na rozvoj slovnej zásob (formálne vyjadrovanie, akademický slovná zásoba), vybrané gramatické a syntaktické aspekty (trpný rod, nominalizácia), vybrané funkcie jazyka (vyjadrenie názoru, príčiny/následku, argumentovanie, uvádzanie príkladu, popis grafu/tabuľky/schémy, apod.) Jazyková interferencia.
Upevnenie jazykových zručností študentov - hovorenie, písanie, čítanie a počúvanie s porozumením, zvýšenie jazykovej kompetencie študentov - študenti si osvoja vybrané fonologické, lexikálne a syntaktické vedomosti, rozvoj pragmatickej kompetencie študentov - študenti dokážu efektívne využívať jazyk na dosiahnutie konkrétneho účelu, na úrovni B2 podľa SERR so zameraním na akademickú angličtinu a odborný jazyk a terminológiu študijného odboru.
Cieľom predmetu je oboznámiť študentov s metódami získavania a analýzy biologických sekvencií s využitím či už PC a voľne dostupného programového vybavenia (BioEdit, Prophet, GeneDoc, RasMol, VNTI-Viewer, MAGA), ako aj s použitím programového vybavenie dostupného cez www sieť. Okrem základných informácií získajú študenti aj informácie o niektorých špecializovaných analýzach – molekulárnej taxonómii, fylogenetickej analýze a predpovedaní štruktúr biopolymérov.
The phylogenetic handbook, Salemi, M., Vandamme, A-M., Cambridge University Press, 2003, 485 s.
Bioinformatics: a practical guide to the analysis of genes and proteins, Baxevanis, AD; Francis Ouellette, BF. 4th edition, Wiley, 2020, 609 s.
Samostatná práca.
Samostatná práca na zadaniach počas semestra
Záverečná práca, skúška.
slovenský, anglický
slovak
Použitie PC a online web serverov pri analýze sekvencií. Voľne dostupné biologické databázy (PubMed, GenBank, SwissProt). Analýza nukeotidových sekvencií. Analýza proteínových sekvencií. Párové porovnania sekvencií – blast analýza. Porovnanie viacerých sekvencií – program clustal. Molekulárna taxonómia baktérií. Evolučné a fylogenetické analýzy. Predpovedanie sekundárnej a terciárnej štruktúry biopolymérov.
Študent získa informácia a praktické skúsenosti s metódami získavania a analýzy biologických sekvencií s využitím či už PC a voľne dostupného programového vybavenia (BioEdit, RasMol, VNTI-Viewer, MAGA), ako aj s použitím programového vybavenie dostupného cez www sieť.
Okrem základných informácií získajú študenti aj informácie o niektorých špecializovaných analýzach – molekulárnej taxonómii, fylogenetickej analýze a predpovedaní štruktúr biopolymérov.
Záverečná práca, skúška.
Získaná citácia v domácom vedeckom časopise.
Získanie citácie preukazuje široké a veľmi dobre podložené vedecké poznanie v skúmanej oblasti, založené na spôsobilosti formulovať výskumné otázky, reflektovať vedecký problém takým spôsobom, ktorý generuje nové poznanie. Zároveň citácia v indexovanom zdroji preukazuje kompetentnosti komunikovať nové poznanie, ktoré je významným príspevkom k vedeckému poznaniu, na významnej expertnej úrovni.
Získaná citácia registrovaná v SCI alebo Scopus
Získanie citácie preukazuje široké a veľmi dobre podložené vedecké poznanie v skúmanej oblasti, založené na spôsobilosti formulovať výskumné otázky, reflektovať vedecký problém takým spôsobom, ktorý generuje nové poznanie. Zároveň citácia v indexovanom zdroji preukazuje kompetentnosti komunikovať nové poznanie, ktoré je významným príspevkom k vedeckému poznaniu, na najvyššej expertnej úrovni
Absolvovanie certifikovaného odborného kurz.
Doktorand získava aktuálne vedecké poznatky, rozvíja spôsobilosti vedeckej práce a oboznamuje sa s metodikami sprístupňovania vedeckých poznatkov. Konfrontuje vlastné vedomosti a zručnosti s ostatnými účastníkmi kurzu, rozvíja spôsobilosti rovesníckej diskusie v danom vednom odbore.
Získaná citácia v zahraničnom vedeckom časopise.
Získanie citácie preukazuje široké a veľmi dobre podložené vedecké poznanie v skúmanej oblasti, založené na spôsobilosti formulovať výskumné otázky, reflektovať vedecký problém takým spôsobom, ktorý generuje nové poznanie. Zároveň citácia v indexovanom zdroji preukazuje kompetentnosti komunikovať nové poznanie, ktoré je významným príspevkom k vedeckému poznaniu, na najvyššej expertnej úrovni.
Publikácia prijatá v domácom časopise ako autor/spoluautor
Publikovaním v domácom časopise ako autor/spoluautor doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky.
Aktívna účasť na domácej konferencii.
Prednáška alebo posterová prezentácia doktoranda na domácej konferencii.
Aktívnou účasťou na domácej vedeckej konferencii doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu vo svojom vednom odbore. Demonštruje spôsobilosť reflektovať konkrétny vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie a komunikovať výsledky výskumu širšiemu publiku adekvátnymi prostriedkami a prostredníctvom slovenského jazyka
Aktívna účasť na domácej konferencii so zahraničnou účasťou.
Prednáška alebo posterová prezentácia doktoranda na domácej konferencii so zahraničnou účasťou.
Aktívnou účasťou na vedeckej konferencii doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu vo svojom vednom odbore. Demonštruje spôsobilosť reflektovať konkrétny vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie a komunikovať výsledky výskumu širšiemu publiku adekvátnymi prostriedkami a prostredníctvom slovenského alebo cudzieho jazyka.
Poznanie zloženia a funkcie bachorového mikrobiálneho ekosystému a možnosti jeho ovplyvňovania.
Stanislav Bartoš, Mikrobiológia a biochémia trávenia v bachore prežúvavcov, ČSAV.
Skúška.
slovenský
Bachorové prostredie. Bachorové mikroorganizmy a ich druhové zloženie. Funkcie jednotlivých mikroorganizmov pri trávení rastlinnej potravy. Genetika vybraných bachorových mikroorganizmov. Možnosti genetickej modifikácie bachorových mikroorganizmov.
Poznanie zloženia a funkcie bachorového mikrobiálneho ekosystému a možnosti jeho ovplyvňovania.
Skúška.
Cieľom predmetu je oboznámiť študentov s aplikáciou moderných biochemických a molekulárno biologických metód pre analýzu génov, overprodukciu rekombinantných proteínov, kvantifikáciu génovej expresie a ich využití v biotechnológiách.
Molecular biomethods handbook. Rapley, R. a Walker, J.M. Humana press 1998, 725 s.
samostatná práca, referáty
samostatná práca, referáty
záverečná práca, skúška
slovenský
Rekombinantné DNA techniky a ich využitie pri analýze génov, vektory a klonovacie systémy. Riadená expresia génov. Purifikácia rekombinantných proteínov. Moderné PCR metódy - kvantitatívna pCR. Genomika, proteomika, metabolomika.
Cieľom predmetu je oboznámiť študentov s aplikáciou moderných biochemických a molekulárno biologických metód pre analýzu génov, overprodukciu rekombinantných proteínov, kvantifikáciu génovej expresie a ich využití v biotechnológiách.
záverečná práca, skúška
Zborník príspevkov z Jarnej školy doktorandov vydaný na záver podujatia.
Aktívna účasť na Jarnej škole doktorandov. Prezentácia výsledkov vlastnej vedeckej práce alebo vedeckého projektu doktorandského štúdia.
slovenský, anglický
1. Interdisciplinárne prednášky z odborov medicína, prírodné vedy,právo, verejná sráva, humanitné vedy. Prednášatelia - špičkoví zahraniční alebo domáci odborníci z uvedených odboroch.
2. Vedecké prednášky v sekciách vytvorených rámci príbuzných odborov. Prednášatelia - špičkoví odborníci z UPJŠ z uvedených odborov.
3. Vedecké príspevky doktorandov v sekciách príbuzných odborov.
4. Panelové diskusie k problematike doktorandského štúdia a k aktuálnym trendom rozvoja vedných disciplín na UPJŠ.
1. Interdisciplinárne prednášky z odborov medicína, prírodné vedy,právo, verejná sráva, humanitné vedy. Prednášatelia - špičkoví zahraniční alebo domáci odborníci z uvedených odboroch.
2. Vedecké prednášky v sekciách vytvorených rámci príbuzných odborov. Prednášatelia - špičkoví odborníci z UPJŠ z uvedených odborov.
3. Vedecké príspevky doktorandov v sekciách príbuzných odborov.
4. Panelové diskusie k problematike doktorandského štúdia a k aktuálnym trendom rozvoja vedných disciplín na UPJŠ.
100/0
Získanie vedomostí o aktuálnych trendoch rozvoja vedných disciplín na UPJŠ v domácom i medzinárodnom kontexte. Prezentácia vlastných vedeckých výsledkov alebo vedeckého projektu doktorandského štúdia v komunite doktorandov vlastného odboru i príbuzných vedných odborov.
Oboznámiť študentov doktorandského štúdia s vlastnosťami proteínov, zákonitosťami foldingu a biosyntézy proteínov, vznikom a charakteristikami misfoded a agregovaných proteínov, ako aj s významnými a novými technikami štúdia proteínov.
1. David L. Nelson, Michael M. Fox, Lenhinger principles of biochemistry, W.H.Freeman, New York, 2004.
2. J.M. Berg, J.L. Tymoczko, L. Stryer, Biochemistry, W.H.Freeman, New York, 2007.
3. Thomas E. Creighton, Proteins, Structure and Molecular Properties (2nd Ed.), W.H.Freeman; New York, 1993.
4. Odborné vedecké články.
Vypracovanie seminárnej práce na tému súvisiacu s predmetom a s témou
doktorandského štúdia študenta. Diskusia so skúšajúcim o téme
seminárnej práce, v ktorej študent preukáže, že má dostatočné
vedomosti z predmetu.
slovenský
1. Chemické vlastnosti polypeptidov (polymérna štruktúra proteínov, aminokyseliny a ich vlastnosti, polypeptidová chrbtica...).
2. Metódy určovania proteínovej štruktúry. Fyzikálne interakcie určujúce vlastnosti proteínov, konformačné vlastnosti polypeptidového reťazca. Biosyntéza proteínov.
3. Rozpustné proteíny a membránové proteíny (zbalený stav, denaturovaný stav a zle zbalený (misfolded) stav globulárnych proteínov...) – stabilita zbalenej konformácie proteínov, flexibilita a dynamika proteínovej štruktúry. Porovnanie a príklady zle zbalenej (misfolded) konformácie proteínu a agregovaného proteínu.
4. Stabilita proteínov - termodynamická a kinetická stabilita. Metódy na stanovovanie stability proteínov. Modifikácia stability proteínov: solvent engineering, display/evolučné technológie.
Oboznámiť študentov doktorandského štúdia s vlastnosťami proteínov, zákonitosťami foldingu a biosyntézy proteínov, vznikom a charakteristikami misfoded a agregovaných proteínov, ako aj s významnými a novými technikami štúdia proteínov.
Skúška
Konzultant záverečnej práce.
Konzultovaním záverečnej práce doktorand preukazuje široké a vedecky podložené poznanie v študijnom odbore, ako aj poznanie širokého spektra metód a prístupov. Preukazuje spôsobilosť kriticky posúdiť odborný problém a jeho navrhované riešenie, ako aj vyhodnotiť ho a prípadne navrhnúť iné riešenie. Aplikuje poznatky a spôsobilosti z oblasti pedagogických vied do vlastného odboru
1. B. Halliwell and J.M.C. Gutteridge: Free Radicals in Biology and Medicine, Oxford Science Publications, 2000.
2. M.B. Jackson: Molecular and Cellular Biophysics, Cambridge Univ. Press 2006.
3. R.M.J. Cotterill: Biophysics – An Introduction, J.Wiley & Sons,Ltd. 2002.
4. G. Krauss: Biochemistry of Signal Transduction and Regulation, Wiley/VCH 2003.
5. D. G. Nicholls and S.J Ferguson: Bioenergetics 4, Elsevier, 2013.
6. M. Ramirez-Alvarado, J. W. Kelly, C. M. Dobson: Protein Misfolding Diseases: Current and Emerging Principles and Therapies; 2010 John Wiley & Sons, Inc.
7. L. Montagnier, R. Olivier, C. Pasquier: Oxidative Stress in Cancer, AIDS, and Neurodegenerative Diseases. CRC Press , 2019.
Aktívne riešenie zadaných problémov k problematike; účasť na prednáškach; skúška.
slovenský a anglický
1. Oxidačný stres – všeobecný úvod
Oxidačný stres - úvod a história. Teórie starnutia. Mitochondriálna, radikálová teória starnutia. Kyslík a jeho deriváty. Reaktívne formy kyslíka (ROS). Voľné radikály. Zdroje ROS. Chémia voľných radikálov a neradikálových reaktívnych druhov. Oxidačné poškodenie biomolekúl. Oxidačné poškodenie jadrovej a mitochondriálnej DNA. Peroxidácia lipidov. Produkty peroxidácie lipidov. Oxidačné modifikácie proteínov.
2. Úloha mitochondrií pri vzniku oxidačného stresu
Štruktúra a funkcia mitochondrií – všeobecný úvod. Mitochondriálny elektrón-transportný reťazec. Tvorba kyslíkových radikálov a oxidačný stres v mitochondriách. Popis jednotlivých elektrón-transportných komplexov a ich úlohy pri oxidačnom strese. Monitorovanie membránového potenciálu mitochondrií. Spúšťanie apoptózy v mitochondriách.
3. Bunkový redoxný stav: voľné radikály a oxidačný stres
Tvorba a charakterizácia reaktívnych foriem: Singletový kyslík. Superoxidový radikál. Peroxid vodíka. Hydroxylový radikál. Peroxylové radikály. Reaktívne formy dusíka (RNS). Chémia voľných radikálov a príbuzných reaktívnych druhov. Reakčný mechanizmus radikálov. Chémia radikálov, termodynamika a kinetika. Chémia biologicky významných radikálov a ne-radikálových foriem. Detekcia voľných radikálov a ostatných reaktívnych foriem.
4. Oxidačný stres v patogenéze
Neurodegeneratívne ochorenia: Parkinsonova (PD) a Alzheimerova choroba (AD). Úloha oxidačného stresu v patogenéze AD a PD. Kaskády vedúce k degenerácii dopamínových buniek. Účasť antioxidantov v neurodegeneratívnych ochoreniach. Oxidačný stres a kardiovaskulárne ochorenia, hypoxia a mŕtvica. ROS a infarkt myokardu. Úloha oxidačného stresu v ochoreniach reprodukčného systému. Oxidačný stres v autoimúnnych a metabolických ochoreniach. Oxidačný stres a karcinogenéza. Fyziologický význam oxidačného stresu.
5. Kontrola oxidačného stresu, vychytávanie ROS
Antioxidačná ochrana, definícia a klasifikácia. Mechanizmus účinku antioxidantov. Endogénny bunkový antioxidačný obranný mechanizmus. Exogénne antioxidanty: stopové prvky, vitamíny, doplnky výživy a ich spôsob účinku. Oxidačný stres a stratégie vychytávania/eliminácie. Endogénne a exogénne antioxidanty, ich molekulárna sieť a spôsob účinku pri transkripčnej regulácii ROS a oxidačného stresu.
6. Detekcia voľných radikálov ostatných reaktívnych druhov
Detekcia pomocou elektrónovej spin-rezonancie a zachytávania spinov. Detekcia superoxidového radikálu - histochemická metóda. Detekcia oxidu dusnatého. Nitračná analýza - detekcia peroxynitritu. Metódy priamej a nepriamej detekcie peroxidu vodíka a singletového kyslíka. Detekcia peroxidácie lipidov. Analýza celkovej antioxidačnej aktivity.
Hlavným cieľom kurzu je poskytnúť komplexný prehľad o princípoch a súčasnom stave poznania v oblasti mitochondriálnej bioenergetiky a oxidačného stresu a ich vzájomného prepojenia. Dôraz je kladený na mechanizmy tvorby energie, charakterizáciu jednotlivých komplexov elektrón-transportného reťazca, vznik oxidačného stresu, vznik a charakterizáciu jednotlivých reaktívnych foriem, ale aj na jednotlivé mechanizmy a komponenty bunkovej obrany proti pôsobeniu oxidačného stresu, ako aj biochemické mechanizmy starnutia a chorôb súvisiacich s vekom. V rámci kurzu študenti získajú cenný pohľad na súhru medzi mitochondriálnou bioenergetikou, oxidačným stresom a patologickými procesmi v rámci starnutia organizmu, ale aj s neurodegeneratívnymi ochoreniami súvisiacim s vekom.
Aktívna účasť na medzinárodnej konferencii v zahraničí.
Aktívnou účasťou na medzinárodnej vedeckej konferencii v zahraničí doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu vo svojom vednom odbore. Demonštruje spôsobilosť reflektovať konkrétny vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie a komunikovať výsledky výskumu širšiemu publiku adekvátnymi prostriedkami a prostredníctvom cudzieho jazyka.
Spoluautor monografie v renomovanom vydavateľstve.
Publikovaním monografia v renomovanom vydavateľstve doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky.
Spoluautor monografie.
Publikovaním monografia v renomovanom vydavateľstve doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky
Študent budú disponovať základnými poznatkami o metodológii vedeckej práce, tvorbe a overovaní vedeckých teórií, o návrhu, realizácii a interpretácii vedeckého experimentu, prezentácii vedeckých výsledkov v biochémii a príbuzných odboroch.
Kuhn, T.: Štruktúra vedeckých revolúcií, Bratislava, Pravda, 1997.
Wanunu M., Tor, Yitzhak.: Methods for studing nucleic acids/drug interaction. CRc Press, Taylor and Francis Group, 2012.
Chaires, J.B., Waring, M.J.: Methods in Enzymology, Academic Press, 2001.
seminárne práce
Vypracovanie seminárnej práce na tému súvisiacu s metodickými postupmi a s témou doktorandského štúdia študenta. Diskusia so skúšajúcim o téme seminárnej práce, v ktorej študent preukáže, že má dostatočné vedomosti z predmetu.
slovenský
Vedy o vede, metóda vedy, logika vedy, indukcia a dedukcia, empirické metódy vedy, výstavba vedeckých teórií, metodológia biologických a chemických vied, formulovanie problému, realizácia, interpretácia a vyhodnotenie experimentov, prezentácia výsledkov, zásady tvorby vedeckých publikácií.
Cieľom predmetu je oboznámiť študentov so základnými poznatkami o metodológii vedeckej práce, tvorbe a overovaní vedeckých teórií, o návrhu, realizácii a interpretácii vedeckého experimentu, prezentácii vedeckých výsledkov v biochémii a príbuzných odboroch.
seminárne práce
Oboznámiť doktorandov s najnovšími poznatkami a trendmi v biotechnológiách.
1. Y.H. Hui, Ph.D, Wai-Kit Nip, Leo M.L. Nollet, PhD, Gopinadhan Paliyath, Ph.D., Benjamin K. Simpson, Food Biochemistry and Food Processing, Wiley-Blackwell, 2006.
2. E. M. T. El-Mansi, C. F. A. Bryce, Arnold L. Demain, A.R. Allman, Fermentation Microbiology and Biotechnology, Second Edition, CRS Press, 2006.
3. Principles of Fermentation Technology, Second Edition, P F Stanbury, S. Hall, A. Whitaker, Elsevier Science Ltd., 1999.
4. J. G. Black, Microbiology (seventh edition), John Wiley & Sons, Inc. 2008.
5. J. E. Smith, Biotechnology (fifth edition), UK, University Press, Cambridge, 2009.
6. W. Bains, Biotechnology from A-Z (third edition), Oxford university Press, 2004.
Napísanie seminárnej práce.
slovenský
Metódy, disciplíny a oblasti využitia biotechnológií. Surovinová základňa pre biotechnológie. Génové inžinierstvo, klonovanie, umelé oplodnenie a metódy klasickej rastlinnej biotechnológie. Biomasa - biotechnologický substrát. Bioplyn. Fermentačné procesy, kultivačné zariadenia, typy fermentorov a miešadiel. Potravinárske biotechnológie: alkoholové kvasenie, výroba destilátov, piva a vína. Produkcia mliečnych výrobkov, aminokyselín a vitamínov. Výroba organických rozpúšťadiel: acetónu, butanolu, etanolu. Biotechnológie v medicíne. Produkcia antibiotík, vakcín a proteínov pre terapeutické účely. Čistenie odpadových vôd: biologické filtre, membránové bioreaktory, likvidácia kalov, odstraňovanie tuhých nečistôt a dezinfekcia vody.
Študent budú disponovať najnovšími poznatkami a trendmi v biotechnológiách.
Napísanie seminárnej práce.
Cieľom predmetu je poskytnúť študentom doktorandského stupňa najnovšie poznatky a trendy z oblasti molekulárnej biológie a biochémie so zameraním na nukleové kyseliny.
1. B. Alberts, A. Johnson, J. Lewis , M. Raff , K. Roberts , P.: Walter Molecular Biology of the Cell, Garland Science, Fifth edition, New York, NY, 2008.
2. Neidle S.: Cancer Drug Design and Discovery, Academic Press, First edition, 2007.
3. Krauss G.: Biochemistry of Signal Transduction and Regulation, Wiley-VCH Verlag GmbH, Second Edition, 2003.
Účasť na prednáškach (aj dištančnou formou).
Prednášajúci, ktorý vedie prednášku/seminár ospravedlní odôvodnenú neúčasť študenta (práceneschopnosť, rodinné dôvody a pod.) maximálne na dvoch prednáškach/seminároch počas semestra. V prípade dlhodobejšej odôvodnenej neúčasti (napríklad z dôvodu práceneschopnosti), študent musí dohodnutou náhradnou formou doložiť zvládnutie vymeškaného obsahu predmetu; ústna skúška
slovenský/anglický
Signálny systém buniek. Molekulová podstata neoplastickej transformácie buniek vedúcej k vzniku rakoviny - onkogény, tumor supresujúce gény, regulačné úseky DNA. Génové mutácie a opravné mechanizmy. Indukované pluripotentné kmeňové bunky. Základy fungovania imunitného systému. Aktuálne trendy štúdia interakcií nukleových kyselín, ich biologický význam pri metabolizme. Génová terapia. Génová editácia - CRISPR Cas technológia. Génový silencing. Klasifikácia vírusov na základe genetického materiálu, pôsobenie fyzikálnych a chemických faktorov na vírusy. Biochémia vírusov. Replikácia vírusov. Vírusová onkogenita. Retrovírusy a HIV. Pandemické vírusy- Covid, SARS, MERS, Ebola, chrípka papilomavírusy. Prióny. Aptaméry a nanobiokonjugované systémy. Molekulová podstata prejavu geneticky podmienených ochorení a ich detekcia a diagnostika.
Cieľom predmetu je poskytnúť študentom doktorandského stupňa najnovšie poznatky a trendy z oblasti molekulárnej biológie a biochémie so zameraním sa na nukleové kyseliny.
Skúška
Publikácia uverejnená v nerecenzovanom zahraničnom alebo domácom zborníku ako autor/spoluautor.
Publikovaním v nerecenzovanom zahraničnom alebo domácom zborníku ako autor/spoluautor doktorand preukazuje spôsobilosť identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť finalizovať vlastné myšlienky v písomnom prejave
Uvedená v schválenom zadaní dizertačnej práce.
Dizertačná práca je výsledkom vlastného vedeckého výskumu študenta. Nesmie vykazovať prvky akademického podvodu a musí spĺňať kritériá správnej výskumnej praxe definované v Rozhodnutí rektora č. 21/2021, ktorým sa stanovujú pravidlá posudzovania plagiátorstva na Univerzite Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach a jej súčastiach. Plnenie kritérií sa overuje najmä v procese školenia a v procese obhajoby práce. Ich nedodržanie je dôvodom na začatie disciplinárneho konania.
slovenský alebo anglický
Študent realizuje činnosti pod vedením školiteľa dizertačnej práce. Výsledkom práce študenta má byť splnenie cieľov uvedených v schválenom zadaní dizertačnej práce.
Dizertačná práca má charakter vedeckej práce a študent ňou preukáže rozsiahle zvládnutie teórie a odbornej terminológie študijného odboru, nadobudnutie vedomostí, zručností a kompetentností v súlade s deklarovaným profilom absolventa študijného programu, ako aj schopnosť aplikovať ich originálnym spôsobom pri riešení vybraného vedeckého problému. Študent preukáže schopnosť samostatnej vedeckej práce z obsahového, formálneho a etického hľadiska. Ďalšie podrobnosti dizertačnej práce určuje Smernica č. 1 /2011 o základných náležitostiach záverečných prác a Študijný poriadok UPJŠ v Košiciach pre doktorandské štúdium.
Získanie požadovaného počtu kreditov v predpísanej skladbe podľa študijného poriadku UPJŠ, vypracovanie a obhajoba práce, úspešne vykonaná dizertačná skúška
Vypracovanie písomnej práce v rozsahu 70-80 strán venovanej získaným experimentálnym výsledkom a výsledkom štúdia aktuálneho stavu študovanej odbornej problematiky na základe vlastnej literárnej rešerše.
Práca zahŕňa teoretický prehľad študovanej problematiky, kapitolu "Výsledky a diskusia", kapitolu "Experimentálna časť", zoznam použitej literatúry a kapitolu prehľad ďalších cieľov práce zdokladovaný príslušnými retrosyntetickými analýzami".
Doktorand preukázal predpoklady na úspešné pokračovanie v štúdiu splnením podmienok predpísaných študijným poriadkom pre študijnú a vedeckú časť doktorandského štúdia viažucu sa na tému dizertačnej práce.
Beránek, J. (2023). Moderní pedagogické metody a přístupy. Praha: Portál.
Fiala, M. (2023). Didaktika a metodika v současné škole. Praha: Grada Publishing.
Kováč, M. (2023). Vzdelávanie v 21. storočí: Inovatívne prístupy a metódy. Nitra: Vydavateľstvo UKF v Nitre.
Koudelka, J. (2023). Moderní didaktika a její aplikace. Praha: Karolinum.
Křížová, M., & Šebová, P. (2023). Vzdělávání učitelů: Teoretické a praktické přístupy. Praha: Triton.
Kučerová, M. (2023). Vzdělávání učitelů a profesionální rozvoj. Praha: Triton.
Mocová, M., & Lázňovská, M. (2023). Pedagogika a jej aplikácie v praxi. Bratislava: Vydavateľstvo Spolku slovenských pedagogických pracovníkov.
Novák, J., & Pol, M. (2024). Pedagogické výzkumy a inovace ve vzdělávání. Praha: Portál.
Sikora, J. (2022). Didaktika a metodika vzdelávania: Nové výzvy a trendy. Bratislava: Vydavateľstvo Univerzity Komenského v Bratislave.
Škoda, J. (2022). Efektivní výuka: Praktické strategie a metody. Praha: Grada Publishing.
Švec, J. (2023). Didaktika a školní politika: Teorie a praxe. Praha: Grada Publishing.
Vojtová, K. (2024). Diferenciace a inkluze ve vzdělávání. Praha: Wolters Kluwer.
1. Vypracovanie pedagogického denníka - 100%.
2. Povinná aktívna účasť a dochádzka v súlade so Študijným poriadkom.
slovenský
Osobnosť vysokoškolského učiteľa. Vyučovací štýl učiteľa. Študent vo vysokoškolskej výučbe. Učebné štýly študentov. Možnosti prispôsobenia vyučovacích štýlov učiteľa a učebných štýlov študentov. Interakcia a komunikácia vysokoškolský učiteľ – študent vo vyučovacom procese. Pedagogické kompetencie vysokoškolského učiteľa. Didaktická analýza učiva, učebný text, učebnica. Formy vysokoškolskej výučby. Metódy vysokoškolskej výučby. Metódy preverovania a hodnotenia študentov. Tvorba didaktického testu. Projektovanie vyučovacieho procesu vysokoškolského učiteľa. Sebareflexia vysokoškolského učiteľa.
Študent/ka po absolvovaní predmetu získa vedomosti, zručnosti a kompetencie, t.j. dokáže:
Vedomosti
Definovať a aplikovať základné didaktické zásady, metódy, formy a prostriedky vo vyučovacom procese vysokoškolských odborných predmetov. Identifikovať a špecifikovať edukačné postupy vysokoškolského učiteľa, zamerané na efektívne riadenie výučby, pedagogickú diagnostiku a hodnotenie výsledkov vzdelávania. Rozpoznať rôzne prístupy k pedagogickej evaluácii a ich vplyv na zlepšenie kvality vzdelávacieho procesu na vysokej škole.
Zručnosti
Implementovať účinné edukačné metódy a techniky do výučby odborných predmetov, prispôsobené potrebám vysokoškolských študentov. Vykonávať pedagogickú diagnostiku, hodnotiť pokrok študentov a aplikovať vhodné evalvačné metódy na zlepšenie výsledkov vzdelávania. Analyzovať a reflektovať vlastný vyučovací proces, identifikovať oblasti na zlepšenie a zefektívnenie výučby odborných predmetov, vrátane racionalizácie časovej a obsahovej štruktúry výučby. Prezentovať konkrétne návrhy na zefektívnenie vyučovacieho procesu, vrátane využívania nových technológií a inovatívnych pedagogických prístupov.
Kompetencie
Sebavedome a efektívne riadiť výučbu vysokoškolských predmetov, aplikujúc edukačné spôsobilosti zohľadňujúce špecifiká vzdelávania na vysokej škole. Kriticky reflektovať vlastnú pedagogickú prax a výsledky vzdelávania študentov s cieľom zlepšiť výučbové postupy a dosiahnuť vyššiu kvalitu vzdelávacieho procesu. Aplikovať inovatívne riešenia na racionalizáciu a zefektívnenie vyučovacieho procesu, s cieľom zvýšiť angažovanosť a úspešnosť vysokoškolských študentov.
Študent má získať nadstavbové vedomosti v oblasti klinickej biochémie na molekulovej úrovni a orientácia na najnovšie informácie v klinickej biochémii a patobiochémii.
Musil, J.: Molekulove základy klinické biochemie, Avicenum, 1994.
Rosenthal, M.D., Glew, R.H.: Medical biochemistry – human metabolism in health and disease, Wiley and Sons, 2009.
Aktuálne články z odborných časopisov.
Vypracovanie seminárnej práce na tému súvisiacu s predmetom Pokroky v klinickej biochémii. Diskusia so skúšajúcim o téme seminárnej práce, v ktorej študent preukáže, že má dostatočné vedomosti z predmetu.
slovenský
Výučba sa realizuje prezenčne alebo dištančne s využitím nástroja MS Teams. Formu výučby upresní vyučujúci na začiatku semestra a priebežne aktualizuje.
Molekulová podstata klinickej biochémie (moč, obličky, pankreas, žľazy, srdce a krvný obeh, pľúca a priedušky, pečeň a žlčové cesty) a jej aplikácia v praxi.
Študent má získať nadstavbové vedomosti v oblasti klinickej biochémie na molekulovej úrovni a orientácia na najnovšie informácie v klinickej biochémii a patobiochémii.
Seminárna práca.
Aktívne zapojenie sa do popularizácie vedy.
Preukázaná spôsobilosť prezentovať vedu laickej verejnosti, využívať interaktívne metódy vedeckej komunikácie, identifikovať cieľovú skupinu a prispôsobiť komunikačný jazyk úrovni odborných vedomostí. Doktorand dokáže vzbudiť záujem a motivovať špecifické cieľové skupiny v oblasti svojho vedeckého pôsobenia ale aj v širšom kontexte vedy
Jazyková zdatnosť a organizačné schopnosti.
anglický
Doktorand prácou v organizačnom výbore konferencie preukazuje spôsobilosti a kompetentnosti organizovať samostatne či v tíme vedecké alebo odborné podujatie, zvládnuť realizáciu z hľadiska času a obsahu, efektívne komunikovať slovom a písmom rôznymi technickými prostriedkami podľa potreby aj v cudzom jazyku na odbornej úrovni s rôznymi typmi ľudí, v prípade potreby správne odporúčať riešenia alebo samostatne rozhodovať.
Priama pedagogická činnosť 1 semestrohodina
Pedagogickou činnosťou doktorand preukazuje spôsobilosť prenášať a integrovať poznanie z vlastného študijného odboru do vzdelávania. Je schopný vybrať a aplikovať správne techniky a stratégie manažmentu študijnej skupiny, vysokoškolského vzdelávania a hodnotenia výsledkov vzdelávania. Je spôsobilý navrhnúť a realizovať časť vzdelávacieho procesu v súlade s aktuálnymi trendmi vysokoškolského vzdelávania a požiadavkami kladenými na úroveň komunikačných a digitálnych kompetentností
Priama pedagogická činnosť 2 semestrohodiny
Pedagogickou činnosťou doktorand preukazuje spôsobilosť prenášať a integrovať poznanie z vlastného študijného odboru do vzdelávania. Je schopný vybrať a aplikovať správne techniky a stratégie manažmentu študijnej skupiny, vysokoškolského vzdelávania a hodnotenia výsledkov vzdelávania. Je spôsobilý navrhnúť a realizovať časť vzdelávacieho procesu v súlade s aktuálnymi trendmi vysokoškolského vzdelávania a požiadavkami kladenými na úroveň komunikačných a digitálnych kompetentností.
Priama pedagogická činnosť 3 semestrohodiny
Pedagogickou činnosťou doktorand preukazuje spôsobilosť prenášať a integrovať poznanie z vlastného študijného odboru do vzdelávania. Je schopný vybrať a aplikovať správne techniky a stratégie manažmentu študijnej skupiny, vysokoškolského vzdelávania a hodnotenia výsledkov vzdelávania. Je spôsobilý navrhnúť a realizovať časť vzdelávacieho procesu v súlade s aktuálnymi trendmi vysokoškolského vzdelávania a požiadavkami kladenými na úroveň komunikačných a digitálnych kompetentností.
Priama pedagogická činnosť 4 semestrohodiny
Pedagogickou činnosťou doktorand preukazuje spôsobilosť prenášať a integrovať poznanie z vlastného študijného odboru do vzdelávania. Je schopný vybrať a aplikovať správne techniky a stratégie manažmentu študijnej skupiny, vysokoškolského vzdelávania a hodnotenia výsledkov vzdelávania. Je spôsobilý navrhnúť a realizovať časť vzdelávacieho procesu v súlade s aktuálnymi trendmi vysokoškolského vzdelávania a požiadavkami kladenými na úroveň komunikačných a digitálnych kompetentností.
Alexitch, L. R. (2005). Applying social psychology to education. Social Psychology.–Еd.: Schneider F., Gruman J., Coutts L.–Sage Publications, Inc, 205-228.
Fry, H., Ketteridge, S., & Marshall, S. (2008). A handbook for teaching and learning in higher education: Enhancing academic practice. Routledge.
Mareš, J.: Pedagogická psychologie. Portál, 2013.
Kniha psychologie. Universum, 2014
Čáp, J., Mareš, J.: Psychologie pro učitele. Praha: Portál 2007.
Vágnerová, M.: Školní poradenská psychológie pro pedagogy. Praha: Karolínum 2005.
Cuevas, J. A., Childers, G., & Dawson, B. L. (2023). A rationale for promoting cognitive science in teacher education: Deconstructing prevailing learning myths and advancing research-based practices. Trends in neuroscience and education, 100209.
University teacher and his work in the teaching process with a focus on:
teacher in relation to himself (cognitive, personality, social competencies and competencies in the use of methods), in relation to students and as part of the teacher-student relationship based on selected areas of cognitive psychology, psychology of emotions and motivation, developmental psychology, social psychology , educational psychology and health psychology with application to the university environment
Prípadová štúdia, mikrovýstup, jeho analýza
Aktuálne úpravy predmetu sú uvedené v elektronickej nástenke predmetu.
slovenský
Vysokoškolský učiteľ a jeho pôsobenie v procese vyučovania so zameraním sa na:
učiteľa vo vzťahu k sebe samému (kognitívnym, osobnostným, sociálnym kompetenciám a kompetenciám v oblasti využívania metód), vo vzťahu k študentom a ako súčasť vzťahu učiteľ-žiak na základe vybraných oblastí z kognitívnej psychológie, psychológie emócií a motivácie, vývinovej psychológie, sociálnej psychológie, pedagogickej psychológie a psychológie zdravia s aplikáciou na vysokoškolské prostredie
Obsah predmetu vychádza z vybraných psychologických poznatkov z kognitívnej psychológie, psychológie emócií a motivácie, psychológie osobnosti, vývinovej, sociálnej, pedagogickej psychológie a psychológie zdravia. Výučba je realizovaná kombináciou prednášok s interaktívnymi, zážitkovými metódami, diskusiou, otvorenou komunikáciou pri vzájomnom rešpekte, podpore samostatnosti, aktivity a motivácie študentov.
Osnova:
Vysokoškolský učiteľ a jeho pôsobenie v procese vyučovania so zameraním sa na:
učiteľa vo vzťahu k sebe samému (kognitívnym, osobnostným, sociálnym kompetenciám a kompetenciám v oblasti využívania metód), vo vzťahu k študentom a ako súčasť vzťahu učiteľ-žiak na základe vybraných oblastí z kognitívnej psychológie, psychológie emócií a motivácie, vývinovej psychológie, sociálnej psychológie, pedagogickej psychológie a psychológie zdravia s aplikáciou na vysokoškolské prostredie.
Študenti po absolvovaní kurzu nadobudnú vedomosti umožňujúce porozumieť, zhrnúť a vysvetliť vybrané psychologické poznatky z kognitívnej psychológie, psychológie emócií a motivácie, psychológie osobnosti, vývinovej, sociálnej, pedagogickej psychológie a psychológie zdravia. Osvoja si zručnosti aplikovať uvedené psychologické poznatky nevyhnutné pre profesionálny, kompetentný výkon vysokoškolskej učiteľskej praxe doktorandov a rozvinú si kompetencie vytvoriť a zrealizovať výučbu odbornej témy s uplatneným psychologických poznatkov ako aj hodnotiť svoj výkon a výkon svojich spolužiakov formou konštruktívnej spätnej väzby.
Podaný patent, vynález, vytvorený softvérový produkt.
slovenský
anglický
Spoluautorstvo doktoranda na prihláške k podanému domácemu alebo zahraničnému patentu.
Doktorand preukazuje spôsobilosť vytvoriť inovatívny produkt v danom vednom odbore, alebo s dosahom v interdisciplinárnom meradle či v technickej praxi.
Publikácia prijatá v časopise kategórie Q1 ako spoluautor.
Publikovaním v časopise kategórie Q1 ako spoluautor doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky.
Publikácia prijatá v časopise kategórie Q1 ako prvý alebo korešpondujúci autor.
Publikovaním v časopise kategórie Q1 ako prvý alebo korešpondujúci autor doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky.
Publikácia prijatá v časopise kategórie Q2 ako spoluautor.
Publikovaním v časopise kategórie Q2 ako spoluautor doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky.
Publikácia prijatá v časopise kategórie Q2 ako prvý alebo korešpondujúci autor.
Publikovaním v časopise kategórie Q2 ako prvý alebo korešpondujúci autor doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky.
Publikácia prijatá v časopise kategórie Q3 ako spoluautor.
Publikovaním v časopise kategórie Q3 ako spoluautor doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky.
Publikácia prijatá v časopise kategórie Q3 ako prvý alebo korešpondujúci autor.
Publikovaním v časopise kategórie Q3 ako prvý alebo korešpondujúci autor doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky
Publikácia prijatá v časopise kategórie Q4 ako spoluautor.
Publikovaním v časopise kategórie Q4 ako spoluautor doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky.
Publikácia prijatá v časopise kategórie Q4 ako prvý alebo korešpondujúci autor.
Publikovaním v časopise kategórie Q4 ako prvý alebo korešpondujúci autor doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky.
Publikácia uverejnená v recenzovanom zahraničnom alebo domácom zborníku ako autor/spoluautor.
slovenský,
anglický
Autorstvo alebo spoluautorstvo doktoranda na vedeckej práci publikovanej v zahraničnom alebo domácom recenzovanom vedeckom zborníku.
Publikovaním v recenzovanom zahraničnom alebo domácom zborníku ako autor/spoluautor doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky
Získaná citácia registrovaná v SCI alebo Scopus
Získanie citácie preukazuje široké a veľmi dobre podložené vedecké poznanie v skúmanej oblasti, založené na spôsobilosti formulovať výskumné otázky, reflektovať vedecký problém takým spôsobom, ktorý generuje nové poznanie. Zároveň citácia v indexovanom zdroji preukazuje kompetentnosti komunikovať nové poznanie, ktoré je významným príspevkom k vedeckému poznaniu, na najvyššej expertnej úrovni.
Spoluriešiteľ domáceho projektu.
Participácia na riešení čiastkových vedeckých úloh na domácom projekte ako napríklad VEGA alebo APVV.
Vedecká úroveň projektu zabezpečí odborný rast doktoranda.
Spoluriešiteľ interného VVGS grantu.
Doktorand preukazuje spôsobilosť podieľať sa na tímovej práci, prinášať vlastný vklad do riešenia projektového zámeru v rámci interného grantového systému na UPJŠ. Riešením interného VVGS grantu nadobúda spôsobilosť realizovať projektový zámer podľa stanoveného postupu, dodržiavať harmonogram projektu, koordinovať vlastnú činnosť so spolupracovníkmi, podieľať sa na tvorbe výstupov. Doktorand získava cenné skúsenosti z praktického chodu grantového projektu.
Člen riešiteľského kolektívu v medzinárodnom projekte
anglický
Participácia doktoranda na riešení čiastkových vedeckých úloh na medzinárodnom projekte.
Vedecká úroveň projektu zabezpečí odborný rast doktoranda.
Spoluriešiteľ projektu aplikovaného výskumu
Doktorand preukazuje spôsobilosť podieľať sa na tímovej práci, prinášať vlastný vklad do riešenia projektového zámeru aplikovaného výskumu a preberať zodpovednosť za pridelené úlohy. Riešením projektu aplikovaného výskumu nadobúda spôsobilosť realizovať projektový zámer podľa stanoveného postupu, dodržiavať harmonogram projektu, koordinovať vlastnú činnosť so spolupracovníkmi, podieľať sa na tvorbe výstupov aplikovaného výskumu. Doktorand získava cenné skúsenosti z praktického chodu grantového projektu so zameraním na aplikovaný výskum
odborné knihy, monografie,
Web of Science,
SCOPUS,
pôvodná časopisecká literatúra
slovenský, anglický
Samostatné štúdium odbornej literatúry podľa pokynov vedúceho záverečnej práce.
Samostatná práca doktoranda s knihami, monografiami, databázami a zdrojovými dokumentami, získanie podkladov pre vypracovanie písomnej práce, pre prípravu experimentov, resp. prípravu publikácií.
Oboznámiť doktorandov s najnovšími poznatkami a trendmi v biofyzikálnej chémii.
Aktuálne články z odborných časopisov.
Vypracovanie seminárnej práce na tému súvisiacu s predmetom a s témou
doktorandského štúdia študenta. Diskusia so skúšajúcim o téme
seminárnej práce, v ktorej študent preukáže, že má dostatočné
vedomosti z predmetu.
slovenský
Najnovšie teoretické a experimentálne prístupy k štúdiu biomakromolekúl a biochemických procesov, nové metódy a prístroje, komplexné štúdium biochemických procesov, regulácia a kooperácia, vplyv stresujúcich porúch, membránové procesy.
Oboznámiť doktorandov s najnovšími poznatkami a trendmi v biofyzikálnej chémii.
Skúška
V biologických systémoch sa mnohé biopolyméry vyskytujú v malom množstve, dokonca aj ako individuálne molekuly. V poslednom období boli vypracované metódy na štúdium takýchto systémov. V prednáškach sa bude venovať pozornosť zákonitostiam práce takýchto systémov, ako aj biochemickým a biofyzikálnym metódam výskumu individuálnych molekúl.
1. Christoph Zander, Jörg Enderlein, Richard A. Keller Single molecule detection in solution: methods and applications Wiley, 2002.
2. Chris Gell, David Brockwell, D. Alastair Smith, Handbook of single molecule fluorescence spectroscopy, Oxford University Press, 2006.
3. Experimental oriented journal articles:
/ Keir C Neuman & Attila Nagy Single-molecule force spectroscopy: optical tweezers, magnetic tweezers and atomic force microscopy Nature Methods - 5, 491 - 505 (2008)
/ Chirlmin Joo, Hamza Balci, Yuji Ishitsuka,1 Chittanon Buranachai, and Taekjip Ha, Advances in Single-Molecule Fluorescence Methods for Molecular Biology, Annual Review of Biochemistry 77, 51-76 (2008).
Vypracovanie seminárnej práce na tému súvisiacu s predmetom a s témou
doktorandského štúdia študenta. Diskusia so skúšajúcim o téme
seminárnej práce, v ktorej študent preukáže, že má dostatočné
vedomosti z predmetu.
slovenský
Biomakromolekuly, bunky z hľadiska ich individuálnych vlastností. Základné poznatky o funkcií laserov a iných zariadení (napr. XFEL), vhodných na štúdium biomakromolekúl. Proteíny GFP, farbičky - fluorescenčné sondy, nano a mikročastice. Atómová kontaktová mikroskopia - AFM, MSM. Mikrochipová elektroforéza a mikrohydrodynamické zariadenia (MEMS, Lab on a Chip). Super rozlišovacia mikroskopia, dvoj a viac fotónové procesy. TERS, SERS, Fano rezonancia. SNOM, Fluorescenčná korelačná spektroskopia. GSDM, STED. Storm, FRET, TIRF. Manipulácia s individuálnymi molekulami, bunkami. Optická pinzeta, magnetická pinzeta, optické kryštály s kavitou. Elektrónová mikroskopia (SEM, TEM), Xray mikroskopia. Štúdium membránových procesov, Patch clamp. Elektrická vodivosť v molekulách, grafén, uhlíkové nanotrubky.
V biologických systémoch sa mnohé biopolyméry vyskytujú v malom množstve, dokonca aj ako individuálne molekuly. V poslednom období boli vypracované metódy na štúdium takýchto systémov. V prednáškach sa bude venovať pozornosť zákonitostiam práce takýchto systémov, ako aj biochemickým a biofyzikálnym metódam výskumu individuálnych molekúl.
Skúška
Oboznámiť doktorandov s najnovšími poznatkami v biochémii.
Aktuálne články z odborných časopisov.
Vypracovanie seminárnej práce na tému súvisiacu s predmetom a s témou
doktorandského štúdia študenta. Diskusia so skúšajúcim o téme
seminárnej práce, v ktorej študent preukáže, že má dostatočné
vedomosti z predmetu.
slovenský
Štruktúry biomakromolekúl, interakcie ligandov s biomakromolekulami, nové druhy biologicky aktívnych látok, proteomika, mechanizmy pôsobenia enzýmov, nové poznatky v metabolizme, apoptóza, nadmolekulárne komplexy, metabolity, hormonálne procesy, molekulová fyziológia, bioenergetika.
Oboznámiť doktorandov s najnovšími poznatkami v biochémii.
Skúška.
Oboznámiť študentov doktorandského štúdia s najnovšími poznatkami z biochémie mikroorganizmov.
1. Black, J. G.: Microbiology, Wiley & Sons, Inc., 2008.
2. Johnson, T. R., Case, J.: Laboratory Experiments in Microbiology, 9th Ed., Pearson, 2010.
3. Kayser, F. H., Bienz, K. A., Eckert, J., Zinkernagel, R. M.: Medical Microbiology, Thieme, Stitgart-New York, 2001.
4. Levinson, W.: Review of Medical Microbiology and Immunology, McGraw-Hill International Edition, 2010.
5. Šilhánková, L.: Mikrobiológie pro potravináře a biotechnology. 3. rev. vyd. Praha: Academia, 2002.
6. Willey, J. M., Sherwood, L. M., Woolverton, C. J.: Prescott, Harley, and Klein´s Microbiology, McGraw-Hill International Edition, 2008.
Vypracovanie seminárnej práce na tému súvisiacu s predmetom biochémia mikroorganizmov a s témou
doktorandského štúdia študenta. Diskusia so skúšajúcim o téme
seminárnej práce, v ktorej študent preukáže, že má dostatočné
vedomosti z predmetu.
slovenský
Výučba sa realizuje prezenčne alebo dištančne s využitím nástroja MS Teams. Formu výučby upresní vyučujúci na začiatku semestra a priebežne aktualizuje.
Diverzita mikrobiálneho sveta, mikrobiálna evolúcia, taxonómia a diverzita (mikrobiálna evolúcia, úvod do mikrobiálnej klasifikácie, hodnotenie mikrobiálnej fylogenézy). Ekológia a symbióza. Biogeochemické cykly a úvod do mikrobiálnej ekológie (biogeochemické cykly, fyzikálne prostredia, mikrobiálne technológie a jej metódy). Mikrobiálne interakcie (vzájomné ovplyvňovanie človeka a mikroorganizmov, normálna mikroflóra ľudského tela). Antimikrobiálna chemoterapia (vývoj chemoterapie, všeobecná charakteristika antimikrobiálnych liečiv, stanovenie výšky antimikrobiálnej aktivity, antimikrobiálne lieky, faktor ovplyvňujúci účinnosť antimikrobiálnych liečiv, lieková rezistencia, antimykotické, antivírusové, antiprotozoálne liečivá). Potraviny a priemyselná mikrobiológia, mikrobiologické parametre potravín, mikroorganizmy ako potraviny a zmeny v potravinách.
Oboznámiť študentov doktorandského štúdia s najnovšími poznatkami z biochémie mikroorganizmov.
Seminárna práca.
Oboznámiť doktorandov s najnovšími poznatkami využití biologických princípov na úrovni molekúl a aplikácia týchto poznatkov v praxi.
Aktuálne články z odborných časopisov.
Vypracovanie seminárnej práce na tému súvisiacu s predmetom a s témou
doktorandského štúdia študenta. Diskusia so skúšajúcim o téme
seminárnej práce, v ktorej študent preukáže, že má dostatočné
vedomosti z predmetu.
slovenský
Aplikácia základných biochemických princípov v oblasti detekcie prítomnosti génov a ich produktov v biologických materiáloch, ako aj ich využitie v oblasti nanotechnológií a biotechnológií.
Oboznámiť doktorandov s najnovšími poznatkami využití biologických princípov na úrovni molekúl a aplikácia týchto poznatkov v praxi.
Ústna skúška
Doktorand v súčinnosti so svojim školiteľom pripravuje a vedie študenta BS alebo MS v rámci ŠVOČ.
slovenský, anglický
Doktorand odborne vedie a pravidelne konzultuje vedecké problémy so študentom na BS alebo MS v rámci ŠVOČ, usmerňuje študenta pri písaní jednotlivých kapitol práce a pracuje so študentom v syntetickom laboratóriu.
Vedením študenta v rámci SOČ alebo ŠVOČ doktorand preukazuje široké a vedecky podložené poznanie v študijnom odbore, ako aj poznanie širokého spektra metód a prístupov. Preukazuje spôsobilosť kriticky posúdiť odborný problém a jeho navrhované riešenie, ako aj vyhodnotiť ho a prípadne navrhnúť iné riešenie. Aplikuje poznatky a spôsobilosti z oblasti pedagogických vied do vlastného odboru.
Vedecká práca po zaslaní do redakcie vedeckého časopisu ako autor/spoluautor.
Zaslaním rukopisu do redakcie vedeckého časopisu ako autor/spoluautor doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť formulovať vlastné myšlienky do štruktúrovanej podoby
Vypracovanie oponentského posudku na záverečnú prácu.
Doktorand preukazuje široké a vedecky podložené poznanie v študijnom odbore, ako aj poznanie širokého spektra metód a prístupov. Preukazuje spôsobilosť kriticky posúdiť odborný problém a jeho navrhované riešenie, ako aj vyhodnotiť ho a prípadne odporúčiť iné riešenie. Aplikuje poznatky a spôsobilosti z oblasti pedagogických vied do vlastného odboru
Dostupná časopisecká literatúra.
Online chemické databázy.
Práca v syntetickom laboratóriu.
Štúdium zadanej literatúry.
anglický
Doktorand spracuje súčasný stav študovanej problematiky a experimentálne výsledky práce do prezentácie, ktorú prednesie v rámci katedrových seminárov (2 x za rok).
V rámci diskusie odpovie na položené otázky prítomnej verejnosti.
Aktívnou účasťou seminári doktorand preukazuje spôsobilosť identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu vo svojom vednom odbore. Demonštruje spôsobilosť reflektovať konkrétny vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie a komunikovať výsledky výskumu adekvátnymi prostriedkami a prostredníctvom slovenského alebo cudzieho jazyka.
Vedenie záverečnej práce.
Vedením záverečnej práce doktorand preukazuje široké a vedecky podložené poznanie v študijnom odbore, ako aj poznanie širokého spektra metód a prístupov. Preukazuje spôsobilosť kriticky posúdiť odborný problém a jeho navrhované riešenie, ako aj vyhodnotiť ho a prípadne navrhnúť iné riešenie. Aplikuje poznatky a spôsobilosti z oblasti pedagogických vied do vlastného odboru.
Publikácia prijatá v zahraničnom časopise ako autor/spoluautor.
Publikovaním v zahraničnom časopise ako autor/spoluautor doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky.
Zodpovedný riešiteľ interného VVGS grantu.
Doktorand preukazuje spôsobilosť k vlastnému výskumnému problému spracovať úspešnú žiadosť v rámci interného grantového systému na UPJŠ. Získava zručnosti s návrhom výskumných etáp, ich časového harmonogramu, merateľných výstupov a adekvátneho rozloženia finančných prostriedkov. Samotným riešením interného VVGS grantu nadobúda spôsobilosť realizovať projektový zámer podľa stanoveného postupu, zodpovedať za dosiahnutie stanovených výstupov. Doktorand si ako zodpovedný riešiteľ osvojuje kompetencie v riadení projektu, jeho administrácii, prezentovaní výsledkov.
Absolvovanie zahraničného študijného pobytu v trvaní menej ako 30 dní.
Absolvovaním krátkodobejšieho študijného pobytu doktorand preukazuje spôsobilosť reflektovať výskumné problémy a kriticky pracovať so zdrojmi na expertnej úrovni a v interdisciplinárnom kontexte, pričom je schopný generovať nové poznanie. Je spôsobilý aktívne komunikovať na expertnej úrovni vo viac ako jednom jazyku. Koná ako zodpovedný nezávislý vedec, pracuje samostatne i v skupine s cieľom posúvať hranice poznania a prenášať ich do iných oblastí výskumu, do praxe i smerom k širšej verejnosti. Dokáže kompetentne argumentovať a vysvetliť svoje myšlienky.
Absolvovanie zahraničného študijného pobytu v trvaní viac ako 30 dní.
Absolvovaním študijného pobytu doktorand preukazuje spôsobilosť reflektovať výskumné problémy a kriticky pracovať so zdrojmi na expertnej úrovni a v interdisciplinárnom kontexte, pričom je schopný generovať nové poznanie. Je spôsobilý aktívne komunikovať na expertnej úrovni vo viac ako jednom jazyku. Koná ako zodpovedný nezávislý vedec, pracuje samostatne i v skupine s cieľom posúvať hranice poznania a prenášať ich do iných oblastí výskumu, do praxe i smerom k širšej verejnosti. Dokáže kompetentne argumentovať a vysvetliť svoje myšlienky