Naučiť študentov III. stupňa štúdia základné teoretické a praktické aspekty analytickej cytometrie. Predmet svojím zameraním pokrýva viaceré oblasti mikroskopických metód s dôrazom na fluorescenciu a jej využitie v konfokálnej mikroskopii, stanovenia a využitie morfometrických parametrov v cytológii, stanovovanie vitálnych parametrov a „life-cell imaging“, základné metódy prípravy preparátov a pod.
1. Goldman RD a kol., Live cell imaging – A laboratory manual, Cold Spring Harbour Laboratory Press, 2010.
2. Pawley JB a kol., Handbook of biological confocal microscopy, Springer, 2006.
3. Anselmetti D. a kol., Single cell analysis,Wiley-Blackwell, 2009.
4. Hibbs A a kol., Confocal microscopy for biologists, Kluwer Academic/Plenum Publishers, 2004.
1.) Základy fluorescenčných metód a princípy fluorescencie. 2.) Princípy konfokálnej mikroskopie.
3.) Princíp prietokovej cytometrie. 4.) Sortovanie buniek. 5.) Analýzy na živých bunkách – princípy a hardvérové riešenia. 6.) Metódy pre analýzu vitálnych parametrov. 7.) Zobrazovacie metódy s ohľadom na lipidy, prestavby cytoskeletu, delenie buniek.
8.) Fluorescenčné farbivá a ich využitie v analytickej cytometrii. 9.) Farbenie nukleových kyselín, lipidov, proteínov, cytoskeletu, jednotlivých bunkových organel. 10.) Stanovenie viability. 11.) Stanovenie membránového transportu. 12.) Analýza ROS a NOS. 13.) Stanovenie mitochondriálneho membránového potenciálu, pH a pod. s ohľadom na fluorescenčnú mikroskopiu a prietokovú cytometriu.
100% účasť, absolvovanie cvičení a záverečného testu z učiva obsiahnutého v sylaboch.
slovenský a anglický
1.) Základy fluorescenčných metód a princípy fluorescencie. 2.) Princípy konfokálnej mikroskopie.
3.) Princíp prietokovej cytometrie. 4.) Sortovanie buniek. 5.) Analýzy na živých bunkách – princípy a hardvérové riešenia. 6.) Metódy pre analýzu vitálnych parametrov. 7.) Zobrazovacie metódy s ohľadom na lipidy, prestavby cytoskeletu, delenie buniek.
8.) Fluorescenčné farbivá a ich využitie v analytickej cytometrii. 9.) Farbenie nukleových kyselín, lipidov, proteínov, cytoskeletu, jednotlivých bunkových organel. 10.) Stanovenie viability. 11.) Stanovenie membránového transportu. 12.) Analýza ROS a NOS. 13.) Stanovenie mitochondriálneho membránového potenciálu, pH a pod. s ohľadom na fluorescenčnú mikroskopiu a prietokovú cytometriu.
Naučiť študentov III. stupňa štúdia základné teoretické a praktické aspekty analytickej cytometrie. Predmet svojím zameraním pokrýva viaceré oblasti mikroskopických metód s dôrazom na fluorescenciu a jej využitie v konfokálnej mikroskopii, stanovenia a využitie morfometrických parametrov v cytológii, stanovovanie vitálnych parametrov a „life-cell imaging“, základné metódy prípravy preparátov a pod.
Forma výučby: Konzultácie, praktické činnosti a samoštúdium odbornej literatúry nadväzujúcej na tému dizertačnej práce.
Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):
Za obdobie štúdia: 10 h - konzultácie, 70 h - praktické činnosti, 20 h - samoštúdium.
Metóda štúdia: prezenčná.
1. Goldman RD a kol., Live cell imaging – A laboratory manual, Cold Spring Harbour Laboratory Press, 2010
2. Pawley JB a kol., Handbook of biological confocal microscopy, Springer, 2006
3. Anselmetti D. a kol., Single cell analysis,Wiley-Blackwell, 2009
Štúdium prebieha čiastočne formou konzultácií, praktických činností a zo samoštúdia. Za celé obdobie štúdia študent absolvuje 10 hodín konzultácií, 70 hodín praktických činností a 20 hodín samoštúdia. Hodnotenie predmetu prebieha individuálne podľa študijného plánu doktoranda a na základe zvládnutia potrebnej sumy vedomostí z analytickej cytometrie v nadväznosti na tému dizertačnej práce. Hodnotenie predmetu je štandardné a odráža dostatočnú orientáciu študenta v uvedenej problematike s hodnotením absolvoval/neabsolvoval, ktorá je preukázaná zvládnutím základov analytickej cytometrie pre samostatnú prácu doktoranda.
slovenský, anglický
Predmet Analytická cytometria je súčasťou študijných aktivít doktoranda a má čiastočne individuálny charakter s ohľadom na špecifickosť jednotlivých tém dizertačnej práce. Základná osnova je determinovaná nasledovne: Základy fluorescenčných metód a princípy fluorescencie. Princíp konfokálnej mikroskopie. Princíp prietokovej cytometrie. Sortovanie buniek. Metódy pre analýzu vitálnych parametrov. Fluorescenčné farbivá a ich využitie v analytickej cytometrii. Farbenie nukleových kyselín, lipidov, proteínov, cytoskeletu, jednotlivých bunkových organel. Stanovenie viability. Stanovenie membránového transportu. Analýza ROS a NOS. Stanovenie mitochondriálneho membránového potenciálu.
Absolvovaním predmetu študenti získajú potrebnú sumu vedomostí z analytickej cytometrie, praktické zručnosti a dostatočnú orientáciu v problematike s dôrazom na zameranie projektu dizertačnej práce v súlade so špecifikami jednotlivých tém. Tieto znalosti predstavujú rozšírenie základných poznatkov o praktické aspekty analytickej cytometrie, získané v základnom predmete, s dôrazom na viaceré oblasti cytometrických metód a ich využitie pri stanovení vitálnych a morfometrických parametrov buniek. Cieľom predmetu je tiež podpora samoštúdia a samostatného vyhľadávania vedeckých informácií.
1. H.M. Shapiro, Practical Flow cytometry, WILEY-LISS, 2003. (ISBN:0-471-41125-6)
2. A.L. Givan, Flow Cytomtery: First principles, WILEY-LISS, 2001, (ISBN 0-471-22394-8)
100% účasť. Absolvovanie formou testu z preberaného učiva a praktických cvičení.
slovenčina, angličtina
1.) Fluorofóry používané na analýzu bunkového cyklu. 2.) Nadstavby k analýze bunkového cyklu (dvojité farbenie).3.) Translokácia fosfatidylserínu a viabilita. 4.) Detekcia expresie a aktivácie proteínov Bcl-2 rodiny, mitochondriálny membránový potenciál. 5) Cytochróm c, aktivácia kaspáz, štiepenie cytokeratínu 18. 6.) Fluorofóry používané na analýzu reaktívnych foriem kyslíka. 7.) Metódy vyhodnocovania heterogenity a rezistencie nádorových buniek: analýza aktivity ABC transportných proteínov (bočná populácia). 8.) Aktivita aldehyddehydrogenázy. 9.) Imunofenotypizácia heterogénnych populácií pomocou CD markerov. 10.) Triedenie bunkových populácií pomocou FACS za účelom sledovania vybraných vlastností buniek (klonogenicita jednotlivých buniek, migračná schopnosť). 11.) Obsah DNA, veľkosť genómu a aplikácie využiteľné v ekológii, evolučnej a reprodukčnej biológii. 12.) Polyploidia na úrovni bunky, tkaniva a organizmu. 13.) „Flow karyotyping“ a veľkosť chromozómov ako prvotný krok sortovania chromozómov a sekvenovania genómu.
Naučiť študentov III. stupňa štúdia praktické aspekty prietokovej cytometrie. Predmet svojim zameraním pokrýva teoretické základy a praktické využitie vybraných metód v oblasti vedeckého výskumu.
Forma výučby: Konzultácie, praktické činnosti a samoštúdium odbornej literatúry nadväzujúcej na tému dizertačnej práce.
Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):
Za obdobie štúdia: 10 h - konzultácie, 70 h - praktické činnosti, 20 h - samoštúdium.
Metóda štúdia: prezenčná.
1. H.M. Shapiro, Practical Flow cytometry, WILEY-LISS, 2003. (ISBN:0-471-41125-6)
2. A.L. Givan, Flow Cytomtery: First principles, WILEY-LISS, 2001, (ISBN 0-471-22394-8)
3. Dolezel, Jaroslav / Greilhuber, Johann / Suda, Jan (eds.): Flow Cytometry with Plant Cells, Willey-VCH, 2007, (ISBN: 978-3-527-31487-4)
Štúdium prebieha čiastočne formou konzultácií, praktických cvičení a zo samoštúdia. Za celé obdobie štúdia študent absolvuje 10 hodín konzultácií, 70 hodín praktických činností a 20 hodín samoštúdia. Hodnotenie predmetu prebieha individuálne podľa študijného plánu doktoranda a na základe zvládnutia potrebnej sumy vedomostí z prietokovej cytometrie v nadväznosti na tému dizertačnej práce. Hodnotenie predmetu je štandardné a odráža dostatočnú orientáciu študenta v uvedenej problematike s hodnotením absolvoval/neabsolvoval, ktorá je preukázaná zvládnutím základov prietokovej cytometrie pre samostatnú prácu doktoranda.
slovenský, anglický
Predmet Aplikácie prietokovej cytometrie vo výskume je súčasťou študijných aktivít doktoranda a má čiastočne individuálny charakter s ohľadom na špecifickosť jednotlivých tém dizertačnej práce. Základná osnova je determinovaná nasledovne: Fluorofóry používané na analýzu bunkového cyklu. Nadstavby k analýze bunkového cyklu (dvojité farbenie). Translokácia fosfatidylserínu a viabilita. Detekcia expresie a aktivácie proteínov Bcl-2 rodiny, mitochondriálny membránový potenciál. Cytochróm c, aktivácia kaspáz, štiepenie cytokeratínu 18. Analýza aktivity ABC transportných proteínov (bočná populácia). Aktivita aldehyddehydrogenázy. Imunofenotypizácia heterogénnych populácií pomocou CD markerov. Triedenie bunkových populácií pomocou FACS za účelom sledovania vybraných vlastností buniek (klonogenicita jednotlivých buniek, migračná schopnosť). Obsah DNA, veľkosť genómu a aplikácie využiteľné v ekológii, evolučnej a reprodukčnej biológii. Polyploidia na úrovni bunky, tkaniva a organizmu. „Flow karyotyping“ a veľkosť chromozómov ako prvotný krok sortovania chromozómov a sekvenovania genómu.
Absolvovaním predmetu študenti získajú potrebnú sumu vedomostí z prietokovej cytometrie a dostatočnú orientáciu v problematike s dôrazom na zameranie projektu dizertačnej práce v súlade so špecifikami jednotlivých tém. Tieto znalosti predstavujú rozšírenie základných poznatkov o praktické aspekty prietokovej cytometrie, získané v základnom predmete, so zameraním na využitie vybraných metód v oblasti vedeckého výskumu. Cieľom predmetu je tiež podpora samoštúdia a samostatného vyhľadávania vedeckých informácií.
Forma výučby: Prednášky, praktická/technická príprava a samoštúdium odbornej literatúry súvisiacej s témou dizertačnej práce.
Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):
Za obdobie štúdia: 10 h - priama výučba, 10 h - praktické činnosti a/alebo konzultácie, 100 h - samoštúdium.
Metóda štúdia: prezenčná, dištančná.
1. Haddad, Luciana Amaral (ed.). Human Genome Structure, Function and Clinical Considerations. Cham: Springer, 2021. ISBN 978-3-030-73150-2. DOI: 10.1007/978-3-030-73151-9
2. National Human Genome Research Institute. (2024, May 29). About Genomics. U.S. Department of Health & Human Services. Retrieved from https://www.genome.gov/about-genomics
3. National Human Genome Research Institute. (2025, March 19). The Human Genome Project. U.S. Department of Health & Human Services. Retrieved from https://www.genome.gov/human-genome-project
4. Cullis, C. A. (2025). Plant genomics. John Wiley & Sons. ISBN 1394211554.
Štúdium prebieha čiastočne formou prednášok a z väčšej časti samoštúdiom. Za celé obdobie štúdia študent absolvuje 10 hodín prednášok, 10 hodín praktických činností a/alebo konzultácií a 100 hodín samoštúdia. Hodnotenie predmetu prebieha individuálne na základe zvládnutia vedomostí z oblasti aplikovanej funkčnej genomiky. Zahŕňa aktívnu účasť na priamej výučbe (min. 80 %), prezentáciu vlastného projektu zameraného na tému dizertačnej práce (bioinformatická analýza, experimentálny dizajn) alebo prezentáciu vedeckého článku v nadväznosti na tému dizertačnej práce. Hodnotenie predmetu odráža dostatočnú orientáciu študenta v uvedenej problematike s hodnotením absolvoval/neabsolvoval.
slovenský, anglický
Úvod do funkčnej a aplikovanej genomiky – prepojenie genómu, epigenómu, transkriptómu, proteómu, metabolómu a fenotypu, rozdiely medzi štrukturálnou a funkčnou genomikou s ohľadom na využitie v aplikovanom výskume.
Experimentálne prístupy funkčnej genomiky a bioinformatické spracovanie omických dát.
Sekvenačné techniky (sekvenovanie genómu, epigenómu, transkriptómu a metatranskriptómu, predikcia génových funkcií, regulačných mechanizmov, epigenetických modifikácií a interakcií. Výber metód v súlade so zameraním projektu dizertačnej práce (napr. základy analýzy RNA-seq, pokročilá analýza metabolomických dát, integrácia multi-omics dát, práca s biologickými databázami a nástrojmi, atď.).
Aplikácie funkčnej genomiky – špecifiká organizácie genómov vybraných skupín organizmov (napr. človek, rastliny, huby), personalizovaná medicína, funkčná analýza génov súvisiacich s ľudskými chorobami, genomické a epigenetické prístupy v biotechnológii a poľnohospodárstve.
Etické, metodologické a praktické aspekty – etické otázky spojené so zásahom do genómov (napr. rastlín), potenciálne riziká a prínosy pre životné prostredie a spoločnosť.
Absolvovaním predmetu študenti získajú ucelené vedomosti a prehľad o princípoch, metódach a aplikáciách funkčnej genomiky so zameraním na experimentálne a bioinformatické (in silico) prístupy využívané pri štúdiu génových funkcií, génovej expresie a regulácie génovej expresie.
Absolvent predmetu ovláda princípy a metodiky funkčnej genomiky, dokáže analyzovať a interpretovať omické dáta a rozumie možnostiam ich aplikácie vo vlastnom výskume. Vie kriticky hodnotiť výsledky vedeckých štúdií v oblasti genomiky a dokáže multidisciplinárne prepojiť experimentálne a in silico prístupy.
Získané poznatky predstavujú rozšírenie základných vedomostí z predmetu Funkčná genomika na magisterskom stupni, pričom dôraz sa kladie na ich praktické využitie v biomedicínskom, biotechnologickom a environmentálnom výskume.
Predmet zároveň rozvíja schopnosť študentov samostatne vyhľadávať, analyzovať a kriticky hodnotiť vedecké informácie, čím podporuje rozvoj vedeckej samostatnosti a orientácie v problematike v súlade so zameraním projektu dizertačnej práce a špecifikami jednotlivých tém.
Moore, J.: Oxford Academic Vocabulary Practice. OUP, 2017.
Kolaříková, Z., Petruňová, H., Timková, R.: Angličtina v akademickom prostredí – cvičebnica. Košice, Vydavateľstvo ŠafárikPress, 2021.
Tomaščíková, S., Rozenfeld, J. Developing Academic English in Speaking and Writing. Vydavateľstvo ŠafárikPress, 2021.
McCarthy, M., O´Dell, F.: Academic Vocabulary in Use. CUP, 2008.
Štepánek, L., J. De Haff a kol.: Academic English-Akademická angličtina. Grada Publishing, a.s., 2011.
Armer, T.: Cambridge English for Scientists. CUP, 2011.
lms.upjs.sk
Absolvovanie e-kurzu Anglický jazyk pre doktorandov (lms.upjs.sk), konzultácie (1-3).
Písomné zadania - Profesijný/akademický štruktúrovaný životopis, krátky akademický životopis
anglický jazyk B2 podľa SERR
Špecifiká akademického a odborného jazyka so zameraním na správnu výslovnosť, na rozvoj slovnej zásoby (menné a slovesné kolokácie, frázové slovesá, predložkové spojenia, slovotvorba, formálna/neformálna angličtina a i.), na vybrané gramatické aspekty (predložky, gramatické časy, trpný rod a i.), na akademické písanie (profesijný/akademický štruktúrovaný životopis a krátky akademický životopis).
Upevnenie jazykových zručností študentov - hovorenie, písanie, čítanie a počúvanie s porozumením. Zvýšenie jazykovej kompetencie študentov - študenti sa oboznámia s vybranými fonologickými, lexikálnymi a syntaktickými javmi. Rozvoj pragmatickej kompetencie študentov - študenti dokážu efektívne a účelovo komunikovať, na úrovni B2 podľa SERR so zameraním na akademickú angličtinu a odborný jazyk a terminológiu študijného odboru.
Prezentácia pracoviska doktoranda, jeho vlastného výskumu, vedecko-výskumných aktivít, naštudovanej odbornej literatúry a i.
Moore, J.: Oxford Academic Vocabulary Practice. OUP, 2017.
Kolaříková, Z., Petruňová, H., Timková, R.: Angličtina v akademickom prostredí (cvičebnica). UPJŠ Košice, 2021.
Tomaščíková, S., Rozenfeld, J. Developing Academic English in Speaking and Writing. Vydavateľstvo ŠafárikPress, 2021.
McCarthy, M., O´Dell, F.: Academic Vocabulary in Use. CUP, 2008.
Štepánek, L., J. De Haff a kol.: Academic English-Akademická angličtina. Grada Publishing, a.s., 2011.
Armer, T.: Cambridge English for Scientists. CUP, 2011.
Test, ústna skúška v súlade s požiadavkami na skúšku (dostupné na stránke CJP a v MS TEAMS)
anglický jazyk B2 podľa SERR
Komunikácia na akademickej pôde (sebaprezentácia, prezentovanie na odborných podujatiach, konferenciách a pod.).
Špecifiká akademického a odborného jazyka so zameraním na rozvoj slovnej zásob (formálne vyjadrovanie, akademický slovná zásoba), vybrané gramatické a syntaktické aspekty (trpný rod, nominalizácia), vybrané funkcie jazyka (vyjadrenie názoru, príčiny/následku, argumentovanie, uvádzanie príkladu, popis grafu/tabuľky/schémy, apod.) Jazyková interferencia.
Upevnenie jazykových zručností študentov - hovorenie, písanie, čítanie a počúvanie s porozumením, zvýšenie jazykovej kompetencie študentov - študenti si osvoja vybrané fonologické, lexikálne a syntaktické vedomosti, rozvoj pragmatickej kompetencie študentov - študenti dokážu efektívne využívať jazyk na dosiahnutie konkrétneho účelu, na úrovni B2 podľa SERR so zameraním na akademickú angličtinu a odborný jazyk a terminológiu študijného odboru.
1. GORNER, F.: Aplikovaná mikrobiológia požívatín. Malé centrum 2004
2. HUDECOVÁ, D.: Mikrobiológia 1. Bratislava: STU, 2002
Účasť na cvičeniach (najmenej 90%), záverečná skúška
slovenský
Využitie mikroorganizmov v priemyselných procesoch pre výrobu biochemikálií - výroba etanolu – piva, vína, výroba kyseliny octovej, acetónu, antibiotík. Bioreaktory, využitie kvasiniek v priemysle. Využitie rekombinantných DNA techník v priemysle. Kyselinu mliečnu produkujúce baktérie a ich využitie v potravinárskom priemysle – výroba syrov a kyslomliečnych výrobkov, probiotiká, mikrobiologická kontrola kvality potravín. Využitie mikroorganizmov pri ochrane životného prostredia – mikrobiológia čistenia odpadových vôd, bioremediácia, biopalivá, mikrobiológia bioplynových staníc.
Využitie mikroorganizmov v priemyselných procesoch, výroba biochemikálií, rekombinantné DNA techniky v priemysle. Kyselinu mliečnu produkujúce baktériách a ich využitie v potravinárskom priemysle. Mikrobiologická kvalita potravín. Využitie mikroorganizmov pri ochrane životného prostredia – čistenie odpadových vôd, bioremediácia, biopalivá, bioplyn.
Hodnote nie cvičení: 30%
Záverečná ústna skúška: 70%
Študenti získajú prehľad o využití mikroorganizmov v priemyselných procesoch pre výrobu biochemikálií a o využití rekombinantných DNA techník v priemysle. Ďalej získajú informácie o kyselinu mliečnu produkujúcich baktériách a ich využití v potravinárskom priemysle a o využití mikroorganizmov pri ochrane životného prostredia – čistenie odpadových vôd, bioremediácia, biopalivá.
Forma výučby: Prednášky, konzultácie, semináre a samostatná odborná práca, štúdium odbornej literatúry, ktorá nadväzuje na tému dizertačnej práce.
Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):
Za obdobie štúdia: 12 h - priama výučba, 48 h - praktické činnosti, 10 h - konzultácie, 100 h - samoštúdium.
Metóda štúdia: prezenčná.
1. David W. Mount. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004, 665 pp. ISBN - 978-0879697129
2. Stuart M. Brown. Next-generation DNA sequencing informatics. Cold Spring Harbor Laboratory Press, ľnd Ed. 2015, 402 pp. ISBN - 978-1621821236
3. Vince Buffalo. Bioinformatics Data Skills: Reproducible and Robust Research with Open Source Tools. O'Reilly Media, 2015, 536 pp. ISBN - 978-1449367374
Štúdium prebieha formou prednášok, seminárov a konzultácií, praktických činností na vopred pripravených zadaniach a formou samoštúdia. Za celé obdobie štúdia doktorand absolvuje: 12 hodín prednášok, 10 hodín seminárov a konzultácií, 48 hodín praktických činností a 100 hodín samoštúdia. Hodnotenie predmetu prebieha individuálne podľa študijného plánu doktoranda a na základe vypracovania samostatných zadaní z problematiky moderných bioinformatických prístupov a metód aplikovaných v biologickom výskume v nadväznosti na tému dizertačnej práce. Hodnotenie predmetu je štandardné a odráža úroveň teoretických znalostí a praktických zručností v problematike modernej bioinformatiky s hodnotením absolvoval/neabsolvoval, ktoré sú preukázané zvládnutím moderných bioinformatických prístupov pri analýze sekvenčných dát primárne na základe samostatného vypracovania zadaní.
slovenský, anglický
Predmet Bioinformatika pre doktorandov je súčasťou študijných aktivít doktoranda a má významne individuálny charakter s ohľadom na zameranie témy dizertačnej práce. Základná osnova predmetu sa venuje nasledujúcim okruhom: Úvod do bioinformatiky. Prepojenie biológie, informatiky a matematiky. Prehľad moderných aplikácií (genomika, personalizovaná medicína, biotechnológie). Sekvenčné dáta a ich spracovanie, Formáty dát (FASTA, FASTQ, SAM/BAM, VCF), Zarovnávanie sekvencií (pairwise, multiple alignment). Molekulové databázy (NCBI, UniProt, Ensembl). Nástroje a algoritmy bioinformatiky, BLAST, Clustal Omega, MAFFT, Markovove modely, motívy, profilové metódy. Fylogenetické analýzy. Genomika a transkriptomika, Sekvenačné technológie (NGS, WGS, RNA-seq), pipelines na analýzu sekvenačných dát, anotácia genómov. Etika, reprodukovateľnosť a správa dát, otvorené dáta a open-source nástroje, etické otázky genomiky a personalizovanej medicíny. Analýza reálnych biologických dát.
Absolvovaním predmetu študenti získajú vedomosti v oblasti pokročilých bioinformatických prístupov a analytických metód aplikovaných v biologickom výskume, vrátane najnovších poznatkov o molekulárne biologických databázach, získavania molekulových dát a najmä spracovania a prezentácie dát výsledkov analýz s využitím masívneho paralelného sekvenovania (NGS, TGS). Študenti nadobudnú vedomosti v problematike moderných bioinformatických analýz s dôrazom na zameranie projektu dizertačnej práce v súlade so špecifikami tém ich dizertačných prác. Predmet vedie študentov k samostatnej činnosti vrátane samoštúdia a vyhľadávania relevantných vedeckých informácií.
Forma výučby: Prednášky, konzultácie, praktické činnosti, štúdium odbornej literatúry nadväzujúcej na tému dizertačnej práce.
Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):
Za obdobie štúdia: 30 h - priama výučba, 10 h - konzultácie, 30 h - praktické činnosti, 50 h - samoštúdium.
Metóda štúdia: prezenčná, dištančná.
1. Abdin M.Z., Kiran U., Kamaluddin M., Ali A. (eds.): Plant Biotechnology: Principles and Applications. 2017, Springer Nature Singapore Pte Ltd., Singapore, ISBN 978-9811029615
2. Chawla H.S.: Introduction to Plant Biotechnology. 2009, third edition, Science Publisher, Enfield, USA, ISBN 1138407674
3. Abdel-Azeem A.M., Yadav A.N., Yadav N. (eds.): Endophytic Fungi: The Full Story of the Untapped Treasure (Developments in Applied Microbiology and Biotechnology). 2024, first edition, Academic Press, USA, ISBN 0323993141
4. Periodiká a internetové zdroje
Štúdium prebieha formou prednášok, praktických laboratórnych cvičení a samoštúdiom. Za celé obdobie štúdia študent absolvuje 30 hodín priamej výučby, 30 hodín praktických činností v laboratóriu, 10 hodín individuálnych konzultácií a 50 hodín samoštúdia. Doktorand je hodnotený na základe zvládnutia praktických činností a overenia vedomostí získaných samoštúdiom odbornej literatúry vo forme vypracovania semestrálnej práce súvisiacej s témou dizertačnej práce. Následne sú jeho vedomosti overované individuálnou skúškou z predmetu. Hodnotenie predmetu je štandardné a odráža dostatočnú orientáciu študenta v uvedenej problematike s hodnotením absolvoval/neabsolvoval, ktorá je preukázaná zvládnutím praktických činnosti pre samostatnú prácu doktoranda. Súčasťou hodnotenia je aj vypracovanie semestrálnej práce na tému súvisiacu s témou dizertačnej práce.
slovenský, anglický
Predmet Biotechnológia rastlín a endofytických húb je súčasťou študijných aktivít doktoranda a má čiastočne individuálny charakter s ohľadom na špecifickosť jednotlivých tém dizertačnej práce. Základná osnova je determinovaná nasledovne: Definícia a história biotechnológie rastlín a endofytických húb. Aseptické techniky, podmienky kultivácie rastlinných explantátov a endofytov. Mikropropagácia, typy explantátových kultúr využívaných v rastlinnej biotechnológii. Somatická hybridizácia a embryogenéza, priama a nepriama organogenéza. Somaklonálna variabilita. Sekundárny metabolizmus explantátových kultúr, bioreaktory, biotransformácia, imobilizácia a elicitácia. Genetická transformácia, priame a nepriame techniky transformácie rastlinných explantátov, typy vektorov, promótorov, selekčných markerov a reportérových génov využívaných pri transformácii, stabilná a tranzientná transformácia. Validácia počtu génov s využitím molekulárnych techník (Real-Time PCR). Uchovávanie genetických zdrojov, génové banky. Kryokonzervácia a metóda pomalého rastu. Geneticky modifikované organizmy - metabolómové inžinierstvo, génové inžinierstvo, rastliny tolerantné na biotické a abiotické stresy, biotechnologická alternatíva produkcie molekúl, úloha pletivovo a orgánovo špecifických promótorov v GMO, plastómové inžinierstvo, jedlé vakcíny. RNA interferencia, využitie microRNAs v rastlinnej biotechnológii. Endofytické huby, definícia, izolácia, kultivácia a ich identifikácia. Biotechnologické aplikácie edofytických húb, sekundárny metabolizmus a extracelulárne enzýmy, biosyntetické génové klastre. Databázy pre štúdium rastlín a endofytov na všetkých OMICs úrovniach.
Absolvovaním predmetu študenti získajú vedomostí z biotechnológie rastlín a ich endofytických húb s akcentom na témy súvisiace so zameraním projektu dizertačnej práce. Študenti získajú znalosti zo základných postupov využívaných v rastlinnej a fungálnej biotechnológii, rozšírené o stabilnú a tranzientnú transformáciu rôznych systémov, určovanie počtu kópií génov a ich expresie s využitím Real-Time PCR, prácu s endofytickými hubami od ich izolácie, kultivácie a identifikácie až po štúdium biosyntetických génových klastrov na genomickej, transkriptomickej a metabolomickej úrovni. Špeciálne sa budú zaoberať využívaním databáz na rôznych OMICs úrovniach, čo využijú pri príprave semestrálnej práce z témy dizertačnej práce. Cieľom predmetu je tiež podpora samoštúdia a samostatného vyhľadávania vedeckých informácií.
Osvojiť si teoretické základy genetiky a fyziológie rastlinných buniek a pletív v podmienkach in vitro a ich praktické aplikácie v biotechnológii rastlín. Nadobudnúť experimentálnu zručnosť v technikách rastlinných explantátov.
Abdin M.Z., Kiran U., Kamaluddin M., Ali A. (eds.): Plant Biotechnology: Principles and Applications. 2017, Springer Nature Singapore Pte Ltd., Singapore
Chawla H.S.: Introduction to Plant Biotechnology. 2009, third edition, Science Publisher, Enfield, USA
Periodiká a internetové zdroje
Aktívna účasť na cvičeniach, zvládnutie metodologických a metodických prístupov a protokolov.
Aktívna účasť na cvičeniach, zvládnutie metodologických a metodických prístupov a protokolov.
Ústna skúška.
slovenský a anglický
1. Definícia biotechnológie. História biotechnológie.
2. História rastlinnej biotechnológie.
3. Aseptické techniky.
4. Živné médiá a podmienky kultivácie.
5. Mikropropagácia. Pletivové a orgánové kultúry.
6. Kalus. Bunková suspenzná kultúra.
7. Protoplasty. Somatická hybridizácia.
8. Somatická embryogenéza. Organogenéza.
9. Somaklonálna variabilita.
10. Produkcia sekundárnych metabolitov. Bioreaktory. Biotransformácia. Imobilizácia.
11. Sekundárny metabolizmus rastlín. Elicítory. Elicitácia.
12. Genetická transformácia. Priame a nepriame metódy.
13. Mechanizmus transformácie pomocou baktérií rodu Agrobacterium. Gény na Ti a Ri plazmidoch.
14. Selekčné markery. Reportérové gény.
15. Uchovávanie genetických zdrojov. Génové banky. Metóda pomalého rastu.
16. Kryokonzervácia.
17. Metabolómové inžinierstvo. Úloha pletivovo a orgánovo špecifických promótorov.
18. Génové inžinierstvo. Rastliny tolerantné na biotické a abiotické stresy.
19. Biotechnologická alternatíva produkcie molekúl. Jedlé vakcíny. Plastómové inžinierstvo.
20. RNA interferencia. Využitie microRNAs v rastlinnej biotechnológii.
Definícia a história rastlinnej biotechnológie. Aseptické techniky, podmienky kultivácie explantátov. Mikropropagácia, typy explantátových kultúr využívaných v rastlinnej biotechnológii. Somatická hybridizácia a embryogenéza, priama a nepriama organogenéza. Somaklonálna variabilita. Sekundárny metabolizmus explantátových kultúr, bioreaktory, biotransformácia, imobilizácia a elicitácia. Genetická transformácia, priame a nepriame techniky transformácie rastlinných explantátov, Typy vektorov, promótorov, selekčných markerov a reportérových génov využívaných pri transformácii. Uchovávanie genetických zdrojov, génové banky. Kryokonzervácia a metóda pomalého rastu. Geneticky modifikované organizmy - metabolómové inžinierstvo, génové inžinierstvo, rastliny tolerantné na biotické a abiotické stresy, biotechnologická alternatíva produkcie molekúl, úloha pletivovo a orgánovo špecifických promótorov v GMO, plastómové inžinierstvo, jedlé vakcíny. RNA interferencia, využitie microRNAs v rastlinnej biotechnológii.
Osvojiť si teoretické základy genetiky a fyziológie rastlinných buniek a pletív v podmienkach in vitro a ich praktické aplikácie v biotechnológii rastlín. Nadobudnúť experimentálnu zručnosť v technikách rastlinných explantátov.
Ústna skúška.
Získaná citácia v domácom vedeckom časopise.
Získanie citácie preukazuje široké a veľmi dobre podložené vedecké poznanie v skúmanej oblasti, založené na spôsobilosti formulovať výskumné otázky, reflektovať vedecký problém takým spôsobom, ktorý generuje nové poznanie. Zároveň citácia v indexovanom zdroji preukazuje kompetentnosti komunikovať nové poznanie, ktoré je významným príspevkom k vedeckému poznaniu, na významnej expertnej úrovni.
Osvojiť si genetické javy na úrovni bunky s využitím najnovších poznatkov cytogenetiky. Detailnejšie sa oboznámiť s výsledkami a významom projektu HUGO – mapovania ľudského genómu.
Alberts, B., Heald, R., Hopkin, K., Johnson, A., Morgan, D., Roberts, K., & Walter, P. (2022). Essential Cell Biology (6. vydanie). W. W. Norton & Company. ISBN: 978-1-324-03343-1
Liehr, T. (2021). Cytogenomics. Elsevier, Academic Press. ISBN: 978-0-12-823579-9
Snustad, P.D., Simmons, M.J.: Genetika. Nakladatelství Masarykovy univerzity Brno, Česká republika, 2009, 824 pp & 2017, 864 pp. Snustad, P.D., Simmons, M.J.: Principles of Genetics. John Wiley and Sons, 5th edition 2009, 871 pp.
Vedecké periodiká
Internetové zdroje
ÚBEV/GE1/03
V prípade dištančnej formy - vypracovanie zadaní, ktoré zverejňuje vyučujúci v prostredí Moodle v e-kurze UBEV/Cytogenetika a karyológia.
V prípade prezenčnej formy vzdelávania sa vyžaduje aktívna účasť na cvičeniach
a vypracovanie laboratórnych protokolov.
testy, písomná skúška;
Cvičenia: v prípade dištančnej formy - vypracovanie zadaní, ktoré zverejňuje vyučujúci v prostredí Moodle v e-kurze UBEV/Cytogenetika a karyológia. V prípade prezenčnej formy vzdelávania sa vyžaduje aktívna účasť na cvičeniach a vypracovanie laboratórnych protokolov.
slovenský a anglický
1. Úvod do štúdia predmetu – od cytogenetiky k cytogenomike. Historické súvislosti a súčasné zameranie výskumu, hlavné oblasti cytogenetického výskumu – molekulárna cytogenetika, molekulárna genetika a genomika, epigenetika a epigenomika, nukleomika. (1h)
2. Metódy v cytogenetickom výskume. Základné cytogenetické metódy (karyotyp, prúžkovanie chromozómov), prietoková cytometria, metódy na báze PCR, hybridizačné metódy, spektrálny karyotyping. (1h)
3. Architektúra jadra. Funkčné aspekty štruktúry a organizácie chromatínu. Interfázové jadro. (2h)
4. Regulácia chromatínovej štruktúry. Epigenetické modifikácie, chromatínová štruktúra. Zmeny v metylačnom statuse a ľudské choroby. (2h)
5. Genóm a delenie buniek – zmeny organizácie chromatínu v priebehu bunkového cyklu – mitóza, meióza. (2h)
6. Poruchy BC vedúce ku chromozómovým aberáciám. (1h)
7. Ľudský genóm z pohľadu cytogenetiky. Najdôležitejšie poznatky. Repetitívne sekvencie v ľudskom genóme a ich pôvod. Hlavné skupiny transpozónov v ľudskom genóme. (2h)
8. Cytogenetika v biomedicínskom výskume a praxi. Numerické zmeny chromozómov a ich dôsledky. Cytogenetika nádorov. (1h)
Organizácia eukaryotického genómu v bunkovom jadre. Skelet jadra. Jadierko, skelet jadierka. Štruktúra chromatínu a jeho zmeny. Úrovne štruktúry organizácie DNA v jadre. Chromozómy. Bunkový cyklus. Genetická regulácia bunkového cyklu. HUGO - poznatky o ľudskom genóme a vzťahu k ostatným sekvenovaným genómom.
Osvojiť si genetické procesy na úrovni bunky s využitím najnovších poznatkov cytogenetiky. Detailnejšie sa oboznámiťs výsledkami a významom projektu HUGO – mapovania ľudského genómu.
písomná skúška
Získaná citácia registrovaná v SCI alebo Scopus
Získanie citácie preukazuje široké a veľmi dobre podložené vedecké poznanie v skúmanej oblasti, založené na spôsobilosti formulovať výskumné otázky, reflektovať vedecký problém takým spôsobom, ktorý generuje nové poznanie. Zároveň citácia v indexovanom zdroji preukazuje kompetentnosti komunikovať nové poznanie, ktoré je významným príspevkom k vedeckému poznaniu, na najvyššej expertnej úrovni
Absolvovanie certifikovaného odborného kurz.
Doktorand získava aktuálne vedecké poznatky, rozvíja spôsobilosti vedeckej práce a oboznamuje sa s metodikami sprístupňovania vedeckých poznatkov. Konfrontuje vlastné vedomosti a zručnosti s ostatnými účastníkmi kurzu, rozvíja spôsobilosti rovesníckej diskusie v danom vednom odbore.
Cieľom predmetu je podať základné informácie o molekulárno-biologických základoch karcinogenézy a jednotlivých typoch karcinoterapie
L. Pecorino: Molecular Biology of Cancer. Mechanisms, Targets, and Therapeutics. Fifth Edition, Oxford University Press, 2021
S. Rosypal: Úvod do molekulární biologie, II. a III. diel. Brno, 1999, 2000
M. Buc: Klinická imunológia. Veda Bratislava, 1997
P. Klener a kol.: Cytokiny ve vnitřním lékařství. Grada, Avicenum Praha, 1997
I. Hulín a kol.: Patofyziológia. Slovak Academic Press, s.r.o. 1998
B. Alberts a kol. Základy buněčné biológie. Úvod do molekulárni biológie buňky. Euro Publishing, Ústi nad Labem, 1998
Lauren Pecorino: Molecular Biology of Cancer, Mechanisms, Targets, and Therapeutics, Second Edition, Oxford University Press, 2008, ISBN 978-0-19-921148-7
Robert A. Meyers: Cancer, From Mechanisms to Therapeutic Approaches, Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 2007, ISBN 978-3-527-31768-4
Robert G. McKinnell et al.: The Biological Basis of Cancers, Second Edition, Cambridge University Press, 2006, ISBN 13: 978-0-521-84458-1
Vincent T. DeVita, Jr, et al.: Cancer Principles & Practice of Oncology, 3rd Edition, Wolters Kluwer/Lippincott Williams & Wilkins, 2012, ISBN 13: 978-1-4511-1639-7
John D. Schuetz and Toshihisa Ishikawa: Adcances in Cancer Research ABC Transporters and Cancer, Elsevier/Academic Press 2015, ISBN 978-0-12-801251-2
Roberto Scatena et al.: Advances in Cancer Stem Cell Biology, Springer, 2012, ISBN 978-1-4614-0808-6, DOI 10.1007/978-1-4614-0809-3
ÚBEV/EH1/01, ÚBEVEH1a/00
Záverečná písomná alebo ústna skúška
slovenský a anglický
1. Konverzia normálnej bunky na nádorovú
2. Všeobecné vlastnosti nádorových buniek, pseudotumory
3. Chemické a fyzikálne karcinogény
4. Protoonkogén a onkogén, klasifikácia protoonkogénov
5. Aktivácia protoonkogénu
6. Protoonkogény kódujúce rastové faktory a receptory rastových faktorov
7. Protoonkogény kódujúce nereceptorové proteinkinázy a transkripčné faktory
8. Nádorové supresorové gény, apoptóza a nekróza
9. Vírusy ako indukčné agens karcinogenézy
10. Biológia onkodna vírusov, onkoproteíny papovavírusov
11. Nádorové vírusy s RNA-génomom
12. Metastatický proces a biologické markery malígnych buniek
13. Imunoterapia, chemoterapia a rádioterapia
1. Konverzia normálnej bunky na nádorovú.
2. Všeobecné vlastnosti nádorových buniek, pseudotumory.
3. Chemické a fyzikálne karcinogény.
4. Vírusy ako indukčné agens karcinogenézy.
5. Biológia onkodna vírusov, onkoproteíny papovavírusov.
6. Nádorové vírusy s RNA-génomom.
7. Protoonkogén a onkogén, klasifikácia protoonkogénov.
8. Protoonkogény kódujúce rastové faktory a receptory rastových faktorov.
9. Protoonkogény kódujúce nereceptorové proteinkinázy a transkripčné faktory.
10. Aktivácia protoonkogénu.
11. Nádorové supresorové gény, apoptóza a nekróza.
12. Biologické markery malígnych buniek, imunológia metastatického procesu.
13. Imunoterapia, chemoterapia a rádioterapia.
Cieľom predmetu je podať základné informácie o molekulárno-biologických základoch karcinogenézy a jednotlivých typoch karcinoterapie. Študent počas záverečného hodnotenia preukáže primerané zvládnutie štandardu predmetu, ktorý je definovaný povinnou literatúrou a preukáže zvládnutie výkonového štandardu, v rámci ktorého je študent po absolvovaní predmetu schopný formulovať vedecké problémy vychádzajúce zo znalosti základných informácií o molekulárno-biologických základoch konverzie normálnej bunky na nádorovú.
Záverečná písomná alebo ústna skúška
Získaná citácia v zahraničnom vedeckom časopise.
Získanie citácie preukazuje široké a veľmi dobre podložené vedecké poznanie v skúmanej oblasti, založené na spôsobilosti formulovať výskumné otázky, reflektovať vedecký problém takým spôsobom, ktorý generuje nové poznanie. Zároveň citácia v indexovanom zdroji preukazuje kompetentnosti komunikovať nové poznanie, ktoré je významným príspevkom k vedeckému poznaniu, na najvyššej expertnej úrovni.
Aktívna účasť na domácej konferencii.
Aktívnou účasťou na domácej vedeckej konferencii doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu vo svojom vednom odbore. Demonštruje spôsobilosť reflektovať konkrétny vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie a komunikovať výsledky výskumu širšiemu publiku adekvátnymi prostriedkami a prostredníctvom slovenského jazyka
Aktívna účasť na domácej konferencii so zahraničnou účasťou.
Aktívnou účasťou na vedeckej konferencii doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu vo svojom vednom odbore. Demonštruje spôsobilosť reflektovať konkrétny vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie a komunikovať výsledky výskumu širšiemu publiku adekvátnymi prostriedkami a prostredníctvom slovenského alebo cudzieho jazyka.
1. BERTRAND, Jean-Claude, et al. (ed.). Environmental microbiology: fundamentals and applications. Dordrecht: Springer, 2015.
2. MITCHELL, Ralph; GU, Ji-Dong (ed.). Environmental microbiology. John Wiley & Sons, 2010.
3. HUDECOVÁ, D.: Mikrobiológia 1. Bratislava: STU, 2002.
4. SCHMIDT, Tom. Topics in ecological and environmental microbiology. Elsevier, 2012.
5. SIGEE, David. Freshwater microbiology: biodiversity and dynamic interactions of microorganisms in the aquatic environment. John Wiley & Sons, 2005.
6. VAN ELSAS, Jan Dirk, et al. Modern soil microbiology. CRC press, 2006.
Absolvovanie cvičení (najmenej 90%), záverečná ústna skúška
slovenský a anglický
Evolúcia a biodiverzita mikroorganizmov, metódy štúdia mikroorganizmov, biofilmy and mikrobiálne povlaky. Mikroorganizmy v životnom prostredí, mikrobiológia vody a mikrobiológia pôdy, mikroorganizmy v extrémnych prostrediach. Vplyv abiotických faktorov na mikroorganizmy. Biogeochemické cykly a zapojenie mikroorganizmov do týchto cyklov: cyklus uhlíka, vodíka, kyslíka, dusíka, síry, fosforu a železa. Interakcie mikroorganizmov s ostatnými organizmami – interakcie v tráviacom trakte, normálna a patologická mikroflóra človeka a živočíchov. Interakcie mikroorganizmov s rastlinami – mykoríza.
Evolúcia a biodiverzita mikroorganizmov, mikroorganizmy v životnom prostredí, vplyv abiotických faktorov na mikroorganizmy, biogeochemické cykly, interakcie mikroorganizmov s ostatnými organizmami
Hodnotenie cvičení: 30%
Záverečné hodnotenie: Ústna skúška – 70 %
Poskytnúť prehľad poznatkov o zapojení mikroorganizmov do procesov prebiehajúcich v biosfére a charakteristikách najčastejšie sa vyskytujúcich mikrobiálnych spoločenstiev a o interakciách mikroorganizmov s ostatnými organizmami.
Oboznámenie študentov so základnými procesmi prebiehajúcimi počas normálneho ontogenetického vývoja strunovcov.
B.M. Carlson: Human embryology and developmental biology. Mosby St .Louis, 1999
T.W. Sadler: Medical embryology. Lippincott Williams Wilkins, Philadelphia, 2010
T.A. McGeady, P.J. Quinn, E. S. FitzPatric and M.T. Ryan: Veterinary embryology, Blackwell Publishing, Oxford, 2010
G.C. Schoenwolf: Atlas of descriptive embryology, Pearson, San Francisco, 2008
nie
v priebehu semestra vypracovanie a prezentovanie seminárnej práce, ústna skúška
slovenský a anglický
V prípade nutnosti je predmet realizovaný dištančnou formou výučby.
1. Úvod do embryológie. Základné pojmy. Dejiny embryológie.
2. Pohlavné orgány.
3. Pohlavné bunky. Spermiogenéza. Oogenéza. Rozmnožovanie.
4. Oplodnenie. Reproduktívny cyklus cicavcov.
5. Blastogenéza kopijovca. Brázdovanie, morula, blastula, gastrula.
6. Blastogenéza obojživelníkov.
7. Blastogenéza plazov. Vznik zárodočných obalov.
8. Blastogenéza vtákov. Vývoj vonkajších obalov.
9. Blastogenéza cicavcov a človeka. Vývoj vonkajších obalov, implantácia. placenty.
10. Organogenéza. Vývoj kostí. Vývoj svalovej sústavy.
11. Vývoj tráviacej sústavy. Vývoj dýchacích ústrojov.
12. Vývoj urogenitálnej sústavy. Vývoj cievnej sústavy, srdca a krve.
13. Vývoj nervového systému. Vývoj zmyslových ústrojov. vývoj kože.
1. Dejiny embryológie. Všeobecné termíny v embryológii.
2. Pohlavné a nepohlavné rozmnožovanie živočíchov.
3. Pohlavné orgány cicavcov, tvorba pohlavných buniek, oogenéza, spermiogenéza.
4. Oplodnenie. Vznik zygóty. Reproduktívny cyklus cicavcov.
5. Blastogenéza.
6. Gastrulácia a notogenéza.
7. Vývoj prídavných embryonálnych orgánov u vtákov, cicavcov a človeka. Implantácie.
8. Ogranogenéza. Pohybový systém.
9. Vývoj tráviaceho systému.
10. Vývoj srdca a ciev.
11. Vývoj urogenitálneho systému.
12. Vývoj dýchacieho systému
13. Vývoj nervového systému
50% ohodnotenie seminárnej práce + 50% záverečná ústna skúška
Oboznámenie študentov so základnými procesmi prebiehajúcimi počas normálneho ontogenetického vývoja strunovcov.
Seminárna práca, ústna skúška.
Poskytne študentom komplexný úvod do základov farmakológie a využitie hlavných tried liekov používajúcich v lekárskej praxi.
Finkel et al.: Lippincott´s Illustrated reviews: Pharmacology 4th edition, Wolters Kluwer, 2009, pp. 564.
Základy farmakológie (farmakokinetické a farmakodynamické princípy), faktory ovplyvňujúce účinky liečiv, spôsoby aplikácie liečiv. Špeciálna farmakológia, vrátane liekov, ktoré ovplyvňujú vegetatívny nervový systém, myorelaxanciá a ganglioplegic lieky, lieky ovplyvňujúce centrálnu nervovú sústavu (lieky používané na liečbu duševných porúch, antiepileptiká, antiparkinsonický lieky, hypnotiká).
Poskytne študentom komplexný úvod do základov farmakológie a využitie hlavných tried liekov používajúcich v lekárskej praxi.
J. Pevsner: Bioinformatics and Functional Genomics, 3rd Edition, ISBN: 978-1-118-58178-0
Internetové zdroje
V prípade prezenčnej formy výučby aktívna účasť na cvičeniach, záverečná skúška. V prípade dištančnej formy aktívna účasť na online cvičeniach, vypracovanie zadaní k jednotlivým témam a záverečný test v prostredí MOODLE (kurz UBEV/FG/14 Funkčná genomika).
slovenský, anglický
• Úvod do funkčnej genomiky, biologické databázy a ďalšie zdroje pre funkčnú analýzu genómu, príklady aplikácie funkčnej genomiky
• Genóm a funkčná genomika: sekvenované modelové organizmy, konceptuálny a metodologický prínos sekvenovania genómov, štrukturálna versus funkčná anotácia genómu
• Reverzná genetika na genómovej úrovni: tvorba mutantov a ich využitie vo funkčnej genomike
• Transkriptomika: získavanie transkriptomických dát, bioinformatické zostavovanie transkriptómov, diferenciálna expresia
• Proteomika: získavanie proteomických dát, kvantitatívna versus kvalitatívna proteomika, analýza dát, data mining
• Metabolomika: získavanie metabolomických dát, kvantitatívna versus kvalitatívna metabolomika, analýza dát, data mining
* Interaktomika - proteínové siete, metódy štúdia interaktómu a signalómu, analýza dát, praktické využitie poznatkov o interaktóme a signalóme
skúška
Funkčná genomika sa snaží odpovedať na otázky týkajúce sa funkcie DNA na úrovni génov, RNA transkriptov a proteínov. Kľúčovou charakteristikou funkčnej genomiky je jej prístupk štúdiu na úrovni celého genómu, a preto metodický prístup zahŕňa moderné,vysokovýkonné postupy. Výsledkom tohto kurzu bude pochopenie postupov a metód používaných vo funkčnej genomike a ich aplikácia vo výskume a praxi.
Pochopenie základov humánnej genetiky, významu genetických faktorov v patologických procesoch, dedičnosti, diaganostiky a terapie geneticky podmienených patologických stavov.
Ferák V, Sršeň Š (1990): Genetika človeka, SPN Bratislava
Thompson JS, Thompsonová MW (1988): Klinická genetika. Osveta, Martin
Sršeň Š, Sršňová K (2000): Základy klinicej genetiky a jej molekulárna podstata. Osveta, Martin
Nussbaum RL, McInnes RR, Willard HF, Boerkoel CF (2004): Klinická genetika (Thompson & Thompson). Triton, Praha
Friedman JM, Dill FJ, Hayden MR, McGillivray BC (1996): Genetics 2/e. Williams & Wilkins, Baltimore, Maryland, USA
Lewis R.: Human Genetics: Concepts and Applications, 9th Edition. McGraw-Hill, New York, 2010
Passarge E.: Genetics, 3rd Edition, Thieme, 2007
ÚBEV/GE1/03
Aktívna účasť na cvičení a riešenie písomných zadaní
V prípade prezenčnej formy výučby aktívna účasť na cvičeniach, záverečná skúška. V prípade dištančnej formy aktívna účasť na online cvičeniach a vypracovanie zadaní k jednotlivým témam a záverečný test v prostredí MOODLE (kurz UBEV/Human Genetics).
slovenský a anglický
Základné poznatky o individuálnej genetickej variabilite fyziologických znakov a geneticky podmienených patologických znakov; genetická variabilita na úrovni populácií; variabilita imunologických znakov; spôsoby dedičnosti a genetické javy v rodinách a rodokmeňoch; základné metódy používané v humánnej genetike - genealogická metóda, využitie génovej väzby pri mapovaní génov, cytogenetická analýza a zostavenie karyotypu, diagnostika patologických stavov na úrovni DNA; možnosti liečby geneticky podmienených patologických stavov.
Obsah cvičení zodpovedá témam prednášok.
Pochopenie základov humánnej genetiky, významu genetických faktorov v patologických procesoch, dedičnosti, diaganostiky a terapie geneticky podmienených patologických stavov.
Záverečný test, a/alebo skúška
Získať rozšírené poznatky o genetických vzťahoch v populáciách. Definovať a popísať teoretické a historické základy populačnej genetiky; identifikovať, charakterizovať a porovnať mechanizmy a základné faktory (mutácie, genetický posun, selekcia migrácie, spôsob výberu partnera..) a ich interakcie, ktoré vedú k intrapopulačnej aj interpopulačnej variabilite a vplývajú na štruktúru populácií; využiť empirické metódy a postupy pre analýzu genetickej diverzity; aplikovať princípy populačnej genetiky vo forénznych vedách, evolučných štúdiách, molekulárnej biológii a ekológii.
Hedrick, P.W.: Genetics of Populations. Jones and Bartlett Publishers 2000, 553 str.
Relichová, J.: Genetika populací. Nakladatelství Masarykovy univerzity Brno, 2009, 187 str.
Genetika
V prípade prezenčnej formy výučby aktívna účasť na cvičeniach, záverečná skúška - ústna, ktorej súčasťou je vypracovanie testových úloh. V prípade dištančnej formy aktívna účasť na online cvičeniach, vypracovanie zadaní k vybraným témam a záverečný test (v prostredí MOODLE kurz UBEV/GEP/12 Genetika populácií).
slovenský a anglický
Populácia a faktory, ktoré ju formujú. Miera genetickej variability v populáciách. Polymorfizmus a heterozygotnosť. Základné modely v genetike populácií. Hardyho-Weinbergov zákon pre 2, 3 a viac alel. Špeciálne prípady náhodného oplodnenia (Bruceho pomery, gény viazané na pohlavie). Vplyv mutácií na rovnováhu v populácii. Dôsledky výberového oplodnenia, výpočet a interpretácie koeficientu inbridingu. Fisher-Wrightov model genetického driftu, fixácia/eliminácia alel v malých populáciách. Jednosmerná, obojsmerná a viacsmerná migrácia. Prirodzený výber v haploidných a diploidných populáciách. Populácie rastlín, živočíchov a človeka. Darwinova evolučná teória, molekulárna evolúcia.
Populácia a faktory, ktoré ju formujú. Miera genetickej variability v populáciách. Polymorfizmus a heterozygotnosť. Základné modely v genetike populácií. Hardyho-Weinbergov zákon pre 2, 3 a viac alel. Špeciálne prípady náhodného oplodnenia (Bruceho pomery, gény viazané na pohlavie). Vplyv mutácií na rovnováhu v populácii. Dôsledky výberového oplodnenia, výpočet a interpretácie koeficientu inbridingu. Fisher-Wrightov model genetického driftu, fixácia/eliminácia alel v malých populáciách. Jednosmerná, obojsmerná a viacsmerná migrácia. Prirodzený výber v haploidných a diploidných populáciách. Populácie rastlín, živočíchov a človeka. Darwinova evolučná teória, molekulárna evolúcia.
Záverečné.
Získať rozšírené poznatky o genetických vzťahoch v populáciách. Definovať a popísať teoretické a historické základy populačnej genetiky; identifikovať, charakterizovať a porovnať mechanizmy a základné faktory (mutácie, genetický posun, selekcia migrácie, spôsob výberu partnera..) a ich interakcie, ktoré vedú k intrapopulačnej aj interpopulačnej variabilite a vplývajú na štruktúru populácií; využiť empirické metódy a postupy pre analýzu genetickej diverzity; aplikovať princípy populačnej genetiky vo forénznych vedách, evolučných štúdiách, molekulárnej biológii a ekológii.
Skúška.
Madigan, M. T.: Microorganisms. 16th edition. Pearson Education Lt. 2022, 1123 pp.
Klug, W. S.: Concepts of Genetics. 12th edition. Pearson Education Lt. 2020, 862 pp.
Úspešné zvládnutie problematiky genetickej a epigenetickej regulácie génovej expresie na základe najnovších poznatkov.
slovenský, anglický
Regulačné systémy mikroorganizmov: globálna kontrola, regulácia na úrovni transkripcie, transdukcia signálov, regulácia na báze ncRNA, regulácia spätnou väzbou, posttranslačná regulácia.
Regulačné systémy eukaryotov. Úrovne genetickej kontroly. Predtranskripčná a transkripčná úroveň. Modifikácia histónov, remodeling chromatínu. Cis-regulačné sekvencie a ich interakcie s regulačnými proteínmi. Projekt ENCODE (Encyclopedia of DNA elements). Posttranskripčná úroveň. Alternatívny zostrih. Stabilita a degradácia mRNA. Mnohostranná úloha ncRNA v posttranskripčnej regulácii. Epigenetická regulácia. Metylácia DNA a metylóm. Metódy analýzy metylačného statusu. Úloha krátkych a dlhých nekódujúcich RNA v epigenetickej regulácii. Epigenetika a monoalelická génová expresia. Epigenetická regulácia kancerogenézy. Epigenomické projekty. Metódy analýzy genómov. „OMICS“ úrovne štúdia. CRISPR-Cas a editovanie genómov.
Osvojiť si základné rozdiely medzi genetickou a epigenetickou reguláciou génovej expresie, pochopiť ich podstatu v rôznych skupinách organizmov na príkladoch genetických modelov, oboznámiť sa so zámermi a výsledkami analýzy ľudského genómu a ľudského epigenómu a ďalších projektov (ENCODE, HMP).
Získanie poznatkov o klonovaní a expresii génov v rôznych hostiteľských systémoch, ich využitie v biotechnologickom a biologickom výskume. Osvojenie poznatkov o zložitejších a najnovších genetických metódach a postupoch a ich využitie pri riešení konkrétnych biologických problémov.
BROWN, Terence A. Gene cloning and DNA analysis: an introduction. Wiley-blackwell, 2020.
DALE, Jeremy W.; VON SCHANTZ, Malcolm; PLANT, Nicholas. From Genes to Genomes: Concepts and Applications of DNA Technology. John Wiley & Sons, 2011.
HOWE, Christopher. Gene cloning and manipulation. Cambridge University Press, 2007.
ŠMARDA, Jan, et al. Metody molekulární biologie. Masarykova univerzita, Brno, 2005, 188.
ČIKOŠ, Štefan; KOPPEL, Juraj; KANTÍKOVÁ, Mária (ed.). Polymerázová reťazová reakcia a jej použitie v biologickom výskume a diagnostike. Ústav fyziógie hospodárskych zvierat SAV, 2001.
1. Vznik génového inžinierstva (historické medzníky, definícia predmetu, vzťah k iným disciplínam),
2. Základné pojmy (gén, genóm, významné jednotky a vzťahy),
3. Izolácia nukleových kyselín (izolácia DNA, RNA, plazmidov, extrakčné metódy, zrážanie, purifikácia),
4. Metódy získavania rekombinantných molekúl DNA ,(restrikčné endonukleázy, enzýmy modifikujúce DNA a RNA, syntéza rekombinantných molekúl DNA, linkery, adaptory),
5. Vektory – prenos genetickej informácie do hostiteľských buniek (požiadavky na vektor, vektory pre rôzne typy buniek – plazmidy, fágy, charóny, kozmidy, vírusové vektory, schuttle vektory),
6. Techniky prenosu genetickej informácie do rôznych buniek (transformácia, transfekcia, transdukcia, mikroinjekcia a iné techniky),
7. Konštrukcia cDNA banky (izolácia mRNA, reverzná transkripcia, cDNA banka, výhody cDNA banky),
8. Konštrukcia genómovej banky (využitie bakteriofágu λ, tvorba banky, charóny a kozmidy, výhody tohto typu banky génov),
9. Syntetické oligonukleotidy a gény (rôzne metódy syntézy oligonukleotidov, syntéza génov, DNA syntetizátory, príklady prípravy génov),
10. PCR metóda,
11. Selekcia rekombinantov (neutrálny, negatívny a pozitívny typ selekcie, genetické metódy, imunologické metódy, selekcia u charónov, hybridizačné techniky).
Samostatné vypracovanie prezentácie na tému súvisiacu s predmetom.
Samostatné vypracovanie posteru na tému súvisiacu s predmetom. Absolvovanie cvicení
Ústna skúška
Slovenský
1. Hybridizácia nukleových kyselín (princíp, sondy, značenie sond, rôzne typy hybridizácií, využitie metódy),
2. Polymerázová reťazová reakcia (princíp, nested PCR, využitie pri klonovaní, random PCR, využitie pri sekvenovaní, iné amplifikačné techniky),
3. Štúdium lokalizácie klonovaného génu (využitie hybridizáčnych techník, protismerná elektroforéza),
4. Štúdium štruktúry génu a genómu (sekvenovanie nukleových kyselín, RFLP, fingerprinting),
5. Štúdium expresie génu (štúdium transkriptov, elektrónová mikroskopia, analýza transkriptov opracovaním nukleázami),
6. Štúdium regulácie génovej expresie (gél retardačná metóda, footprinting s Dnase I, delečná analýza),
7. Identifikácia a štúdium produktov translácie klonovaného génu (HRT a HART metóda, využitie in vitro mutagenézy),
8. Expresia génov v E. coli (Transkripčné a translačné signály, faktory ovplyvňujúce expresiu génov, maximalizácia expresie),
9. Klonovanie a expresia génov v kvasinkách (vektory, promory, prenos génov do buniek, príklady využitia, výhody a nevýhody),
10. Klonovanie a expresia génov v živočíšnych bunkách (vektory, promotory, prenos do buniek, príklady využitia, výhody a nevýhody),
11. Klonovanie a expresia génov v iných bunkách (hmyzie bunky, iné bunky),
12. Postavenie a využitie GI s inými technológiami (vzťah k moderným biotechnológiám, s bunkovým a procesorovým inžinierstvom),
13. Príprava biologicky aktívnych látok s využitím techník rekombinantnej DNA (veľké biotechnologické projekty: inzulín, rastový hormón, IFN, rekombinantné vakcíny),
14. In vitro mutagenéza (mutagenéza inzerciou, deléciou, využitie syntetických oligonukleotidov, PCR, proteínové inžinierstvo),
15. Využitie výpočtovej techniky v génovom inžinierstve (databázy, počítačové programy, analýza nukleotídových sekvencií),
16. Molekulárno-genetické metódy detekcie mikroorganizmov (hybridizačné techniky, DNA a RNA sondy, PCR, DNA fingerprinting),
17. Fylogenetické štúdie na genetickej úrovní (fylogenetický strom, počítačové programy, PHYLIP, interpretácia výsledkov, využitie v rôznych oblastiach biologického výskumu),
18. Diagnostika genetických chorôb (využitie restrikčných endonukleáz, hybridizácií, PCR, RFLP, génová terapia),
19. Transgenné zvieratá (metodicky prístup, využitie na zvýšenie úžitkovosti HZ, bioreaktory, modely dedičných chorôb a iné),
20. Funkčná genómika (DD RT-PCR, SAGE, DNA chipy, microarray),
21. Právne a etické problémy génových manipulácií, ich rozvoj a budúcnosť (historický náčrt riešenia etických problémov, Asilomárska konferencia, patentovanie, rozvoj GI v SR a v zahraničí, budúcnosť GI).
Blokové cvičenia:
Izolácia DNA a RNA; Štiepenie DNA restrikčnými endonukleázami a ligácia molekúl DNA; Značenie nukleových kyselín; Dot-blot hybridizácia; Souther-blot hybridizácia; Polymerázová reťazová reakcia; RT-PCR; Sekvenovanie DNA; Vyhľadávanie relevantných nukleotidových sekvencií v medzinárodných databázach; Počítačová analýza nukleotidových sekvencií (vyhľadavanie ORF, vyhľadavanie restrikčných miest, alignment, fylogenéza a iné).
Klonovanie a expresia génov v kvasinkách a v živočíšnych bunkách. In vitro amplifikačné techniky pre molekuly DNA a RNA. In vitro mutagenéza. Biotechnológia a génové inžinierstvo. Príprava biologicky aktívnych látok a rekombinantných vakcín.
Získanie poznatkov o klonovaní a expresii génov v rôznych hostiteľských systémoch, ich využitie v biotechnologickom a biologickom výskume. Osvojenie poznatkov o zložitejších a najnovších genetických metódach a postupoch a ich využitie pri riešení konkrétnych biologických problémov.
Ústna skúška
Klug, W. S.: Concepts of Genetics. 12th edition. Pearson Education Lt. 2020, 862 pp.
Vedecké periodiká
Úspešné zvládnutie podstaty genetickej modifikácie, jej významu a využitia v praxi.
slovenský, anglický
Tradičná a moderná genetická modifikácia. Genetická modifikácia vo výskume. Genetická modifikácia ako nástroj na štúdium funkcie génov. Praktické aspekty geneticky modifikovaných organizmov. Mikroorganizmy a produkcia ľudských proteínov (príklad produkcie humulínu bunkami E. coli). Vakcíny na báze GMO (príklady vakcín proti covidu). Genetická modifikácia rastlín (príklady: rajčiak jedlý FlavrSavrTM - prvý príklad využitia techniky anti-senseRNA, zlatá ryža – modifikácia biosyntetickej dráhy karotenoidov, genetická modifikácia cpDNA zameraná na produkciu vakcín a liečiv na liečbu metabolických a genetický ochorení). Geneticky modifikované živočíchy (príklad kozieho mlieka s introdukovaným ľudským génom pre antitrombín – zdroj liečiva AtrynTM). Spoločenské a etické aspekty využitia GMO.
Objasnenie podstaty a pochopenie základných princípov a významu genetickej modifikácie organizmov a ich využitia v biotechnológii.
Forma výučby: Prednáška, individuálne konzultácie, praktické odborné činnosti a samoštúdium odbornej literatúry nadväzujúcej na tému dizertačnej práce.
Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):
Za obdobie štúdia: 130 h
• 15 h - priama výučba,
• 15 h - individuálne konzultácie,
• 30 h - praktické činnosti / projektová práca,
• 70 h - samoštúdium
Metóda štúdia: prezenčná, dištančná.
• Murphy et al.: Janeway’s Immunobiology (2022)
• Abbas, Lichtman: Cellular and Molecular Immunology (2022)
• Goel, Requena, Bansal: Human-gut microbiome (2023)
• Faris Q. Alenzi: Animal Models in Experimental Medicine (2024)
• Aktuálne vedecké články z databáz PubMed, Scopus
• priebežné štúdium odbornej literatúry súvisiacej s témou dizertačnej práce,
• spracovanie odborného textu v rozsahu 10–15 strán (imunologická problematika v kontexte PhD témy)
• prezentácia výsledkov spracovanej problematiky
• úspešné absolvovanie ústnej skúšky, ktorá preverí pochopenie všeobecnej aj aplikovanej imunológie v kontexte dizertačného výskumu
slovenský, anglický
Integrované mechanizmy vrodenej a adaptívnej imunity, imunoregulačné procesy, cytokínové dráhy, komplement, imunometabolizmus, črevná a slizničná imunita (GALT), úloha črevného mikrobiómu v modulácii vrodených a adaptívnych imunitných odpovedí, vzťahy medzi hostiteľom a komensálnymi mikroorganizmami, význam mikrobiálnych metabolitov (SCFA, tryptofánové deriváty, sekundárne žlčové kyseliny) v regulácii zápalu a homeostázy, os črevo–mozog–imunita, dysbióza a zápal, imunitné procesy pri chronických ochoreniach, experimentálne modely na štúdium imunitných odpovedí (in vitro, in vivo,), pokročilé imunologické metódy a analýza imunologických dát, vrátane prezentácií doktorandov a odbornej diskusie.
Vedomosti:
• doktorand získa pokročilé poznatky z molekulárnej, bunkovej a systémovej imunológie,
• porozumie regulačným mechanizmom, imunometabolizmu a interakciám imunitného systému,
• rozvinie detailný prehľad imunologických procesov relevantných pre tému dizertačnej práce.
Zručnosti:
• dokáže analyzovať a interpretovať imunologické mechanizmy v experimentoch,
• vie posúdiť aktuálnu vedeckú literatúru a formulovať imunologicky orientované hypotézy,
• dokáže aplikovať imunologické princípy v biomedicínskom výskume.
Kompetencie:
• samostatne pracuje na imunologicky orientovanej odbornej úlohe,
• prezentuje odborné výsledky a argumentuje svoje závery,
• integruje imunologické poznatky do kontextu dizertačného výskumu.
Spoznať funkcie imunitného systému a jej význam pre zachovanie integrity organizmu.
Šterzl J.: Imunitní systém a jeho fyziol.funkce. Vydavateľstvo Praha 1993
Hořejší V., Bartůňková J.: Základy imunologie. Triton, 2002
Janeway Ch. A., Travers P., Walport M., Schlomchik M.: Immunobiology. Garland Science, 2004
Bunky a tkanivá lymfatického systému. Kooperácia medzi T a B bunkami a makrofágmi. Nešpecifická stimulácia lymfocytov. Vrodená imunita. Antigény a protilátky. Imunitná odpoveď. Komplement. Interakcia antigénu s protilátkou. Hypersenzitivita. Transplantačná imunológia. Vybrané ochorenia imunitného systému.
Spoznať funkcie imunitného systému a jej význam pre zachovanie integrity organizmu.
the student conference, where student gives lecture (45-60 min), by which he/she demonstrates the knowledge about the immune system on the topic of his PhD. This is followed by a 10-min discussion on the topic presented.
Zborník príspevkov z Jarnej školy doktorandov vydaný na záver podujatia.
Aktívna účasť na Jarnej škole doktorandov. Prezentácia výsledkov vlastnej vedeckej práce alebo vedeckého projektu doktorandského štúdia.
slovenský, anglický
1. Interdisciplinárne prednášky z odborov medicína, prírodné vedy,právo, verejná sráva, humanitné vedy. Prednášatelia - špičkoví zahraniční alebo domáci odborníci z uvedených odboroch.
2. Vedecké prednášky v sekciách vytvorených rámci príbuzných odborov. Prednášatelia - špičkoví odborníci z UPJŠ z uvedených odborov.
3. Vedecké príspevky doktorandov v sekciách príbuzných odborov.
4. Panelové diskusie k problematike doktorandského štúdia a k aktuálnym trendom rozvoja vedných disciplín na UPJŠ.
1. Interdisciplinárne prednášky z odborov medicína, prírodné vedy,právo, verejná sráva, humanitné vedy. Prednášatelia - špičkoví zahraniční alebo domáci odborníci z uvedených odboroch.
2. Vedecké prednášky v sekciách vytvorených rámci príbuzných odborov. Prednášatelia - špičkoví odborníci z UPJŠ z uvedených odborov.
3. Vedecké príspevky doktorandov v sekciách príbuzných odborov.
4. Panelové diskusie k problematike doktorandského štúdia a k aktuálnym trendom rozvoja vedných disciplín na UPJŠ.
100/0
Získanie vedomostí o aktuálnych trendoch rozvoja vedných disciplín na UPJŠ v domácom i medzinárodnom kontexte. Prezentácia vlastných vedeckých výsledkov alebo vedeckého projektu doktorandského štúdia v komunite doktorandov vlastného odboru i príbuzných vedných odborov.
Konzultant záverečnej práce.
Konzultovaním záverečnej práce doktorand preukazuje široké a vedecky podložené poznanie v študijnom odbore, ako aj poznanie širokého spektra metód a prístupov. Preukazuje spôsobilosť kriticky posúdiť odborný problém a jeho navrhované riešenie, ako aj vyhodnotiť ho a prípadne navrhnúť iné riešenie. Aplikuje poznatky a spôsobilosti z oblasti pedagogických vied do vlastného odboru.
Wilson J. and Hunt T. Molecular Biology of The Cell: a problems approach, fourth edition, Garland Science, 2002
Campbell N. a Reece J.: Biologie. Computer Press, 2006
Karp G.: Cell Biology, sixth edition, John Wiley and Sons, 2010
100% účasť. Absolvovanie formou testu z preberaného učiva.
slovenský, anglický
1.) Metódy skúmania buniek. 2.) Organizácia na úrovni nadmolekulových komplexov, bunkových štruktúr a buniek. 3.) Zloženie, štruktúra a organizácia biologických membrán. 4.) Životný cyklus eukaryotickej bunky. 5.) Delenie buniek. 6.) Mechanizmy prenosu látok cez membrány. 7.) Transport látok do buniek. 8.) Metabolizmus látok. 9.) Transport látok z buniek. 10.) ABC transportné proteíny. 11.) Exozómy. 12.) Antioxidačné systémy buniek. 13.) Stresové proteíny buniek. Signálne dráhy zapojené do prežívania buniek. Signálne dráhy vedúce k programovanej bunkovej smrti.
Oboznámenie študentov III. stupňa s priebehom kľúčových procesov prebiehajúcich v eukaryotickej bunke na molekulovej úrovni.
Forma výučby: Prednáška a samoštúdium odbornej literatúry nadväzujúcej na tému dizertačnej práce.
Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):
Za obdobie štúdia: 10 h - priama výučba, 10 h - konzultácie, 100 h - samoštúdium.
Metóda štúdia: prezenčná, dištančná.
Murray R.K. a kol.: Harperova biochemie. Ed. J. Kraml, Galen, 2012.
Hulín I. a kol.: Patofyziológia. SAP Bratislava 2009
Koolman J., Röhm K.-H.: Barevný atlas biochemie (preklad 4. vydania), Grada Publishing Praha, 2012
Devlin T.M.: Textbook of biochemistry with clinical correlations. Wiley-Liss 2006
Štúdium prebieha čiastočne formou prednášok a z väčšej časti samoštúdiom. Hodnotenie predmetu prebieha individuálne podľa študijného plánu doktoranda a na základe zvládnutia potrebnej sumy vedomostí z metabolizmu bunky v nadväznosti na tému dizertačnej práce. Hodnotenie predmetu je štandardné a odráža dostatočnú orientáciu študenta v uvedenej problematike s hodnotením absolvoval/neabsolvoval.
slovenský, anglický
Predmet Seminár z metabolizmu bunky je súčasťou študijných aktivít doktoranda a má čiastočne individuálny charakter s ohľadom na špecifickosť jednotlivých tém dizertačnej práce. Základná osnova je determinovaná nasledovne: Postavenie glukózy, fruktózy a galaktózy v energetickom metabolizme bunky, možnosti získavania energie v anaeróbnych podmienkach. Regulácia homeostázy glukózy, intracelulárna signalizácia inzulínu. Mastné kyseliny, acylglyceroly a ich metabolizmus, špecifiká buniek bieleho a hnedého tukového tkaniva. Acetyl-CoA, jeho tvorba a využitie, význam ketolátok v bioenergetike bunky. ATP ako energetická a signálna molekula. Fosfolipidy, sfingolipidy a ich funkcie. Bunkový metabolizmus cholesterolu a jeho regulácia. Degradácia a transformácia aminokyselín, metabolizmus aminodusíka. Hem – biosyntéza a odbúravanie, metabolizmus železa. Prostaglandíny, prostacyklíny a tromboxány, ich syntéza a funkcie. Cytosolická produkcia a úloha reaktívnych foriem kyslíka a dusíka, udržiavanie redoxnej homeostázy v bunkách. Kompartmentácia metabolických dejov v bunke.
Absolvovaním predmetu študenti získajú potrebnú sumu vedomostí z metabolizmu bunky a dostatočnú orientáciu v problematike s dôrazom na zameranie projektu dizertačnej práce v súlade so špecifikami jednotlivých tém. Tieto znalosti predstavujú rozšírenie základných poznatkov o energetických a metabolických dejoch slúžiacich na udržanie homeostázy v organizme živočíchov a človeka, získané v základnom predmete, so zameraním na kľúčové molekuly a deje prebiehajúce na subcelulárnej a molekulárnej úrovni. Cieľom predmetu je tiež podpora samoštúdia a samostatného vyhľadávania vedeckých informácií.
Laake P. et al.: Research Methodology in the Medical and Biological Sciences. eBook ISBN: 9780080552897, 2007
Etický kódex Univerzity P. J. Šafárika v Košiciach, 2009
Etický kódex študenta Univerzity Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach, 2014
Rozhodnutie rektora č. 5/2021, ktorým sa vydávajú zásady dobrej praxe vedeckého publikovania
na Univerzite Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach
Rozhodnutie rektora č. 21/2021, ktorým sa stanovujú pravidlá posudzovania plagiátorstva na Univerzite Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach a jej súčastiach
Osvojenie si metodologických základov a etických princípov vedeckej práce.
slovenský, anglický
Veda a výskum. Definícia vedy. Základné črty vedy (empirickosť, objektívnosť, možnosť korekcií na základe nových dôkazov, progresívnosť). Definícia výskumu. Základné črty výskumu (kontrolovateľný, rigorózny, systematický, overiteľný, empirický, kritický). Základné princípy výskumu, indukcia a dedukcia. Vedecký výskum. Klasifikácia (základný, strategický, aplikovaný). Metodológia vedeckej práce: identifikácia problému, formulácia hypotézy, experimentálny dizajn, pozorovanie a experiment, analýza dát, testovanie hypotézy, formulácia záverov, formulácia teórie, náčrt perspektív výskumu v danej oblasti. Etické aspekty vedeckej práce (etický kódex, etický kódex študenta) a publikovania výsledkov (zásady dobrej praxe vedeckého publikovania, posudzovanie plagiátorstva). Etické a právne aspekty biologického výskumu (práca s laboratórnymi zvieratami, práca s GMO).
Osvojenie si metodologických základov a etických princípov vedeckej práce.
Forma výučby: Seminár, konzultácie a samoštúdium odbornej literatúry nadväzujúcej na tému dizertačnej práce.
Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):
Za obdobie štúdia: 10 h - priama výučba, 15 h - konzultácie, 45 h – samoštúdium.
Metóda štúdia: prezenčná.
1. Laake P. et al.: Research Methodology in the Medical and Biological Sciences. eBook ISBN: 9780080552897, 2007
2. Etický kódex Univerzity P. J. Šafárika v Košiciach, 2009
3. Etický kódex študenta Univerzity Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach, 2014
4. Rozhodnutie rektora č. 5/2021, ktorým sa vydávajú zásady dobrej praxe vedeckého publikovania na Univerzite Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach
5. Rozhodnutie rektora č. 21/2021, ktorým sa stanovujú pravidlá posudzovania plagiátorstva na Univerzite Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach a jej súčastiach
Štúdium prebieha čiastočne formou prednášok, seminára, konzultácii a z väčšej časti samoštúdiom. Za celé obdobie štúdia študent absolvuje 10 hodín priamej výučby, 15 hodín konzultácií a 45 hodín samoštúdia. Hodnotenie predmetu prebieha individuálne podľa študijného plánu doktoranda a na základe zvládnutia potrebnej sumy vedomostí z metodológie a etiky vedeckej práce. Hodnotenie predmetu je štandardné a odráža dostatočnú orientáciu študenta v uvedenej problematike s hodnotením absolvoval/neabsolvoval.
slovenský, anglický
Predmet Metodológia a etika vedeckej práce je súčasťou študijných aktivít doktoranda a má čiastočne individuálny charakter. Základná osnova je determinovaná nasledovne: Veda a výskum. Definícia vedy. Základné črty vedy (empirickosť, objektívnosť, možnosť korekcií na základe nových dôkazov, progresívnosť). Definícia výskumu. Základné črty výskumu (kontrolovateľný, rigorózny, systematický, overiteľný, empirický, kritický). Základné princípy výskumu, indukcia a dedukcia. Vedecký výskum. Klasifikácia (základný, strategický, aplikovaný). Metodológia vedeckej práce: identifikácia problému, formulácia hypotézy, experimentálny dizajn, pozorovanie a experiment, analýza dát, testovanie hypotézy, formulácia záverov, formulácia teórie, náčrt perspektív výskumu v danej oblasti. Etické aspekty vedeckej práce (etický kódex, etický kódex študenta) a publikovania výsledkov (zásady dobrej praxe vedeckého publikovania, posudzovanie plagiátorstva). Etické a právne aspekty biologického výskumu (práca s laboratórnymi zvieratami, práca s GMO).
Absolvovaním predmetu dochádza u študentov k osvojeniu si metodologických základov a etických princípov vedeckej práce s dostatočnou orientáciou v problematike. Cieľom predmetu je tiež podpora samoštúdia a samostatného vyhľadávania relevantných informácií.
Aktívna účasť na medzinárodnej konferencii v zahraničí.
Aktívnou účasťou na medzinárodnej vedeckej konferencii v zahraničí doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu vo svojom vednom odbore. Demonštruje spôsobilosť reflektovať konkrétny vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie a komunikovať výsledky výskumu širšiemu publiku adekvátnymi prostriedkami a prostredníctvom cudzieho jazyka.
Forma výučby: Prednášky, konzultácie a samostatné štúdium odbornej literatúry, ktorá nadväzuje na tému dizertačnej práce.
Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):
Za obdobie štúdia: 12 h - priama výučba, 30 h - konzultácie, 58 h - samoštúdium.
Metóda štúdia: prezenčná.
1. Stéphane Uroz, Francis Martin, et al. Microbial Environmental Genomics. Methods in Molecular Biology series. Humana 2023, 380 pp. ISBN - 978-1071628737
2. Jacques Izard, Maria Rivera. Metagenomics for Microbiology (2nd Edition). Elsevier 2024. 308 pp. ISBN - 9780443223761
3. Randall T. Hayden, Karen C. Carroll, John P. Dekker, et al. Manual of Molecular Microbiology: Fundamentals and Applications. ASM Press 2025, 514 pp. ISBN - 978-1683674580
4. Wendy Snyder, Larry, Champness. Molecular Genetics of Bacteria. American Society for Microbiology, 1997, 526 pp. ISBN - 978-1555811020
Štúdium prebieha formou prednášok, konzultácií a formou samoštúdia. Za celé obdobie štúdia doktorand absolvuje: 12 hodín prednášok, 30 hodín konzultácií a 58 hodín samoštúdia. Hodnotenie predmetu prebieha individuálne podľa študijného plánu doktoranda na základe úrovne poznania a pochopenia moderných molekulových metód aplikovaných v modernom mikrobiologickom výskume v nadväznosti na tému dizertačnej práce. Hodnotenie predmetu je štandardné a odráža úroveň teoretických znalostí a praktických zručností v problematike modernej molekulovej mikrobiológie s hodnotením absolvoval/neabsolvoval, ktoré sú preukázané dostatočnou úrovňou poznatkov o moderných molekulových prístupoch pri analýze jednotlivých mikrobiálnych izolátov, ale aj komplexných mikrobiálnych spoločenstiev.
slovenský, anglický
Predmet Moderné metódy v mikrobiologickom výskume je súčasťou študijných aktivít doktoranda a má významne individuálny charakter s ohľadom na zameranie témy dizertačnej práce. Základná osnova predmetu sa venuje nasledujúcim okruhom: Úvod do moderných mikrobiologických metód, prehľad tradičných vs. moderných prístupov, význam molekulárnych a genomických techník v súčasnom výskume. Fluorescenčná mikroskopia, konfokálna mikroskopia, elektrónová mikroskopia (SEM, TEM). Kultivačne nezávislé metódy, metagenomika a analýza mikrobiálnych komunít, amplikónové sekvenovanie (16S/18S rRNA, ITS), metatranskriptomika, metaproteomika, PCR, qPCR, digital droplet PCR. Klonovanie, expresia génov, mutagenéza. Genomické a bioinformatické metódy, celogénómové sekvenovanie, genome assembly, anotácia, komparatívna genomika. Fylogenetické analýzy a databázy. Hmotnostná spektrometria, proteomické mapovanie a kvantifikácia, metabolomická profilácia mikroorganizmov. Mikrobiálna ekológia, biofilmy. Aplikácia moderných metód, environmentálna mikrobiológia, priemyselná mikrobiológia. Bioetika a regulačné rámce, etické a bezpečnostné aspekty, práca s GMO a patogénmi. Otvorená veda a reproducibilita.
Absolvovaním predmetu študenti získajú vedomosti v oblasti pokročilých molekulových prístupov a analytických metód aplikovaných v modernom mikrobiologickom výskume, vrátane najnovších poznatkov o aplikácii molekulových -omic prístupov (genomika, metagenomika, proteomika). Študenti nadobudnú vedomosti v problematike moderných mikrobiologických prístupov s dôrazom na zameranie projektu dizeračnej práce v súlade so špecifikami tém ich dizertačných prác. Predmet vedie študentov k samostatnej činnosti vrátane samoštúdia a vyhľadávania relevantných vedeckých informácií.
Scott F. Gilbert, Michael J.F. Barresi (2016): „Developmental Biology“ (11th edition; Sinauer Associates, Inc.)
Eva Mišúrová, Zuzana Daxnerová (2016): „Molekulovo-biologické základy ontogenetického vývinu“ (Ústav biologických a ekologických vied)
účasť na prednáškach a skúška
slovenčina, angličtina
1. Gametogenéza cicavcov. Molekulárna podstata a regulácia spermatogenézy a oogenézy.
2. Oplodnenie a raný vývin embrya. Blastulácia. Regulácia raného vývinu embrya a polarizácia
zárodka.
3. Gastrulácia. Indukcia primitívneho prúžka a zárodočných vrstiev. Určenie osí embrya.
4. Neurulácia. Špecifikácia a vývin nervovej sústavy.
5. Somitogenéza, myogenéza a predlžovanie tela embrya.
6. Organogenéza. Vývin zmyslových orgánov a epidermy.
7. Organogenéza. Vývin kardiovaskulárnej sústavy.
8. Organogenéza. Vývin vylučovacej sústavy a pohlavných orgánov.
9. Organogenéza. Vývin osovej kostry a končatín.
10. Organogenéza. Vývin tráviacej a dýchacej sústavy.
11. Regenerácia, starnutie a senescencia.
12. Vývinové defekty. Genetické vývinové chyby, teratogény, endokrinné príčiny vývinových
defektov a abnormalít.
13. Rakovina ako vývinové ochorenie.
Študent získa základné poznatky o ontogenetickom vývine cicavcov na úrovni molekulárnych mechanizmov a ich regulácií počas gametogenézy, oplodnenia, včasného vývinu (morulácia, blastulácia, gastrulácia) a organogenézy.
Forma výučby: Konzultácie a samoštúdium odbornej literatúry a vedeckých článkov súvisiacich s témou dizertačnej práce.
Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):
Za obdobie štúdia: 20 h - konzultácie, 100 h - samoštúdium.
Metóda štúdia: prezenčná, dištančná.
Gilbert S.F., Barresi M.J.F.: Developmental Biology (11th edition), Sinauer Associates (Oxford University Press), 2016
Carlson, B.M.: Human Embryology & Developmental Biology (6th edition), Elsevier, 2019
Mišúrová E., Daxnerová Z.: Molekulovo-biologické základy ontogenetického vývinu, Ústav biologických a ekologických vied, 2016
Štúdium prebieha prevažne formou samoštúdia, doplneného o 20 hodín konzultácií s vyučujúcim predmetu. Hodnotenie predmetu prebieha individuálne, v súlade so študijným plánom doktoranda a na základe preukázania orientácie v molekulárnych mechanizmoch ontogenetického vývinu cicavcov v nadväznosti na tému dizertačnej práce. Hodnotenie predmetu je štandardné a odráža primerané zvládnutie uvedenej problematiky s hodnotením absolvoval/neabsolvoval.
slovenský, anglický
Predmet Molekulárne mechanizmy v ontogenéze cicavcov je súčasťou študijných aktivít doktoranda a má čiastočne individuálny charakter s ohľadom na špecifickosť jednotlivých tém dizertačnej práce. Základná osnova je determinovaná nasledovne: Gametogenéza cicavcov, molekulárna podstata a regulácia spermatogenézy a oogenézy. Oplodnenie a raný vývin embrya, blastulácia, regulácia raného vývinu embrya a polarizácia zárodka. Gastrulácia, indukcia primitívneho prúžka a zárodočných vrstiev, určenie osí embrya. Neurulácia, špecifikácia a vývin nervovej sústavy. Somitogenéza, myogenéza a predlžovanie tela embrya. Organogenéza (regulácia vývinu zmyslových orgánov a epidermy, kardiovaskulárnej sústavy, vylučovacej sústavy a pohlavných orgánov, osovej kostry a končatín, tráviacej a dýchacej sústavy). Regenerácia, starnutie a senescencia. Vývinové defekty, genetické vývinové chyby, teratogény, endokrinné príčiny vývinových defektov a abnormalít. Rakovina ako vývinové ochorenie.
Absolvovaním predmetu študenti získajú potrebné poznatky o ontogenetickom vývine cicavcov a dostatočnú orientáciu v problematike relevantnej pre tematické zameranie ich dizertačnej práce. Tieto znalosti predstavujú prehĺbenie základných poznatkov o molekulárnych, regulačných a signálnych mechanizmoch zodpovedných za kontrolu a riadenie kľúčových procesov prebiehajúcich počas embryonálneho a postnatálneho vývinu cicavcov a človeka. Študenti zároveň porozumejú mechanizmom, ktorých deregulácia môže viesť k patologickým zmenám a prejavom. Cieľom predmetu je tiež podpora samostatného štúdia a vyhľadávania vedeckých informácií.
Forma výučby: Prednáška a samoštúdium odbornej literatúry nadväzujúcej na tému dizertačnej práce.
Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):
Za obdobie štúdia: 10 h - priama výučba, 25 h - konzultácie, 100 h - samoštúdium.
Metóda štúdia: prezenčná, dištančná.
1. Lodish, H. Molecular Cell Biology, 9th Ed., W.H. Freeman, 2021, 1264 pp., ISBN-13: 9781319208523
2. Cullis, C. A. Plant Genomics, John Wiley & Sons, 2025, ISBN-10: 1394211554
Štúdium prebieha čiastočne formou prednášok a z väčšej časti samoštúdiom. Za celé obdobie štúdia študent absolvuje 10 hodín priamej výučby (úvodný blok prednášok), 25 hodín konzultácií (blok konzultácií podľa zamerania dizertačnej práce doktoranda) a 100 hodín samoštúdia. Hodnotenie predmetu prebieha individuálne podľa študijného plánu doktoranda a na základe zvládnutia potrebnej sumy vedomostí z fungovania molekúl a buniek, vrátane regulácie génovej expresie, bunkovej signalizácie, bunkového cyklu a funkcie vybraných proteínov v nadväznosti na tému dizertačnej práce. Hodnotenie predmetu je štandardné a odráža dostatočnú orientáciu študenta v uvedenej problematike s hodnotením absolvoval/neabsolvoval.
slovenský, anglický
Predmet Molekulárna biológia pre doktorandov je súčasťou študijných aktivít doktoranda a má čiastočne individuálny charakter s ohľadom na špecifickosť jednotlivých tém dizertačnej práce. Študenti získajú najnovšie poznatky o tom, ako sú genómy organizované, analyzované a manipulované pri štúdiu a liečbe chorôb vrátane aplikácií súčasných metód v DNA technológii, sekvenovaní DNA, analýze transkriptómov a proteómov na individuálnej a globálnej úrovni; manipulácii s génovou expresiou in vitro a in vivo, epigenetike, nekódujúcich RNA, génovej terapii a ako sa moderné molekulové metódy používajú na riešenie problémov v molekulárnych biologických vedách, biomedicínskych vedách a biotechnológiách.
Po absolvovaní úvodného bloku zameraného na všeobecné poznatky z molekulárnej biológie bunky si študent vyberie jeden z blokov podľa zamerania svojej dizertačnej práce.
Blok: 1. Molekulárna biológia prokaryotickej bunky
2. Molekulárna biológia nádorovej bunky
3. Molekulárna biológia eukaryotickej bunky
4. Molekulárna biológia nervovej bunky
Absolvovaním predmetu si študenti upevnia vedomosti z molekulárnej biológie bunky a získajú podrobný prehľad o fungovaní molekúl a buniek, vrátane regulácie génovej expresie, bunkovej signalizácie, bunkového cyklu a funkcie vybraných proteínov a získajú dostatočnú orientáciu v problematike s dôrazom na zameranie projektu dizertačnej práce v súlade so špecifikami jednotlivých tém. Cieľom predmetu je tiež podpora samoštúdia a samostatného vyhľadávania vedeckých informácií.
Poskytnúť študentom informácie o význame modelov v genetickom výskume, oboznámiť ich so základnými genetickými modelmi a významnými výsledkami dosiahnutými s ich využitím v genetickom výskume.
Snustad, P.D., Simmons, M.J.: Genetika. Nakladatelství Masarykovy univerzity, Brno, 2009, 871 str., 2017, 864 str.
vedecké periodiká z oblasti genetiky,
internetové zdroje
ÚBEV/GE1/03
protokoly
protokoly,
vypracovanie projektu na tému: Modelový objekt pre moju diplomovú prácu,
ústna skúška
slovenský a anglický
Základné vlastnosti modelových organizmov využívaných v genetike. Vírusové modely v genetike (Vírus tabakovej mozaiky, bakteriofág Lambda, PhiX174, korona víruy). Modelové objekty v genetike prokaryotických organizmov (Escherichia coli, Diplococcus pneumoniae, Agrobacterium tumefaciens a A. rhizogenes), ďalšie prokaryotické modely (Bacillus subtilis, Caulobacter crescentus, Mycoplasma genitalium, Synechocystis sp.) a jednoduchých eukaryotických organizmov (Saccharomyces cerevisiae, Neurospora crassa, Aspergillus nidulans, Dictiostelium discoideum), živočíchov (Drosophila melanogaster, Caenorhabditis elegans, Danio rerio, Mus musculus), ďalších živočíšnych modelov (Xenopus laevis, Ambystoma mexicanum, Chrysemys picta, Anolis carolinensis, Fugu rubripes, Gallus gallus, Heterocephalus glaber ) a rastlín (Pisum sativum, Arabidopsis thaliana, Nicotiana tabacum, Zea mays, Selaginella moellendorffii, Brachypodium distachyon, Lotus japonicus, Populus trichocarpa). Genetické databázy. Modelové organizmy a ich význam pri odhaľovaní príčin ľudských ochorení.
Poskytnúť základné informácie o modelových organizmoch v genetike prokaryotických a eukaryotických organizmov.
ústna skúška
Forma výučby: Prednášky, konzultácie, praktické činnosti, štúdium odbornej literatúry nadväzujúcej na tému dizertačnej práce.
Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):
Za obdobie štúdia: 30 h - priama výučba, 10 h - konzultácie, 30 h - praktické činností, 50 h - samoštúdium.
Metóda štúdia: prezenčná, dištančná.
1. Snustad, P.D., Simmons, M.J.: Genetika. Nakladatelství Masarykovy univerzity, Brno, 2009, ISBN: 9788021048522, 871 str., 2017, ISBN: 9788021086135, 864 str.
2. Davis, H.D.: The Microbial Models of Molecular Biology: From Genes to Genomes. Oxford University Press, 2003, ISBN-10: 0195154363, ISBN-13: 978-0195154368, 337 str.
3. vedecké periodiká z oblasti genetiky a molekulárnej biológie
4. internetové zdroje
Štúdium prebieha formou prednášok, praktických laboratórnych cvičení a samoštúdiom. Za celé obdobie štúdia študent absolvuje 30 hodín priamej výučby, 30 hodín praktických činností v laboratóriu, 10 hodín individuálnych konzultácií a 50 hodín samoštúdia. Doktorand je hodnotený na základe zvládnutia praktických činností a overenia vedomostí získaných samoštúdiom odbornej literatúry, ktorých zvládnutie bude overené krátkou prezentáciou dokumentujúcou možnosti využitia modelového/modelových organizmu/organizmov v experimentoch súvisiacich s témou dizertačnej práce. Následne sú jeho vedomosti overované individuálnou skúškou z predmetu. Hodnotenie predmetu je štandardné a odráža dostatočnú orientáciu študenta v uvedenej problematike s hodnotením absolvoval/neabsolvoval. Súčasťou hodnotenia je aj vypracovanie projektu na tému: Modelový objekt vhodný na dosiahnutie cieľov dizertačnej práce.
slovenský, anglický
Predmet Modelové organizmy v genetike a molekulárnej biológii je súčasťou študijných aktivít doktoranda a má čiastočne individuálny charakter pričom zohľadňuje špecifickosť tém dizertačnej práce. Základná osnova je stanovená nasledovne:
Základné vlastnosti modelových organizmov využívaných v genetike a molekulárnej biológii. Vírusové modely v genetike (Vírus tabakovej mozaiky, vírus karfiolovej mozaiky, bakteriofág Lambda, PhiX174, SV 40, chrípkové vírusy a korona vírusy). Modelové objekty v genetike a molekulárnej biológii prokaryotických organizmov (Escherichia coli, Streptococcus pneumoniae, Rhizobium radiobacter), ďalšie prokaryotické modely (Bacillus subtilis, Caulobacter crescentus, Mycoplasma genitalium, Synechocystis sp.) a jednoduchých eukaryotických organizmov (Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe, Komagataella phaffii, Yarrowia lipolytica, Dictiostelium discoideum). Modely vreckatých húb (Aspergillus nidulans, Neurospora crassa). Modely živočíchov (Drosophila melanogaster, Caenorhabditis elegans, Danio rerio, Mus musculus, Rattus norvegicus), ďalších živočíšnych modelov (Xenopus laevis, Ambystoma mexicanum, Chrysemys picta, Anolis carolinensis, Fugu rubripes, Gallus gallus, Heterocephalus glaber) a rastlín (Arabidopsis thaliana, Nicotiana tabacum, Zea mays, Selaginella moellendorffii, Brachypodium distachyon, Lotus japonicus, Populus trichocarpa). Človek ako modelový organizmus, rakovinové bunkové línie. Modelové organizmy a ich význam pri odhaľovaní príčin ľudských ochorení. Genetické databázy.
Absolvovaním predmetu študenti získajú všeobecné vedomosti o najnovšom stave bádania využívajúcom modelové biologické systémy a ich využitie pre testovanie vedeckých hypotéz. Cieľom predmetu je poskytnúť študentom informácie pre dostatočnú orientáciu v problematike s dôrazom na zameranie projektu dizertačnej práce. Tieto vedomosti predstavujú rozšírenie základných poznatkov o modelových organizmoch využívaných v genetike a molekulárnej biológii získané v základnom predmete. Úspešný absolvent predmetu je schopný samostatne spracovať poznatky o využití modelových organizmov a aplikovať ich na špecifický biologický systém, ktorý využíva pre dosiahnutie cieľov dizertačnej práce. Zároveň je podporená schopnosť študenta orientovať sa v širokom komplexe vedeckých publikácií a vyhľadávať relevantné informácie potrebné pre tvorivé riešenie originálnych vedeckých problémov.
Spoluautor monografie v renomovanom vydavateľstve.
Publikovaním monografia v renomovanom vydavateľstve doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky.
Spoluautor monografie.
Publikovaním monografia v renomovanom vydavateľstve doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky.
Forma výučby: Prednáška a samoštúdium odbornej literatúry nadväzujúcej na tému dizertačnej práce.
Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):
Za obdobie štúdia: 10 h - priama výučba, 10 h - konzultácie, 100 h - samoštúdium.
Metóda štúdia: prezenčná, dištančná.
1. L. Pecorino: Molecular Biology of Cancer. Mechanisms, Targets, and Therapeutics. Fifth Edition, Oxford University Press, 2021
2. B. Alberts et al.: Molecular Biology of the Cell, 4rd edition, Garland Science, New York 2002
3. B. Alberts et al.: české vydání – Základy buněčné biologie, Espero Publishing, Ústí n./Labem 1998
4. A. Rejthar, B. Vojtěšek: Obecná patologie nádorového růstu, GRADA Publishing, s. r. o., 2002
5. S. Štípek a kol.: Antioxidanty a volné radikály ve zdraví a v nemoci, GRADA Publishing, s.r.o. 2000
6. V. Hořejší, J. Bartúňková: Základy imunologie, 2. vydání, Triton, Praha 2002
7. What you need to know about cancer, Scientific American - Special Issue, September 1996 – celé číslo
Štúdium prebieha čiastočne formou prednášok a z väčšej časti samoštúdiom. Za celé obdobie štúdia študent absolvuje 10 hodín prednášok, 10 hodín konzultácií a 100 hodín samoštúdia. Hodnotenie predmetu prebieha individuálne podľa študijného plánu doktoranda a na základe zvládnutia potrebnej sumy vedomostí z molekulárnych základov karcinogenézy v nadväznosti na tému dizertačnej práce. Hodnotenie predmetu je štandardné a odráža dostatočnú orientáciu študenta v uvedenej problematike s hodnotením absolvoval/neabsolvoval.
slovenský, anglický
Predmet Molekulárne základy karcinogenézy je súčasťou študijných aktivít doktoranda a má čiastočne individuálny charakter s ohľadom na špecifickosť jednotlivých tém dizertačnej práce. Základná osnova je determinovaná nasledovne: Vznik a rozvoj nádorového ochorenia (fázy karcinogenézy, genetické a epigenetické faktory, typy nádorov), odlišnosti normálnych a transformovaných buniek. Všeobecné vlastnosti nádorových buniek, proliferatívne zmeny, pseudotumory, teória karcinogenézy. Chemické a fyzikálne karcinogény, faktory vonkajšieho prostredia v procese karcinogenézy, žiarenie - neionizujúce a ionizujúce, chemické karcinogény - polycyklické aromatické uhľovodíky, peroxisomové proliferátory, xenobiotické lipidy, chlorované pesticídy, karcinogény a kokarcinogény, antikarcinogény. Molekulárne základy vzniku a rozvoja nádorového ochorenia, genetické mechanizmy, mutácia a mutagény, nádorovo promočné faktory (exogénne a endogénne), protoonkogén a onkogén, klasifikácia protoonkogénov, aktivácia protoonkogénov. Onkogény kódujúce rastové faktory a receptory rastových faktorov, onkogény kódujúce Ras-proteíny, nereceptorové proteinkinázy a transkripčné faktory. Nádorové supresorové gény RB, TP53, interakcia Rb-proteínu s transkripčným faktorom E2F, biologická funkcia p53 a p21, mechanizmus expresie génu TP53, inaktivácia proteínu p53, vzťahy medzi proteínmi p53, p21 a pRb, niektoré ďalšie nádorové supresorové gény. Vírusy ako indukčné agens karcinogenézy, biológia onkodna vírusov, onkoproteíny, biológia vírusov s RNA-génomom, inzerčná mutagenéza, transdukcia akútne transformujúcimi retrovírusmi. Metastázovanie. Jednotlivé kroky metastatického procesu (invázia, intravazácia, cirkulácia, extravazácia, a metastatická kolonizácia). Mikrometastázy. Angiogenéza, neangiogénny rast nádorov, angiogénny rast nádorov, nádorová vaskulatúra, angiogénne faktory asociované s nádormi. Význam oxidatívneho metabolizmu, tvorba reaktívnych foriem kyslíka v živých systémoch, pozitívne a toxické účinky reaktívnych foriem kyslíka, antioxidačné systémy, reaktívne formy kyslíka v iniciácii karcinogenézy a progresii nádorov. Mnohopočetná lieková rezistencia, mechanizmy mnohopočetnej liekovej rezistencie, metabolizmus xenobiotík cytochróm P450 monooxygenázami, eflux xenobiotík ABC transportnými proteínmi, ABC transportné proteíny a terapia. Prevencia, diagnostika a liečba nádorových ochorení, experimentálne, epidemiologické a klinické štúdie, populačný screening, biologicko-diagnostické markery, genetická predispozícia, terapie - chirurgia, žiarenie, chemoterapia, imunoterapia.
Absolvovaním predmetu študenti získajú potrebnú sumu vedomostí z molekulárnych základov karcinogenézy a dostatočnú orientáciu v problematike s dôrazom na zameranie projektu dizertačnej práce v súlade so špecifikami jednotlivých tém. Tieto znalosti predstavujú rozšírenie základných poznatkov o konverzii normálnej bunky na nádorovú, genetických a epigenetických faktoroch ovplyvňujúcich tento proces a molekulárnych základoch vzniku a rozvoja nádorového ochorenia získaných v základnom predmete na magisterskom stupni (Cytopatológia). Cieľom predmetu je tiež podpora samoštúdia a samostatného vyhľadávania vedeckých informácií.
Publikácia uverejnená v nerecenzovanom zahraničnom alebo domácom zborníku ako autor/spoluautor
Publikovaním v nerecenzovanom zahraničnom alebo domácom zborníku ako autor/spoluautor doktorand preukazuje spôsobilosť identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť finalizovať vlastné myšlienky v písomnom prejave.
Uvedená v schválenom zadaní dizertačnej práce.
Dizertačná práca je výsledkom vlastného vedeckého výskumu študenta. Nesmie vykazovať prvky akademického podvodu a musí spĺňať kritériá správnej výskumnej praxe definované v Rozhodnutí rektora č. 21/2021, ktorým sa stanovujú pravidlá posudzovania plagiátorstva na Univerzite Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach a jej súčastiach. Plnenie kritérií sa overuje najmä v procese školenia a v procese obhajoby práce. Ich nedodržanie je dôvodom na začatie disciplinárneho konania.
Študent realizuje činnosti pod vedením školiteľa dizertačnej práce. Výsledkom práce študenta má byť splnenie cieľov uvedených v schválenom zadaní dizertačnej práce.
Dizertačná práca má charakter vedeckej práce a študent ňou preukáže rozsiahle zvládnutie teórie a odbornej terminológie študijného odboru, nadobudnutie vedomostí, zručností a kompetentností v súlade s deklarovaným profilom absolventa študijného programu, ako aj schopnosť aplikovať ich originálnym spôsobom pri riešení vybraného vedeckého problému. Študent preukáže schopnosť samostatnej vedeckej práce z obsahového, formálneho a etického hľadiska. Ďalšie podrobnosti dizertačnej práce určuje Smernica č. 1 /2011 o základných náležitostiach záverečných prác a Študijný poriadok UPJŠ v Košiciach pre doktorandské štúdium.
Získanie požadovaného počtu kreditov v predpísanej skladbe podľa študijného poriadku UPJŠ, vypracovanie a obhajoba práce, úspešne vykonaná dizertačná skúška.
Doktorand preukázal predpoklady na úspešné pokračovanie v štúdiu splnením podmienok predpísaných študijným poriadkom pre študijnú a vedeckú časť doktorandského štúdia viažucu sa na tému dizertačnej práce.
Beránek, J. (2023). Moderní pedagogické metody a přístupy. Praha: Portál.
Fiala, M. (2023). Didaktika a metodika v současné škole. Praha: Grada Publishing.
Kováč, M. (2023). Vzdelávanie v 21. storočí: Inovatívne prístupy a metódy. Nitra: Vydavateľstvo UKF v Nitre.
Koudelka, J. (2023). Moderní didaktika a její aplikace. Praha: Karolinum.
Křížová, M., & Šebová, P. (2023). Vzdělávání učitelů: Teoretické a praktické přístupy. Praha: Triton.
Kučerová, M. (2023). Vzdělávání učitelů a profesionální rozvoj. Praha: Triton.
Mocová, M., & Lázňovská, M. (2023). Pedagogika a jej aplikácie v praxi. Bratislava: Vydavateľstvo Spolku slovenských pedagogických pracovníkov.
Novák, J., & Pol, M. (2024). Pedagogické výzkumy a inovace ve vzdělávání. Praha: Portál.
Sikora, J. (2022). Didaktika a metodika vzdelávania: Nové výzvy a trendy. Bratislava: Vydavateľstvo Univerzity Komenského v Bratislave.
Škoda, J. (2022). Efektivní výuka: Praktické strategie a metody. Praha: Grada Publishing.
Švec, J. (2023). Didaktika a školní politika: Teorie a praxe. Praha: Grada Publishing.
Vojtová, K. (2024). Diferenciace a inkluze ve vzdělávání. Praha: Wolters Kluwer.
1. Vypracovanie pedagogického denníka - 100%.
2. Povinná aktívna účasť a dochádzka v súlade so Študijným poriadkom.
slovenský
Osobnosť vysokoškolského učiteľa. Vyučovací štýl učiteľa. Študent vo vysokoškolskej výučbe. Učebné štýly študentov. Možnosti prispôsobenia vyučovacích štýlov učiteľa a učebných štýlov študentov. Interakcia a komunikácia vysokoškolský učiteľ – študent vo vyučovacom procese. Pedagogické kompetencie vysokoškolského učiteľa. Didaktická analýza učiva, učebný text, učebnica. Formy vysokoškolskej výučby. Metódy vysokoškolskej výučby. Metódy preverovania a hodnotenia študentov. Tvorba didaktického testu. Projektovanie vyučovacieho procesu vysokoškolského učiteľa. Sebareflexia vysokoškolského učiteľa.
Študent/ka po absolvovaní predmetu získa vedomosti, zručnosti a kompetencie, t.j. dokáže:
Vedomosti
Definovať a aplikovať základné didaktické zásady, metódy, formy a prostriedky vo vyučovacom procese vysokoškolských odborných predmetov. Identifikovať a špecifikovať edukačné postupy vysokoškolského učiteľa, zamerané na efektívne riadenie výučby, pedagogickú diagnostiku a hodnotenie výsledkov vzdelávania. Rozpoznať rôzne prístupy k pedagogickej evaluácii a ich vplyv na zlepšenie kvality vzdelávacieho procesu na vysokej škole.
Zručnosti
Implementovať účinné edukačné metódy a techniky do výučby odborných predmetov, prispôsobené potrebám vysokoškolských študentov. Vykonávať pedagogickú diagnostiku, hodnotiť pokrok študentov a aplikovať vhodné evalvačné metódy na zlepšenie výsledkov vzdelávania. Analyzovať a reflektovať vlastný vyučovací proces, identifikovať oblasti na zlepšenie a zefektívnenie výučby odborných predmetov, vrátane racionalizácie časovej a obsahovej štruktúry výučby. Prezentovať konkrétne návrhy na zefektívnenie vyučovacieho procesu, vrátane využívania nových technológií a inovatívnych pedagogických prístupov.
Kompetencie
Sebavedome a efektívne riadiť výučbu vysokoškolských predmetov, aplikujúc edukačné spôsobilosti zohľadňujúce špecifiká vzdelávania na vysokej škole. Kriticky reflektovať vlastnú pedagogickú prax a výsledky vzdelávania študentov s cieľom zlepšiť výučbové postupy a dosiahnuť vyššiu kvalitu vzdelávacieho procesu. Aplikovať inovatívne riešenia na racionalizáciu a zefektívnenie vyučovacieho procesu, s cieľom zvýšiť angažovanosť a úspešnosť vysokoškolských študentov.
Aktívna účasť na cvičeniach.
slovenský, anglický
V prípade nutnosti je predmet realizovaný dištančnou formou výučby.
1. dizajnovanie biologického experimentu, legislatívny a etický rámec biologických experimentov
2. formulovanie vedeckej hypotézy a stratégia vhodnej experimentálnej metódy pre dosiahnutie cieľov
3. výber vhodného experimentálneho zvieraťa pre dosiahnutie cieľov experimentu
4. výber vhodnej metódy odberu a spracovania biologického materiálu (izolácia tkaniva, fixácia, zmrazovanie, spracovanie a krájanie vzorky)
5. imunoznačenie buniek a tkanív pre svetelnú, fluorescenčnú a elektrónovú mikroskopiu
6. dizajnovanie a príprava sond pre in situ hybridizáciu
7. metódy zobrazovania buniek a tkanív epifluorescenčnou mikroskopiou
8. metódy zobrazovania buniek a tkanív pomocou transmisnej elektrónovej mikroskopie
9. metódy zobrazovania buniek a tkanív pomocou skenovacej elektrónovej mikroskopie
10. využitie transgénnych zvierat v experimentálnom výskume
11. analýza obrazu pomocou softvéru ImageJ, tvorba obrazového výstupu
12. kvantifikácia a štatistické analýzy
Naučiť študentov dizajnovať a zrealizovať experiment s využitím zobrazovacích metód v oblasti biomedicínskeho výskumu.
Forma výučby: Prednášky, konzultácie, praktické činnosti a samoštúdium odbornej literatúry, ktorá nadväzuje na tému dizertačnej práce.
Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):
Za obdobie štúdia: 12 h - priama výučba, 42 h – praktické činnosti, 10 h - konzultácie, 36 h - samoštúdium.
Metóda štúdia: prezenčná.
Šachl a Amaro: Fluorescence Spectroscopy and Microscopy in Biology, Springer Series on Fluorescence, Springer Cham, (2023), 978-3-031-30361-6
Michler: Compact Introduction to Electron Microscopy. essentials. Springer, Wiesbaden. (2023) ISSN 2197-6708
Yau a kol.: Principles of deep immunohistochemistry for 3D histology, Cell Reports Methods, 3 (5), (2023) ISSN 2667-2375
Nielsen a Jones (eds.): In Situ Hybridization Protocols, Methods in Molecular Biology, Springer Science+Business Media LLC, vol. 2148 (2020)
Štúdium prebieha formou prednášok, konzultácií, praktických činností a formou samoštúdia. Za celé obdobie štúdia doktorand absolvuje: 12 hodín prednášok, 10 hodín konzultácií, 42 hodín praktických činností a 36 hodín samoštúdia. Hodnotenie predmetu prebieha individuálne podľa študijného plánu doktoranda a na základe zvládnutia potrebnej sumy vedomostí z problematiky mikroskopických metód aplikovaných v biologickom výskume v nadväznosti na tému dizertačnej práce. Hodnotenie predmetu je štandardné a odráža dostatočnú orientáciu študenta v uvedenej problematike s hodnotením absolvoval/neabsolvoval, ktorá je preukázaná zvládnutím základov mikroskopických techník pre samostatnú prácu doktoranda.
slovenský, anglický
Predmet Pokročilé mikroskopické metódy v biológii je súčasťou študijných aktivít doktoranda a má čiastočne individuálny charakter s ohľadom na špecifickosť témy dizertačnej práce. Základná osnova je determinovaná nasledovne: Návrh experimentu, legislatívny a etický rámec biologických experimentov. Formulovanie vedeckej hypotézy a stratégia vhodnej experimentálnej metódy pre dosiahnutie cieľov. Výber vhodného experimentálneho modelu pre dosiahnutie cieľov experimentu. Výber vhodnej metódy odberu a spracovania biologického materiálu (izolácia, fixácia, zmrazovanie, spracovanie a krájanie vzorky). Imunoznačenie vzoriek pre svetelnú, fluorescenčnú a elektrónovú mikroskopiu. Návrh a príprava sond pre in situ hybridizáciu. Metódy zobrazovania vzoriek epifluorescenčnou mikroskopiou. Metódy zobrazovania vzoriek pomocou transmisnej elektrónovej mikroskopie. Metódy zobrazovania vzoriek pomocou skenovacej elektrónovej mikroskopie. Aplikácia transgénnych zvierat v experimentálnom výskume. Analýza obrazu pomocou softvéru ImageJ, tvorba obrazového výstupu. Kvantifikácia a štatistické analýzy.
Absolvovaním predmetu študenti získajú vedomosti v oblasti pokročilých zobrazovacích metód aplikovaných v biologickom výskume, vrátane voľby vhodného experimentálneho modelu pri navrhovaní experimentu, etického rámca biologických experimentov, po spracovanie mikrofotografií a kvantitatívne analýzy. Študenti nadobudnú vedomosti v problematike s dôrazom na zameranie projektu dizeračnej práce v súlade so špecifikami tém ich dizertačných prác. Predmet vedie študentov k samostatnej činnosti vrátane samoštúdia a vyhľadávania relevantných vedeckých informácií.
Aktívne zapojenie sa do popularizácie vedy.
Preukázaná spôsobilosť prezentovať vedu laickej verejnosti, využívať interaktívne metódy vedeckej komunikácie, identifikovať cieľovú skupinu a prispôsobiť komunikačný jazyk úrovni odborných vedomostí. Doktorand dokáže vzbudiť záujem a motivovať špecifické cieľové skupiny v oblasti svojho vedeckého pôsobenia ale aj v širšom kontexte vedy.
Práca v organizačnom výbore konferencie.
Doktorand prácou v organizačnom výbore konferencie preukazuje spôsobilosti a kompetentnosti organizovať samostatne či v tíme vedecké alebo odborné podujatie, zvládnuť realizáciu z hľadiska času a obsahu, efektívne komunikovať slovom a písmom rôznymi technickými prostriedkami podľa potreby aj v cudzom jazyku na odbornej úrovni s rôznymi typmi ľudí, v prípade potreby správne odporúčať riešenia alebo samostatne rozhodovať.
Priama pedagogická činnosť 1 semestrohodina
Pedagogickou činnosťou doktorand preukazuje spôsobilosť prenášať a integrovať poznanie z vlastného študijného odboru do vzdelávania. Je schopný vybrať a aplikovať správne techniky a stratégie manažmentu študijnej skupiny, vysokoškolského vzdelávania a hodnotenia výsledkov vzdelávania. Je spôsobilý navrhnúť a realizovať časť vzdelávacieho procesu v súlade s aktuálnymi trendmi vysokoškolského vzdelávania a požiadavkami kladenými na úroveň komunikačných a digitálnych kompetentností.
Priama pedagogická činnosť 2 semestrohodiny
Pedagogickou činnosťou doktorand preukazuje spôsobilosť prenášať a integrovať poznanie z vlastného študijného odboru do vzdelávania. Je schopný vybrať a aplikovať správne techniky a stratégie manažmentu študijnej skupiny, vysokoškolského vzdelávania a hodnotenia výsledkov vzdelávania. Je spôsobilý navrhnúť a realizovať časť vzdelávacieho procesu v súlade s aktuálnymi trendmi vysokoškolského vzdelávania a požiadavkami kladenými na úroveň komunikačných a digitálnych kompetentností.
Priama pedagogická činnosť 3 semestrohodiny
Pedagogickou činnosťou doktorand preukazuje spôsobilosť prenášať a integrovať poznanie z vlastného študijného odboru do vzdelávania. Je schopný vybrať a aplikovať správne techniky a stratégie manažmentu študijnej skupiny, vysokoškolského vzdelávania a hodnotenia výsledkov vzdelávania. Je spôsobilý navrhnúť a realizovať časť vzdelávacieho procesu v súlade s aktuálnymi trendmi vysokoškolského vzdelávania a požiadavkami kladenými na úroveň komunikačných a digitálnych kompetentností.
Priama pedagogická činnosť 4 semestrohodiny
Pedagogickou činnosťou doktorand preukazuje spôsobilosť prenášať a integrovať poznanie z vlastného študijného odboru do vzdelávania. Je schopný vybrať a aplikovať správne techniky a stratégie manažmentu študijnej skupiny, vysokoškolského vzdelávania a hodnotenia výsledkov vzdelávania. Je spôsobilý navrhnúť a realizovať časť vzdelávacieho procesu v súlade s aktuálnymi trendmi vysokoškolského vzdelávania a požiadavkami kladenými na úroveň komunikačných a digitálnych kompetentností.
Alexitch, L. R. (2005). Applying social psychology to education. Social Psychology.–Еd.: Schneider F., Gruman J., Coutts L.–Sage Publications, Inc, 205-228.
Fry, H., Ketteridge, S., & Marshall, S. (2008). A handbook for teaching and learning in higher education: Enhancing academic practice. Routledge.
Mareš, J.: Pedagogická psychologie. Portál, 2013.
Kniha psychologie. Universum, 2014
Čáp, J., Mareš, J.: Psychologie pro učitele. Praha: Portál 2007.
Vágnerová, M.: Školní poradenská psychológie pro pedagogy. Praha: Karolínum 2005.
Cuevas, J. A., Childers, G., & Dawson, B. L. (2023). A rationale for promoting cognitive science in teacher education: Deconstructing prevailing learning myths and advancing research-based practices. Trends in neuroscience and education, 100209.
University teacher and his work in the teaching process with a focus on:
teacher in relation to himself (cognitive, personality, social competencies and competencies in the use of methods), in relation to students and as part of the teacher-student relationship based on selected areas of cognitive psychology, psychology of emotions and motivation, developmental psychology, social psychology , educational psychology and health psychology with application to the university environment
Prípadová štúdia, mikrovýstup, jeho analýza
Aktuálne úpravy predmetu sú uvedené v elektronickej nástenke predmetu.
slovenský
Vysokoškolský učiteľ a jeho pôsobenie v procese vyučovania so zameraním sa na:
učiteľa vo vzťahu k sebe samému (kognitívnym, osobnostným, sociálnym kompetenciám a kompetenciám v oblasti využívania metód), vo vzťahu k študentom a ako súčasť vzťahu učiteľ-žiak na základe vybraných oblastí z kognitívnej psychológie, psychológie emócií a motivácie, vývinovej psychológie, sociálnej psychológie, pedagogickej psychológie a psychológie zdravia s aplikáciou na vysokoškolské prostredie
Obsah predmetu vychádza z vybraných psychologických poznatkov z kognitívnej psychológie, psychológie emócií a motivácie, psychológie osobnosti, vývinovej, sociálnej, pedagogickej psychológie a psychológie zdravia. Výučba je realizovaná kombináciou prednášok s interaktívnymi, zážitkovými metódami, diskusiou, otvorenou komunikáciou pri vzájomnom rešpekte, podpore samostatnosti, aktivity a motivácie študentov.
Osnova:
Vysokoškolský učiteľ a jeho pôsobenie v procese vyučovania so zameraním sa na:
učiteľa vo vzťahu k sebe samému (kognitívnym, osobnostným, sociálnym kompetenciám a kompetenciám v oblasti využívania metód), vo vzťahu k študentom a ako súčasť vzťahu učiteľ-žiak na základe vybraných oblastí z kognitívnej psychológie, psychológie emócií a motivácie, vývinovej psychológie, sociálnej psychológie, pedagogickej psychológie a psychológie zdravia s aplikáciou na vysokoškolské prostredie.
Študenti po absolvovaní kurzu nadobudnú vedomosti umožňujúce porozumieť, zhrnúť a vysvetliť vybrané psychologické poznatky z kognitívnej psychológie, psychológie emócií a motivácie, psychológie osobnosti, vývinovej, sociálnej, pedagogickej psychológie a psychológie zdravia. Osvoja si zručnosti aplikovať uvedené psychologické poznatky nevyhnutné pre profesionálny, kompetentný výkon vysokoškolskej učiteľskej praxe doktorandov a rozvinú si kompetencie vytvoriť a zrealizovať výučbu odbornej témy s uplatneným psychologických poznatkov ako aj hodnotiť svoj výkon a výkon svojich spolužiakov formou konštruktívnej spätnej väzby.
Publikácia prijatá v časopise kategórie Q1 ako spoluautor.
Publikovaním v časopise kategórie Q1 ako spoluautor doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky.
Publikácia prijatá v časopise kategórie Q1 ako prvý alebo korešpondujúci autor.
Publikovaním v časopise kategórie Q1 ako prvý alebo korešpondujúci autor doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky
Publikácia prijatá v časopise kategórie Q2 ako spoluautor.
Publikovaním v časopise kategórie Q2 ako spoluautor doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky.
Publikácia prijatá v časopise kategórie Q2 ako prvý alebo korešpondujúci autor
Publikovaním v časopise kategórie Q2 ako prvý alebo korešpondujúci autor doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky.
Publikácia prijatá v časopise kategórie Q3 ako spoluautor.
Publikovaním v časopise kategórie Q3 ako spoluautor doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky.
Publikácia prijatá v časopise kategórie Q3 ako prvý alebo korešpondujúci autor
Publikovaním v časopise kategórie Q3 ako prvý alebo korešpondujúci autor doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky.
Publikácia prijatá v časopise kategórie Q4 ako spoluautor.
Publikovaním v časopise kategórie Q4 ako spoluautor doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky.
Publikácia prijatá v časopise kategórie Q4 ako prvý alebo korešpondujúci autor
Publikovaním v časopise kategórie Q43 ako prvý alebo korešpondujúci autor doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky.
Publikácia uverejnená v recenzovanom zahraničnom alebo domácom zborníku ako autor/spoluautor
Publikovaním v recenzovanom zahraničnom alebo domácom zborníku ako autor/spoluautor doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky
Získaná citácia registrovaná v SCI alebo Scopus
Získanie citácie preukazuje široké a veľmi dobre podložené vedecké poznanie v skúmanej oblasti, založené na spôsobilosti formulovať výskumné otázky, reflektovať vedecký problém takým spôsobom, ktorý generuje nové poznanie. Zároveň citácia v indexovanom zdroji preukazuje kompetentnosti komunikovať nové poznanie, ktoré je významným príspevkom k vedeckému poznaniu, na najvyššej expertnej úrovni
Spoluriešiteľ domáceho projektu.
Doktorand preukazuje spôsobilosť podieľať sa na tímovej práci, prinášať vlastný vklad do riešenia projektového zámeru a preberať zodpovednosť za pridelené úlohy. Riešením domáceho projektu nadobúda spôsobilosť realizovať projektový zámer podľa stanoveného postupu, dodržiavať harmonogram projektu, koordinovať vlastnú činnosť so spolupracovníkmi, podieľať sa na tvorbe výstupov. Doktorand získava cenné skúsenosti z praktického chodu grantového projektu.
Spoluriešiteľ interného VVGS grantu.
Doktorand preukazuje spôsobilosť podieľať sa na tímovej práci, prinášať vlastný vklad do riešenia projektového zámeru v rámci interného grantového systému na UPJŠ. Riešením interného VVGS grantu nadobúda spôsobilosť realizovať projektový zámer podľa stanoveného postupu, dodržiavať harmonogram projektu, koordinovať vlastnú činnosť so spolupracovníkmi, podieľať sa na tvorbe výstupov. Doktorand získava cenné skúsenosti z praktického chodu grantového projektu.
Prednáška a samoštúdium odbornej literatúry naväzujúcej na tému dizertačnej práce.
Murray R.K. a kol.: Harperova biochemie. Ed. J. Kraml, Galen, 2012.
Hulín I. a kol.: Patofyziológia. SAP Bratislava 2009
Koolman J., Röhm K.-H.: Barevný atlas biochemie (preklad 4. vydania), Grada Publishing Praha, 2012
Devlin T.M.: Textbook of biochemistry with clinical correlations. Wiley-Liss 2006
Štúdium prebieha čiastočne formou prednášok a z väčšej časti samoštúdiom. Za celé obdobie štúdia študent absolvuje 10 hodín prednášok, 10 hodín konzultácií a 100 hodín samoštúdia. Hodnotenie predmetu prebieha individuálne podľa študijného plánu doktoranda a na základe zvládnutia potrebnej sumy vedomostí z metabolizmu bunky v nadväznosti na tému dizertačnej práce. Hodnotenie predmetu je štandardné a odráža dostatočnú orientáciu študenta v uvedenej problematike s hodnotením absolvoval/neabsolvoval.
slovenský, anglický
Predmet Seminár z metabolizmu bunky je súčasťou študijných aktivít doktoranda a má čiastočne individuálny charakter s ohľadom na špecifickosť jednotlivých tém dizertačnej práce. Základná osnova je determinovaná nasledovne: Postavenie glukózy, fruktózy a galaktózy v energetickom metabolizme bunky, možnosti získavania energie v anaeróbnych podmienkach. Regulácia homeostázy glukózy, intracelulárna signalizácia inzulínu. Mastné kyseliny, acylglyceroly a ich metabolizmus, špecifiká buniek bieleho a hnedého tukového tkaniva. Acetyl-CoA, jeho tvorba a využitie, význam ketolátok v bioenergetike bunky. ATP ako energetická a signálna molekula. Fosfolipidy, sfingolipidy a ich funkcie. Bunkový metabolizmus cholesterolu a jeho regulácia. Degradácia a transformácia aminokyselín, metabolizmus aminodusíka. Hem – biosyntéza a odbúravanie, metabolizmus železa. Prostaglandíny, prostacyklíny a tromboxány, ich syntéza a funkcie. Cytosolická produkcia a úloha reaktívnych foriem kyslíka a dusíka, udržiavanie redoxnej homeostázy v bunkách. Kompartmentácia metabolických dejov v bunke.
Absolvovaním predmetu študenti získajú potrebnú sumu vedomostí z metabolizmu bunky a dostatočnú orientáciu v problematike s dôrazom na zameranie projektu dizeračnej práce v súlade so špecifikami jednotlivých tém. Tieto znalosti predstavujú rozšírenie základných poznatkov o energetických a metabolických dejoch slúžiacich na udržanie homeostázy v organizme živočíchov a človeka, získané v základnom predmete, so zameraním na kľúčové molekuly a deje prebiehajúce na subcelulárnej a molekulárnej úrovni. Cieľom predmetu je tiež podpora samoštúdia a samostatného vyhľadávania vedeckých informácií.
Členstvo v riešiteľskom kolektíve medzinárodného projektu.
Aktívne zapojenie riešením konkrétnej úlohy v rámci kolektívu riešiteľov medzinárodného projektu. Doktorand preukazuje spôsobilosť tímovej práce, preberania zodpovednosti za pridelenú úlohu, dodržiavania časového harmonogramu a plnenia výstupov projektu. Doktorand získava osobné skúsenosti z realizácie medzinárodného projektu, participácie na jeho kľúčových etapách, tvorbe merateľných výstupov, grantového financovania vedy.
Spoluriešiteľ projektu aplikovaného výskumu
Doktorand preukazuje spôsobilosť podieľať sa na tímovej práci, prinášať vlastný vklad do riešenia projektového zámeru aplikovaného výskumu a preberať zodpovednosť za pridelené úlohy. Riešením projektu aplikovaného výskumu nadobúda spôsobilosť realizovať projektový zámer podľa stanoveného postupu, dodržiavať harmonogram projektu, koordinovať vlastnú činnosť so spolupracovníkmi, podieľať sa na tvorbe výstupov aplikovaného výskumu. Doktorand získava cenné skúsenosti z praktického chodu grantového projektu so zameraním na aplikovaný výskum.
Forma výučby: Konzultácie a samoštúdium odbornej literatúry nadväzujúcej na tému dizertačnej práce.
Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):
Za obdobie štúdia: 15 h - konzultácie, 70 h - samoštúdium.
Metóda štúdia: prezenčná.
Bez špecifikácie vzhľadom na charakter konkrétnej témy dizertačnej práce. Odporúčaná literatúra je súčasťou individuálneho študijného plánu doktoranda.
Predmet sa vyučuje s dôrazom na zameranie projektu dizertačnej práce doktorandov a v súlade so špecifikami jednotlivých tém. Hodnotenie predmetu prebieha individuálne podľa individuálneho študijného plánu doktoranda. Výsledné hodnotenie sa realizuje formou seminára, na ktorom doktorand prezentuje samostatnosť pri štúdiu vedeckej literatúry, schopnosť vytvárať vlastné hodnotenie naštudovaných poznatkov, schopnosť navrhovania vedeckých hypotéz, sumu teoretických a metodologických vedomostí so zameraním na tému dizertačnej práce pred ostatnými doktorandami študijného programu, školiteľom a aspoň dvoma zástupcami odborovej rady. Hodnotenie je štandardné (absolvoval/neabsolvoval) a odráža dostatočnú orientáciu doktoranda v uvedenej problematike (vystúpenie na seminári študijného programu, na ktorom má doktorand dokázať dostatočnú orientáciu v problematike dizertačnej práce).
slovenský, anglický
Predmet Teoretické a metodologické základy dizertačnej práce 1 je povinnou súčasťou študijných aktivít doktoranda. Nadobúda výsostne individuálny charakter s ohľadom na špecifiká jednotlivých tém dizertačnej práce. Jeho základná osnova je zrejmá už v rámci individuálneho študijného plánu doktoranda. Predmet je dôležitý najmä z hľadiska pochopenia základných teoretických a metodologických aspektov riešenej témy dizertačnej práce s dôrazom na samoštúdium a konzultácie so školiteľom a širokým spektrom konzultantov. Podieľa sa na tvorbe odborného potenciálu doktoranda v ďalšej (vedeckej) etape svojho štúdia.
Absolvovaním predmetu študent získava dostatočnú orientáciu v problematike projektu dizertačnej práce v súlade so špecifikami jednotlivých tém. Toto penzum znalostí je esenciálne pre pevne etablovanú teoretickú výbavu absolventa z hľadiska jeho vedomostí, ale rovnako podporuje rozvoj jeho potenciálu v širokej oblasti aplikovanej praxe. Nesporne sa výsledky vzdelávania prejavia aj na prehľade študenta v rovine metodologických prístupov v predmetnej problematike. Predmet je dôležitý najmä z hľadiska pochopenia základných teoretických a metodologických aspektov riešenej témy dizertačnej práce s dôrazom na samoštúdium a konzultácie so školiteľom, garantom študijného programu a širokým spektrom konzultantov.
Forma výučby: Konzultácie a samoštúdium odbornej literatúry nadväzujúcej na tému dizertačnej práce.
Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):
Za obdobie štúdia: 15 h - konzultácie, 70 h - samoštúdium.
Metóda štúdia: prezenčná.
Bez špecifikácie vzhľadom na charakter konkrétnej témy dizertačnej práce. Odporúčaná literatúra je súčasťou individuálneho študijného plánu doktoranda.
Predmet sa vyučuje s dôrazom na zameranie projektu dizertačnej práce doktorandov a v súlade so špecifikami jednotlivých tém. Hodnotenie predmetu prebieha individuálne podľa individuálneho študijného plánu doktoranda. Výsledné hodnotenie sa realizuje formou seminára, na ktorom doktorand prezentuje samostatnosť pri štúdiu vedeckej literatúry, schopnosť vytvárať vlastné hodnotenie naštudovaných poznatkov, schopnosť navrhovania vedeckých hypotéz, sumu teoretických a metodologických vedomostí so zameraním na tému dizertačnej práce pred ostatnými doktorandami študijného programu, školiteľom a aspoň dvoma zástupcami odborovej rady. Hodnotenie je štandardné (absolvoval/neabsolvoval) a odráža dostatočnú orientáciu doktoranda v uvedenej problematike (vystúpenie na seminári študijného programu, na ktorom má doktorand dokázať dostatočnú orientáciu v problematike dizertačnej práce).
slovenský, anglický
Predmet Teoretické a metodologické základy dizertačnej práce 1 je povinnou súčasťou študijných aktivít doktoranda. Nadobúda výsostne individuálny charakter s ohľadom na špecifiká jednotlivých tém dizertačnej práce. Jeho základná osnova je zrejmá už v rámci individuálneho študijného plánu doktoranda. Predmet je dôležitý najmä z hľadiska pochopenia základných teoretických a metodologických aspektov riešenej témy dizertačnej práce s dôrazom na samoštúdium a konzultácie so školiteľom a širokým spektrom konzultantov. Podieľa sa na tvorbe odborného potenciálu doktoranda v ďalšej (vedeckej) etape svojho štúdia.
Absolvovaním predmetu študent získava dostatočnú orientáciu v problematike projektu dizertačnej práce v súlade so špecifikami jednotlivých tém. Toto penzum znalostí je esenciálne pre pevne etablovanú teoretickú výbavu absolventa z hľadiska jeho vedomostí, ale rovnako podporuje rozvoj jeho potenciálu v širokej oblasti aplikovanej praxe. Nesporne sa výsledky vzdelávania prejavia aj na prehľade študenta v rovine metodologických prístupov v predmetnej problematike. Predmet je dôležitý najmä z hľadiska pochopenia základných teoretických a metodologických aspektov riešenej témy dizertačnej práce s dôrazom na samoštúdium a konzultácie so školiteľom, garantom študijného programu a širokým spektrom konzultantov.
Forma výučby: Konzultácie a samoštúdium odbornej literatúry nadväzujúcej na tému dizertačnej práce.
Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):
Za obdobie štúdia: 15 h - konzultácie, 70 h - samoštúdium.
Metóda štúdia: prezenčná.
Bez špecifikácie vzhľadom na charakter konkrétnej témy dizertačnej práce. Odporúčaná literatúra je súčasťou individuálneho študijného plánu doktoranda.
The course Theoretical and Methodological Basis of the Dissertation 3 is a compulsory part of the doctoral student’s study activities. It is highly individualized, considering the specifics of each dissertation topic. Its basic outline is evident within the doctoral student’s individual study plan. The course is crucial for understanding the fundamental theoretical and methodological aspects of the dissertation topic, emphasizing self-study and consultations with the supervisor and a wide range of consultants. It contributes to building the doctoral student’s professional potential for the next (scientific) stage of their studies.
Predmet sa vyučuje s dôrazom na zameranie projektu dizertačnej práce doktorandov a v súlade so špecifikami jednotlivých tém. Hodnotenie predmetu prebieha individuálne podľa individuálneho študijného plánu doktoranda. Výsledné hodnotenie sa realizuje formou seminára, na ktorom doktorand prezentuje samostatnosť pri štúdiu vedeckej literatúry, schopnosť vytvárať vlastné hodnotenie naštudovaných poznatkov, schopnosť navrhovania vedeckých hypotéz, sumu teoretických a metodologických vedomostí so zameraním na tému dizertačnej práce pred ostatnými doktorandami študijného programu, školiteľom a aspoň dvoma zástupcami odborovej rady. Hodnotenie je štandardné (absolvoval/neabsolvoval) a odráža dostatočnú orientáciu doktoranda v uvedenej problematike (vystúpenie na seminári študijného programu, na ktorom má doktorand dokázať dostatočnú orientáciu v problematike dizertačnej práce).
slovenský, anglický
Predmet Teoretické a metodologické základy dizertačnej práce 1 je povinnou súčasťou študijných aktivít doktoranda. Nadobúda výsostne individuálny charakter s ohľadom na špecifiká jednotlivých tém dizertačnej práce. Jeho základná osnova je zrejmá už v rámci individuálneho študijného plánu doktoranda. Predmet je dôležitý najmä z hľadiska pochopenia základných teoretických a metodologických aspektov riešenej témy dizertačnej práce s dôrazom na samoštúdium a konzultácie so školiteľom a širokým spektrom konzultantov. Podieľa sa na tvorbe odborného potenciálu doktoranda v ďalšej (vedeckej) etape svojho štúdia.
Absolvovaním predmetu študent získava dostatočnú orientáciu v problematike projektu dizertačnej práce v súlade so špecifikami jednotlivých tém. Toto penzum znalostí je esenciálne pre pevne etablovanú teoretickú výbavu absolventa z hľadiska jeho vedomostí, ale rovnako podporuje rozvoj jeho potenciálu v širokej oblasti aplikovanej praxe. Nesporne sa výsledky vzdelávania prejavia aj na prehľade študenta v rovine metodologických prístupov v predmetnej problematike. Predmet je dôležitý najmä z hľadiska pochopenia základných teoretických a metodologických aspektov riešenej témy dizertačnej práce s dôrazom na samoštúdium a konzultácie so školiteľom, garantom študijného programu a širokým spektrom konzultantov.
Naučiť študentov II. stupňa štúdia teoretické a praktické aspekty prietokovej cytometrie. Predmet svojím zameraním pokrýva teoretické základy fluorescencie, spôsoby a jej detekcie, význam multiparametrickej analýzy a praktické aplikácie v oblasti klinickej diagnostiky a vedeckého výskumu.
1. H.M. Shapiro, Practical Flowcytometry, WILEY-LISS, 2003. (ISBN:0-471-41125-6);
2. A.L. Givan, Flow Cytomtery: First principles, WILEY-LISS, 2001, (ISBN 0-471-22394-8);
3. Dolezel, Jaroslav / Greilhuber, Johann / Suda, Jan (eds.): Flow Cytometry with Plant Cells, Willey-VCH, 2007, (ISBN: 978-3-527-31487-4)
1.) Fluorescencia, typy fluorescenčných zariadení, prietokový cytometer. 2.) Princíp prietokovej cytometrie, softvérové zobrazenie údajov, "gateovacia" stratégia. 3.) Veľkosť častíc v prietokovej cytometrii, využitie prietokovej cytometrie v bunkovej biológii, zoológii a mikrobiológii. 4.) Princíp sortovania. 5.) Analýza bunkového cyklu. 6.) Detekcia translokácie fosfatidylserínu a viability. 7.) Kompenzácie, spectraviewer. 8.) Analýza mitochondriálneho membránového potenciálu a aktivácie kaspáz. 9.) Detekcia kmeňových buniek. 10.) Imunofenotypizácia. 11.) Využitie prietokovej cytometrie v botanike. 12.) Obsah DNA a veľkosť genómu. Stratégie vyhodnocovania dát softvérom FlowJo.
Aktívna účasť na prednáškach a cvičeniach, samostatná práca.
samostatná práca,
písomná skúška
slovenský a anglický
V prípade väčšieho záujmu študentov o daný predmet ako je uvedené v AIS (10 študentov) sa bude realizovať výber na základe študijných výsledkov a zamerania diplomovej práce.
1.) Podmienky absolvovania predmetu, absolvovanie školenia z predpisov BOZP. 2.) Fluorescencia, typy fluorescenčných zariadení, prietokový cytometer. 3.) Princíp prietokovej cytometrie, softvérové zobrazenie údajov, "gateovacia" stratégia. 4.) Veľkosť častíc v prietokovej cytometrii, využitie prietokovej cytometrie v bunkovej biológii, zoológii a mikrobiológii. 5.) Princíp sortovania. 6.) Analýza bunkového cyklu. 7.) Detekcia translokácie fosfatidylserínu a viability. 8.) Kompenzácie, spectraviewer. 9.) Analýza mitochondriálneho membránového potenciálu a aktivácie kaspáz. 10.) Detekcia kmeňových buniek. 11.) Imunofenotypizácia. 12.) Využitie prietokovej cytometrie v botanike. 13.) Obsah DNA a veľkosť genómu. Stratégie vyhodnocovania dát softvérom FlowJo.
Naučiť študentov II. stupňa štúdia teoretické a praktické aspekty prietokovej cytometrie. Predmet svojím zameraním pokrýva teoretické základy fluorescencie, spôsoby jej detekcie, význam multiparametrickej analýzy a praktické aplikácie v oblasti klinickej diagnostiky a vedeckého výskumu.
Skúška formou testu z preberaného učiva a praktických cvičení.
Vedenie študenta v rámci SOČ alebo ŠVOČ.
Vedením študenta v rámci SOČ alebo ŠVOČ doktorand preukazuje široké a vedecky podložené poznanie v študijnom odbore, ako aj poznanie širokého spektra metód a prístupov. Preukazuje spôsobilosť kriticky posúdiť odborný problém a jeho navrhované riešenie, ako aj vyhodnotiť ho a prípadne navrhnúť iné riešenie. Aplikuje poznatky a spôsobilosti z oblasti pedagogických vied do vlastného odboru.
Vedecká práca po zaslaní do redakcie vedeckého časopisu ako autor/spoluautor.
Zaslaním rukopisu do redakcie vedeckého časopisu ako autor/spoluautor doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť formulovať vlastné myšlienky do štruktúrovanej podoby
Vypracovanie oponentského posudku na záverečnú prácu.
Doktorand preukazuje široké a vedecky podložené poznanie v študijnom odbore, ako aj poznanie širokého spektra metód a prístupov. Preukazuje spôsobilosť kriticky posúdiť odborný problém a jeho navrhované riešenie, ako aj vyhodnotiť ho a prípadne odporúčiť iné riešenie. Aplikuje poznatky a spôsobilosti z oblasti pedagogických vied do vlastného odboru.
Vystúpenie na seminári.
Aktívnou účasťou seminári doktorand preukazuje spôsobilosť identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu vo svojom vednom odbore. Demonštruje spôsobilosť reflektovať konkrétny vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie a komunikovať výsledky výskumu adekvátnymi prostriedkami a prostredníctvom slovenského alebo cudzieho jazyka.
Vedenie záverečnej práce.
Vedením záverečnej práce doktorand preukazuje široké a vedecky podložené poznanie v študijnom odbore, ako aj poznanie širokého spektra metód a prístupov. Preukazuje spôsobilosť kriticky posúdiť odborný problém a jeho navrhované riešenie, ako aj vyhodnotiť ho a prípadne navrhnúť iné riešenie. Aplikuje poznatky a spôsobilosti z oblasti pedagogických vied do vlastného odboru.
Publikácia prijatá v zahraničnom časopise ako autor/spoluautor.
Publikovaním v zahraničnom časopise ako autor/spoluautor doktorand preukazuje vysokú mieru spôsobilosti identifikovať, vyhodnotiť, aplikovať správne vedecké metódy alebo metodiku výskumu. Demonštruje spôsobilosť reflektovať vedecký problém využitím najnovších prístupov a ich kritickým aplikovaním. Preukazuje kompetentnosť inovatívnym spôsobom využívať jestvujúce teórie a koncepty, ako aj generovať nové originálne vedecké poznanie, ktoré dokáže publikovať podľa najvyšších kvalitatívnych a etických štandardov odboru. Doktorand preukazuje spôsobilosť kriticky vyhodnotiť a reagovať na podnety recenzentov, finalizovať vlastné myšlienky.
Zodpovedný riešiteľ interného VVGS grantu.
Doktorand preukazuje spôsobilosť k vlastnému výskumnému problému spracovať úspešnú žiadosť v rámci interného grantového systému na UPJŠ. Získava zručnosti s návrhom výskumných etáp, ich časového harmonogramu, merateľných výstupov a adekvátneho rozloženia finančných prostriedkov. Samotným riešením interného VVGS grantu nadobúda spôsobilosť realizovať projektový zámer podľa stanoveného postupu, zodpovedať za dosiahnutie stanovených výstupov. Doktorand si ako zodpovedný riešiteľ osvojuje kompetencie v riadení projektu, jeho administrácii, prezentovaní výsledkov.
Absolvovanie zahraničného študijného pobytu v trvaní menej ako 30 dní.
Absolvovaním krátkodobejšieho študijného pobytu doktorand preukazuje spôsobilosť reflektovať výskumné problémy a kriticky pracovať so zdrojmi na expertnej úrovni a v interdisciplinárnom kontexte, pričom je schopný generovať nové poznanie. Je spôsobilý aktívne komunikovať na expertnej úrovni vo viac ako jednom jazyku. Koná ako zodpovedný nezávislý vedec, pracuje samostatne i v skupine s cieľom posúvať hranice poznania a prenášať ich do iných oblastí výskumu, do praxe i smerom k širšej verejnosti. Dokáže kompetentne argumentovať a vysvetliť svoje myšlienky.
Absolvovanie zahraničného študijného pobytu v trvaní viac ako 30 dní.
Absolvovaním študijného pobytu doktorand preukazuje spôsobilosť reflektovať výskumné problémy a kriticky pracovať so zdrojmi na expertnej úrovni a v interdisciplinárnom kontexte, pričom je schopný generovať nové poznanie. Je spôsobilý aktívne komunikovať na expertnej úrovni vo viac ako jednom jazyku. Koná ako zodpovedný nezávislý vedec, pracuje samostatne i v skupine s cieľom posúvať hranice poznania a prenášať ich do iných oblastí výskumu, do praxe i smerom k širšej verejnosti. Dokáže kompetentne argumentovať a vysvetliť svoje myšlienky