DDizertačná prácaZENPh. D. thesisPF UPJŠUniverzita Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach, Prírodovedecká fakulta2026/2027ENPavol Jozef Šafárik University in Košice, Faculty of ScienceÚBEVÚstav biologických a ekologických viedENInstitute of Biology and Ecology76682Aktivácia endogénnych mechanizmov vedúcich k neuroprotekcii po cievnej mozgovej príhode2026-03-13T00:00:00.000+01:0002ŠkoliteľRNDr. Petra Bonová, PhD.ENTutor1NázovENActivation of endogenous mechanisms leading to neuroprotection after stroke1NázovSKAktivácia endogénnych mechanizmov vedúcich k neuroprotekcii po cievnej mozgovej príhode2LiteratúraSK (1) BONOVÁ, Petra** - KONČEKOVÁ, Jana - NÉMETHOVÁ, Miroslava - MORÁVEK, Marko - BARÁTH, P. - DANCHENKO, M. - BONA, Martin. Remote ischemic conditioning–induced shift from a vulnerable to a tolerant penumbra: A proteomic perspective. In Experimental neurology, 2025, vol. 391 no, p. 115307. (2) KONČEKOVÁ, Jana - KOTOROVÁ, Klaudia - GOTTLIEB, Miroslav - BONA, Martin - BONOVÁ, Petra**. Changes in excitatory amino acid transporters in response to remote ischaemic preconditioning and glutamate excitotoxicity. In Neurochemistry International, 2024, vol.173, no., p.105658. (3) Bonova, P., Jachova, J., Nemethova, M., Macakova, L., Bona, M., Gottlieb, M., 2020. Rapid remote conditioning mediates modulation of blood cell paracrine activity and leads to the production of a secretome with neuroprotective features. Journal of neurochemistry 154, 99-111. (4) Bonova, P., Koncekova, J., Nemethova, M., Petrova, K., Bona, M., Gottlieb, M., 2022. Identification of Proteins Responsible for the Neuroprotective Effect of the Secretome Derived from Blood Cells of Remote Ischaemic Conditioned Rats. Biomolecules 12. (5) Bonova, P., Nemethova, M., Matiasova, M., Bona, M., Gottlieb, M., 2016. Blood cells serve as a source of factor-inducing rapid ischemic tolerance in brain. The European journal of neuroscience 44, 2958-2965. (6) Hossmann, K.A., 2012. The two pathophysiologies of focal brain ischemia: implications for translational stroke research. Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism 32, 1310-1316.2LiteratúraEN (1) BONOVÁ, Petra** - KONČEKOVÁ, Jana - NÉMETHOVÁ, Miroslava - MORÁVEK, Marko - BARÁTH, P. - DANCHENKO, M. - BONA, Martin. Remote ischemic conditioning–induced shift from a vulnerable to a tolerant penumbra: A proteomic perspective. In Experimental neurology, 2025, vol. 391 no, p. 115307. (2) KONČEKOVÁ, Jana - KOTOROVÁ, Klaudia - GOTTLIEB, Miroslav - BONA, Martin - BONOVÁ, Petra**. Changes in excitatory amino acid transporters in response to remote ischaemic preconditioning and glutamate excitotoxicity. In Neurochemistry International, 2024, vol.173, no., p.105658. (3) Bonova, P., Jachova, J., Nemethova, M., Macakova, L., Bona, M., Gottlieb, M., 2020. Rapid remote conditioning mediates modulation of blood cell paracrine activity and leads to the production of a secretome with neuroprotective features. Journal of neurochemistry 154, 99-111. (4) Bonova, P., Koncekova, J., Nemethova, M., Petrova, K., Bona, M., Gottlieb, M., 2022. Identification of Proteins Responsible for the Neuroprotective Effect of the Secretome Derived from Blood Cells of Remote Ischaemic Conditioned Rats. Biomolecules 12. (5) Bonova, P., Nemethova, M., Matiasova, M., Bona, M., Gottlieb, M., 2016. Blood cells serve as a source of factor-inducing rapid ischemic tolerance in brain. The European journal of neuroscience 44, 2958-2965. (6) Hossmann, K.A., 2012. The two pathophysiologies of focal brain ischemia: implications for translational stroke research. Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism 32, 1310-1316.3CieľSK1. Štúdium mechanizmov ischemickej tolerancie 2. Definovanie úlohy periférnych krvných buniek v navodení ischemickej tolerancie 3. Testovanie spôsobov in vivo a ex vivo kondicionovania 4. Využitie modelov kondicionovania v animálnych modeloch ischemicko-reperfúzneho poškodenia nervového tkaniva3CieľEN1. Study of mechanisms of ischemic tolerance 2. Defining the role of peripheral blood cells in inducing ischemic tolerance 3. Testing of in vivo and ex vivo conditioning methods 4. Testing of conditioning methods in animal models of ischemic-reperfusion injury of nerve tissue4AnotáciaENStroke represents a serious socio-economic problem with limited treatment options. Recently, the phenomenon of ischemic tolerance, i.e. endogenous stimulation of the mechanisms with the ability to induce neuroprotection, has become an attractive solution for the prevention and treatment of such conditions.4AnotáciaSKNáhle cievne mozgové príhody predstavujú v súčasnosti vážny sociálno-ekonomický problém s limitovanými možnosťami liečby. Posledné desaťročia sa v experimentálnej praxi stáva atraktívnym riešením prevencie a liečby takýchto stavov fenomén ischemickej tolerancie, teda aktivácia endogénnych mechanizmov vedúcich k protekcii nedokrvených neurónov.2026-03-13+01:003.biológiaZFZdzoológia a fyziológia živočíchovTéma bude realizovaná na externej vzdelávacej inštitúcii - Oddelenie neuroregenerácie, plasticity a reparácie, Neurobiologický ústav, Biomedicínske centrum SAV, v. v. i.; https://bmc.sav.sk/veda/vyskumne-skupiny-podla-temy/neurobiologia/ischemia-mozgu/ENBiologyZoology and Animal physiology76364Biodiversity and bioprospecting of halophilic archaea from miocene salt deposits2026-02-16T00:00:00.000+01:0012Školiteľdoc. RNDr. Peter Pristaš, CSc., univerzitný profesorENTutor3KonzultantRNDr. Lenka Maliničová, PhD.ENConsultant1NázovENBiodiversity and bioprospecting of halophilic archaea from miocene salt deposits1NázovSKBiodiverzita a bioprospekting halofilných archeónov z miocénnych ložísk soli2LiteratúraENMcGenity, T.J.; Oren, A. Hypersaline Environments. In Life at Extremes Environments, Organisms and Strategies for Survival; Bell, E.M., Ed.; CAB International: Oxfordshire, UK, 2012 Oren, A. Life in Hypersaline Environments. In Their World: A Diversity of Microbial Environments, Advances in Environmental Microbiology; Hurst, C.J., Ed.; Springer International Publishing: Cham, Switzerland, 2016 Ventosa, A.; Márquez, M.C.; Sánchez-Porro, C.; de la Haba, R.R. Taxonomy of Halophilic Archaea and Bacteria. In Advances in Understanding the Biology of Halophilic Microorganisms; Vreeland, R.H., Ed.; Springer: Dordrecht, The Netherlands, 2012 Current scientific literature2LiteratúraSKMcGenity, T.J.; Oren, A. Hypersaline Environments. In Life at Extremes Environments, Organisms and Strategies for Survival; Bell, E.M., Ed.; CAB International: Oxfordshire, UK, 2012 Oren, A. Life in Hypersaline Environments. In Their World: A Diversity of Microbial Environments, Advances in Environmental Microbiology; Hurst, C.J., Ed.; Springer International Publishing: Cham, Switzerland, 2016 Ventosa, A.; Márquez, M.C.; Sánchez-Porro, C.; de la Haba, R.R. Taxonomy of Halophilic Archaea and Bacteria. In Advances in Understanding the Biology of Halophilic Microorganisms; Vreeland, R.H., Ed.; Springer: Dordrecht, The Netherlands, 2012 Aktuálna odborná literatúra 3CieľSKCieľom práce je s využitím kultivačných i nekultivačných prístupov analyzovaťpopuláciu halofilných archeónov z miocénnych ložísk soli3CieľENThe aim of the work is to analyze the population of halophilic archaea from Miocene salt deposits using both cultivation and non-cultivation approaches.4AnotáciaSKBioprospekcia extrémnych prostredí poskytla jasné dôkazy, že extrémne podmienky prirodzene selektujú mikroorganizmy s nezvyčajnou biochémiou, ktoré dávajú príležitosti na objavovanie nových zlúčenín, génov a procesov. Cieľom projektu je detailný prieskum nateraz neprebádanej skupiny halofilných archeí so zameraním na miocénne ložiská soli ako jedinečné a málo prebádané prostredie. Miocénne ložiská soli pravdepodobne slúžia ako prirodzené úložisko starého genetického materiálu, ktoré by poskytovalo pohľad na evolučnú históriu a ekologické úlohy halofilných archaea. Kombináciou pokročilých molekulárnych techník a kultivačných metód sa budú izolovať a charakterizovať izoláty halofilných archeónov z týchto ložísk. Budesa analyzovať bioprospekčný potenciál týchto halofilných archeí s možným využitím v moderných biotechnológiách, farmaceutickom priemysle a trvalo udržateľnom priemysle. Budú identifikované nové enzýmy, biosurfaktanty a bioaktívne zlúčeniny pre riešenie naliehavých environmentálnych problémov. Získané výsledky významne prispeje k rozšíreniu poznatkov o ekosystémoch halofilných archeí a poukáže na nutnú ochranu a udržateľné využitie týchto mikrobiálnych zdrojov pre budúci biotechnologický pokrok.4AnotáciaENBioprospecting of extreme environments provides clear evidence that extreme conditions naturally select microorganisms with modified biochemistry giving opportunity for new compounds, genes, and processes discoveries. The aim of the project is an in-depth exploration of the uncharted realm of halophilic archaea, focusing on the Miocene salt deposits as a unique and understudied environment. The Miocene salt deposits could serve as a natural repository of ancient genetic material, providing insights into the evolutionary history and ecological roles of halophilic archaea. By combination of advanced molecular techniques and culturing methods, an array of halophilic archaea from these deposits will be isolated and characterized. The bioprospecting potential of these halophilic archaea with applications in modern biotechnology, pharmaceuticals, and sustainable industries will be analyzed. Novel enzymes, biosurfactants, and bioactive compounds will be identified in addressing environmental challenges. The study will contribute significantly to the expanding knowledge of halophilic archaea ecosystems and highlights the protection and sustainable utilization of these microbial resources for future biotechnological advancements.6Kľúčové slováENArchaea, halophile, miocene salt deposits, biodiversity, bioprospecting 6Kľúčové slováSKArchaea, halofily, miocénne depozity soli, biodiverzita, bioprospekting 2026-02-24+01:003.biológiaMCGdAjmolekulárna cytológia a genetikaENBiologyMolecular Cytology and Genetics76363Biodiverzita a bioprospekting halofilných archeónov z miocénnych ložísk soli2026-02-16T00:00:00.000+01:0012Školiteľdoc. RNDr. Peter Pristaš, CSc., univerzitný profesorENTutor3KonzultantRNDr. Lenka Maliničová, PhD.ENConsultant1NázovENBiodiversity and bioprospecting of halophilic archaea from miocene salt deposits1NázovSKBiodiverzita a bioprospekting halofilných archeónov z miocénnych ložísk soli2LiteratúraSKMcGenity, T.J.; Oren, A. Hypersaline Environments. In Life at Extremes: Environments, Organisms and Strategies for Survival; Bell, E.M., Ed.; CAB International: Oxfordshire, UK, 2012 Oren, A. Life in Hypersaline Environments. In Their World: A Diversity of Microbial Environments, Advances in Environmental Microbiology; Hurst, C.J., Ed.; Springer International Publishing: Cham, Switzerland, 2016 Ventosa, A.; Márquez, M.C.; Sánchez-Porro, C.; de la Haba, R.R. Taxonomy of Halophilic Archaea and Bacteria. In Advances in Understanding the Biology of Halophilic Microorganisms; Vreeland, R.H., Ed.; Springer: Dordrecht, The Netherlands, 2012 Aktuálna odborná literatúra2LiteratúraENMcGenity, T.J.; Oren, A. Hypersaline Environments. In Life at Extremes: Environments, Organisms and Strategies for Survival; Bell, E.M., Ed.; CAB International: Oxfordshire, UK, 2012 Oren, A. Life in Hypersaline Environments. In Their World: A Diversity of Microbial Environments, Advances in Environmental Microbiology; Hurst, C.J., Ed.; Springer International Publishing: Cham, Switzerland, 2016 Ventosa, A.; Márquez, M.C.; Sánchez-Porro, C.; de la Haba, R.R. Taxonomy of Halophilic Archaea and Bacteria. In Advances in Understanding the Biology of Halophilic Microorganisms; Vreeland, R.H., Ed.; Springer: Dordrecht, The Netherlands, 2012 Current scientific literature3CieľSKCieľom práce je s využitím kultivačných i nekultivačných prístupov analyzovaťpopuláciu halofilných archeónov z miocénnych ložísk soli3CieľENThe aim of the work is to analyze the population of halophilic archaea from Miocene salt deposits using both cultivation and non-cultivation approaches.4AnotáciaENBioprospecting of extreme environments provides clear evidence that extreme conditions naturally select microorganisms with modified biochemistry giving opportunity for new compounds, genes, and processes discoveries. The aim of the project is an in-depth exploration of the uncharted realm of halophilic archaea, focusing on the Miocene salt deposits as a unique and understudied environment. The Miocene salt deposits could serve as a natural repository of ancient genetic material, providing insights into the evolutionary history and ecological roles of halophilic archaea. By combination of advanced molecular techniques and culturing methods, an array of halophilic archaea from these deposits will be isolated and characterized. The bioprospecting potential of these halophilic archaea with applications in modern biotechnology, pharmaceuticals, and sustainable industries will be analyzed. Novel enzymes, biosurfactants, and bioactive compounds will be identified in addressing environmental challenges. The study will contribute significantly to the expanding knowledge of halophilic archaea ecosystems and highlights the protection and sustainable utilization of these microbial resources for future biotechnological advancements.4AnotáciaSKBioprospekcia extrémnych prostredí poskytla jasné dôkazy, že extrémne podmienky prirodzene selektujú mikroorganizmy s nezvyčajnou biochémiou, ktoré dávajú príležitosti na objavovanie nových zlúčenín, génov a procesov. Cieľom projektu je detailný prieskum nateraz neprebádanej skupiny halofilných archeí so zameraním na miocénne ložiská soli ako jedinečné a málo prebádané prostredie. Miocénne ložiská soli pravdepodobne slúžia ako prirodzené úložisko starého genetického materiálu, ktoré by poskytovalo pohľad na evolučnú históriu a ekologické úlohy halofilných archaea. Kombináciou pokročilých molekulárnych techník a kultivačných metód sa budú izolovať a charakterizovať izoláty halofilných archeónov z týchto ložísk. Budesa analyzovať bioprospekčný potenciál týchto halofilných archeí s možným využitím v moderných biotechnológiách, farmaceutickom priemysle a trvalo udržateľnom priemysle. Budú identifikované nové enzýmy, biosurfaktanty a bioaktívne zlúčeniny pre riešenie naliehavých environmentálnych problémov. Získané výsledky významne prispeje k rozšíreniu poznatkov o ekosystémochhalofilných archeí a poukáže na nutnú ochranu a udržateľné využitie týchto mikrobiálnych zdrojov pre budúci biotechnologický pokrok.6Kľúčové slováENArchaea, halophile, miocene salt deposits, biodiversity, bioprospecting6Kľúčové slováSKArchaea, halofily, miocénne depozity soli, biodiverzita, bioprospekting2026-02-24+01:003.biológiaMCGdmolekulárna cytológia a genetikaENBiologyMolecular Cytology and Genetics76681Biodiverzita, osteochronologické rastové vzory a zmeny vo veľkosti genómu semiakvatických tetrapódov v období turónskeho teplotného maxima2026-03-13T00:00:00.000+01:0002Školiteľdoc. RNDr. Martin Kundrát, Ph.D.ENTutor3Konzultantdoc. Donald Brinkman, PhD.ENConsultant3KonzultantRomain Amiot, Ph.D.ENConsultant1NázovENBiodiversity, osteochronological growth patterns, and changes in genome size of semiaquatic tetrapods during the Turonian Thermal Maximum1NázovSKBiodiverzita, osteochronologické rastové vzory a zmeny vo veľkosti genómu semiakvatických tetrapódov v období turónskeho teplotného maxima2LiteratúraSKAngilletta, M. J. et al. 2004. Temperature, growth rate, and body size in ectotherms: fitting pieces of a life-history puzzle. Integr. Comp. Biol. 44(6): 498-509. Averianov A. P., Sues H. D. 2012. Correlation of Late Cretaceous continental vertebrate assemblages in Middle and Central Asia. J. Stratigr. 36: 462-485. Billon-Bruyat, J-P. et al. 2016. Oxygen isotope composition of Late Jurassic vertebrate remains from lithographic limestones of western Europe: implications for the ecology of fish, turtles, and crocodilians. Palaeogeograph. Palaeoclimat. Palaeoecol. 3-4: 359-375. Brinkman, D. B., Tarduno, J. A. 2005. A Late Cretaceous (Turonian Coniacian) high-latitude turtle assemblage from the Canadian Arctic. Can. J. Earth Sci. 42: 2073-2080. Gregory, T. R. 2005. The Evolution of the Genome. Elsevier Academic Press, Burlington. Hanken, J., Wake, D. 1993. Miniaturization of body size: organismal consequences and evolutionary significance. Ann. Rev. 24: 501-519. Johnson, J. et al. 2023. What drives the evolution of body size in ectotherms? A global analysis across the amphibian tree of life. Global Ecol. Biogeogr. 32: 1311-1322. Skutschas, P. P. 2009. Re-evaluation of Mynbulakia Nesov, 1981 (Lissamphibia: Caudata) and description of a new salamander genus from the Late Cretaceous of Uzbekistan. J. Vertebr. Paleontol. 29: 659-664. Skutschas, P. P. et al. 2019. Ontogenetic changes in ong-bone histology of the crptobranchid Eoscapherpeton asiaticum (Amphibia: Caudata) from the Late Cretaceous of Uzbekistan. Compt. R. Palevol 18: 306-316. Secord, R. et al. 2012. Evolution of the earliest horses driven by climate change in the Paleocene-Eocene thermal maximum. Science 335: 959-962. Thomson, K. S., Muraszko, K. 1978. Estimation of cell size and DNA content in fossil fishes and amphibians. J. Exp. Zool. 205: 315-320. Wiest, L. A. et al. 2018. Terrestrial evidence for the Lilliput effect across the Cretaceous-Paleogene (K-Pg) boundary. Palaeogeogr. Palaeoclimat. Palaeoecol. 491: 161-169.2LiteratúraENAngilletta, M. J. et al. 2004. Temperature, growth rate, and body size in ectotherms: fitting pieces of a life-history puzzle. Integr. Comp. Biol. 44(6): 498-509. Averianov A. P., Sues H. D. 2012. Correlation of Late Cretaceous continental vertebrate assemblages in Middle and Central Asia. J. Stratigr. 36: 462-485. Billon-Bruyat, J-P. et al. 2016. Oxygen isotope composition of Late Jurassic vertebrate remains from lithographic limestones of western Europe: implications for the ecology of fish, turtles, and crocodilians. Palaeogeograph. Palaeoclimat. Palaeoecol. 3-4: 359-375. Brinkman, D. B., Tarduno, J. A. 2005. A Late Cretaceous (Turonian Coniacian) high-latitude turtle assemblage from the Canadian Arctic. Can. J. Earth Sci. 42: 2073-2080. Gregory, T. R. 2005. The Evolution of the Genome. Elsevier Academic Press, Burlington. Hanken, J., Wake, D. 1993. Miniaturization of body size: organismal consequences and evolutionary significance. Ann. Rev. 24: 501-519. Johnson, J. et al. 2023. What drives the evolution of body size in ectotherms? A global analysis across the amphibian tree of life. Global Ecol. Biogeogr. 32: 1311-1322. Skutschas, P. P. 2009. Re-evaluation of Mynbulakia Nesov, 1981 (Lissamphibia: Caudata) and description of a new salamander genus from the Late Cretaceous of Uzbekistan. J. Vertebr. Paleontol. 29: 659-664. Skutschas, P. P. et al. 2019. Ontogenetic changes in ong-bone histology of the crptobranchid Eoscapherpeton asiaticum (Amphibia: Caudata) from the Late Cretaceous of Uzbekistan. Compt. R. Palevol 18: 306-316. Secord, R. et al. 2012. Evolution of the earliest horses driven by climate change in the Paleocene-Eocene thermal maximum. Science 335: 959-962. Thomson, K. S., Muraszko, K. 1978. Estimation of cell size and DNA content in fossil fishes and amphibians. J. Exp. Zool. 205: 315-320. Wiest, L. A. et al. 2018. Terrestrial evidence for the Lilliput effect across the Cretaceous-Paleogene (K-Pg) boundary. Palaeogeogr. Palaeoclimat. Palaeoecol. 491: 161-169.3CieľSK1. Akvizícia fosílií a vytvorenie materiálnej základne z vchnokriedových lokalít Uzbekistanu. 2. Vytvorenie databázy synchrotrónových skenov (s mikrónovým rozlíšením) fosílnych kostí kriedových semiakvatických tetrapodov a analýza virtuálnej ostehistológie. 3. Vytvorenie virtuálnej databázy synchrotrónových skenov (so submikrónovým rozlíšením) lakún osteocytov kriedových kontinentálnych stavovcov, 3D volumetrická rekonštrukcia a výpočet veľkosti genómu paleotaxónov. 4. Časovo (vrchná krieda) kalibrovaná korelácia teplotných a paleogenomických parametrov semiakvatických tetrapodov s nízkou versus vysokou evolučnou disparitou. 5. Časovo (vrchná krieda) kalibrovaná korelácia teplotných a histologických parametrov v evolučnom morfopriestore semiakvatických tetrapodov. 6. Formulácia makroevolučných trendov vyplývajúcich z výsledkov riešenia projektu a revízia súčasnej vedeckej paradigmy o dôsledkoch posledných globálnych teplotných maxím a dôsledkov impaktovej udalosti na evolúciu života na severnej hemisfére našej planéty. Tento výskum bude financovaný z grantu VEGA 1/0259/25 a APVV-24-0161 a ďalších súvisiacich grantov Japan Synchrotron Radiation Research Institute. 3CieľEN1. Acquisition of fossils and setting up a material base from the Upper Cretaceous localities of Uzbekistan. 2. Establishing database based on synchrotron scans (with micron resolution) of fossil bones of Cretaceous semiaquatic tetrapods and virtual osteohistology analysis. 3. Establishing a virtual model database of synchrotron scans (with submicron resolution) of osteocyte lacunae of Cretaceous continental vertebrates, 3D volumetric reconstruction, and calculation of genome size of individual extinct taxa. 4. Time-calibrated (Upper Cretaceous) correlation of temperature and paleogenomic parameters of semiaquatic tetrapods with low versus high evolutionary disparity. 5. Time-calibrated (Upper Cretaceous) correlation of temperature and histological parameters in the evolutionary morphospace of semiaquatic tetrapods. 6. Formulation of macroevolutionary trends resulting from the results of the project and revision of the current scientific paradigm on the consequences of the last global temperature maxima and the consequences of the impact event on the evolution of life in the northern hemisphere of our planet. The project will be funded through the project VEGA 1/0259/25 a APVV-24-0161, and other grants provided by the Japan Synchrotron Radiation Research Institute. 4AnotáciaENTemperature-size ecological phenomena, such as temperature-cline rules versus temperature-rise rules, demonstrate that individuals raised at low temperature become larger than conspecifics raised at a higher temperature. Individuals in low-temperature habitats also exhibit increased cell size and genome. The striking variability in genome size between ectotherms and endotherms implies that a temperature effect is involved. Given the verified observation that genome size and cell volume are causally related brings us to the following fundamental questions in the study of fossils: how did the vertebrate cell volume (source for calculating genome size in extinct organisms) relate to environmental temperature during top thermal extremes in the last 100 million years? Could thermal maxima trigger higher extinction rates? Did temperature, as a selective factor, influence the early evolution of modern biota in the Upper Cretaceous and Paleogene? Can we link changes in the size of vertebrate paleogenome with the emergence of new groups of animals or/and innovations within the ancestral lineages? And what is the causal direction between a long-term decrease in body size and a thermal maximum (miniaturization) or post-extinction climate (the Lilliput effect)? The thermal maximum in the Cretaceous (Turonian: 94-93 Myr) and in the Paleogene (Eocene: 55 Myr) and the asteroid impact at the boundary of these periods (K/Pg; Maastrichtian-Paleogene: 65 Myr) significantly influenced the evolution of life on Earth. The sequence of the above global events provides an extraordinary experimental system for assessing the impact of temperature changes on vertebrate evolution. In the doctoral project, we will study this impact at the level of microstructure and developmental rhythm of skeletal tissues of semiaquatic vertebrates, primarily of Turonian age. We will test two hypotheses related to: 1) termoadaptive changes in bone tissue of these ectotherms; and 2) the impact of environmental factors on the genome size of the tetrapods with low versus high disparity. The project will provide original data on the dynamic interaction of life and climate; an evolutionary model of the adaptability of vertebrate morphospace in extreme climatic conditions; and an argumentative basis for assessing conflicting views on current global warming. 4AnotáciaSKEkologické javy súvisiace s teplotou a veľkosťou, ako napríklad pravidlá teplotného spádu verzus pravidlá nárastu teploty, ukazujú, že jedince žijúce pri nízkej teplote sa stávajú väčšími ako jedince rovnakého druhu žijúce pri vyššej teplote. Jedince v biotopoch s nízkou teplotou tiež vykazujú zväčšenú veľkosť buniek a genómu. Pozoruhodná variabilita veľkosti genómu medzi ektotermami a endotermami naznačuje, že vplyv teploty je signifikantný. Vzhľadom na overené pozorovanie, že veľkosť genómu a objem buniek sú kauzálne prepojené, nás privádza k nasledujúcim základným otázkam pri štúdiu fosílií: ako súvisel objem buniek stavovcov (zdroj pre výpočet veľkosti genómu u vyhynutých organizmov) s teplotou prostredia počas najvyšších teplotných extrémov za posledných 100 miliónov rokov? Mohli by teplotné maximá spustiť vyššiu mieru vymierania? Ovplyvnila teplota ako selektívny faktor skorý vývoj modernej bioty vo vrchnej kriede a paleogéne? Môžeme spojiť zmeny vo veľkosti paleogenómu stavovcov so vznikom nových skupín zvierat alebo/a inováciami v rámci línií predkov? A aká je kauzálna súvislosť medzi dlhodobým zmenšovaním telesnej veľkosti a tepelným maximom (miniaturizácia) alebo podnebím po hromadnom vyhynutí (liliputský efekt)? Tepelné maximum v kriedovom období (turón: 94-93 milióny rokov) a v paleogéne (eocén: 55 milióny rokov) a dopad asteroidu na hranici týchto období (K/Pg; mástricht-paleogén: 65 milióny rokov) významne ovplyvnili vývoj života na Zemi. Postupnosť vyššie uvedených globálnych udalostí poskytuje mimoriadny experimentálny systém na posúdenie vplyvu teplotných zmien na vývoj stavovcov. V tomto doktorandskom projekte budeme študovať uvedený vplyv na úrovni mikroštruktúry a vývojového rytmu kostrového tkaniva semiakvatických tetrapodov, primárne turónskeho veku. Otestujeme dve hypotézy súvisiace s: 1) termoadaptívnymi zmenami v kostnom tkanive uvedených ektotermov; a 2) vplyvom environmentálnych faktorov na veľkosť genómu vyhynutých tetrapódov s nízkou a vysokou disparitou. Projekt poskytne originálne údaje o dynamickej interakcii života a klímy; evolučný model adaptability morfopriestoru stavovcov v extrémnych klimatických podmienkach; a argumentačný základ pre posúdenie protichodných názorov na súčasné globálne otepľovanie.2026-03-13+01:003.biológiaZFZdzoológia a fyziológia živočíchovTéma bude realizovaná na externej vzdelávacej inštitúcii - Centrum integratívnej paleobiológie, Technologický a inovačný park, Univerzita Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach; Názov pracoviska konzultantov: 1. Department of Biological Sciences, University of Alberta, Canada 2. Laboratoire de Géologie de Lyon: Terre, Planètes, Environnement, Villeurbanne, Lyon, FranceENBiologyZoology and Animal physiology76369Ecogenetics and ecogenomics of extreme environments2026-02-17T00:00:00.000+01:0002ŠkoliteľRNDr. Jana Kisková, PhD.ENTutor3Konzultantdoc. RNDr. Peter Pristaš, CSc., univerzitný profesorENConsultant1NázovENEcogenetics and ecogenomics of extreme environments1NázovSKEkogenetika a ekogenomika extrémnych prostredí2LiteratúraENSalwan R, Sharma V (2022) Genomics of prokaryotic extremophiles to unfold the mystery of survival in extreme environments. Microbiol Res 264:127156. https://doi.org/10.1016/j.micres.2022.127156 Marzban G, Tesei D (2025) The Extremophiles: Adaptation Mechanisms and Biotechnological Applications. Biology 14(4):412. https://doi.org/10.3390/biology14040412 Rekadwad BN, Li WJ, Gonzalez JM, Punchappady Devasya R, Ananthapadmanabha Bhagwath A, Urana R, Parwez K (2023) Extremophiles: the species that evolve and survive under hostile conditions. 3 Biotech 13(9):316. https://doi.org/10.3390/biology140404123CieľSKCieľom projektu je odhaliť mechanizmy adaptácie, odolnosti a diverzity medzi prokaryotickými extrémofilmi pomocou integrácie ekologických a genomických údajov. Výsledkom práce bude prepojenie fyzikálno-chemických charakteristík prostredia s konkrétnymi genetickými a funkčnými adaptáciami prokaryotov, čím sa prispeje k lepšiemu pochopeniu biodiverzity extrémnych ekosystémov a ich potenciálu pre biotechnologické a environmentálne aplikácie.3CieľENThe aim of the project is to reveal the mechanisms of adaptation, resistance, and diversity among prokaryotic extremophiles by integrating ecological and genomic data. The result of the work will be linage of physicochemical characteristics of the environment with specific genetic and functional adaptations of prokaryotes, thereby contributing to a better understanding of the biodiversity of extreme ecosystems and their potential for biotechnological and environmental applications.4AnotáciaENEcogenetics and ecogenomics are emerging fields that explore the intricate relationships between genetic variation and environmental factors, particularly in extreme environments such as deep-sea vents, polar regions, and salt pans and springs. These extreme conditions exert unique selective pressures that shape the genetic architecture of organisms, driving adaptations at both the phenotypic and molecular levels. The aim of the project is to uncover the mechanisms of adaptation, resilience, and diversity among procaryotic extremophiles by integrating ecological and genomic data. The data obtained will not only enhance our understanding of microorganism’s biodiversity and evolutionary processes but also has should have implications for biotechnological applications, environmental conservation, and understanding potential life forms beyond Earth.4AnotáciaSKEkogenetika a ekogenomika sú nové oblasti výskumu, ktoré skúmajú zložité vzťahy medzi genetickými variáciami a environmentálnymi faktormi, najmä v extrémnych prostrediach, ako sú hlboko morské prieduchy, polárne oblasti a soľné panvy a pramene. Tieto extrémne podmienky vyvíjajú jedinečné selektívne tlaky, ktoré formujú genetickú architektúru organizmov a riadia adaptácie na fenotypovej aj molekulárnej úrovni. Cieľom projektu je odhaliť mechanizmy adaptácie, odolnosti a diverzity medzi prokaryotickými extrémofilmi pomocou integrácie ekologických a genomických údajov. Získané údaje nielen rozšíria naše chápanie biodiverzity a evolučných procesov u mikroorganizmov, ale môžu byť základom pre moderné biotechnologické aplikácie, ochranu životného prostredia a pochopenie potenciálnych možností existencie foriem života mimo našej Zeme.6Kľúčové slováENextreme environments, extremophiles, adaptation, genomics, metagenomics, diversity6Kľúčové slováSKextrémne prostredia, extrémofily, adaptácia, genomika, metagenomika, diverzita2026-02-24+01:003.biológiaMCGdAjmolekulárna cytológia a genetikaENBiologyMolecular Cytology and Genetics76302Ekofyziologická diferenciácia vybraných taxónov rodov Leontodon a Scorzoneroides2026-02-12T00:00:00.000+01:0002Školiteľprof. RNDr. Pavol Mártonfi, PhD.ENTutor3KonzultantRNDr. Lenka Mártonfiová, PhD.ENConsultant1NázovENEcophysiological differentiation of selected taxa of the genera Leontodon and Scorzoneroides1NázovSKEkofyziologická diferenciácia vybraných taxónov rodov Leontodon a Scorzoneroides2LiteratúraSKSamuel R., Gutermann W., Stuessy T. F., Ruas C. F., Lack H.-W., Tremetsberger K., Talavera S., Hermanowski B., Ehrendorfer F.: Molecular phylogenetics reveals Leontodon (Asteraceae, Lactuceae) to be diphyletic. American Journal of Botany 93(8): 1193–1205. 2006. Ingimundardóttir G. V. , Tyler T., Cronberg N., Hedrén M. Andersson S.: Dressed for the occasion! Ecotypic divergence, phenotypic plasticity and taxonomic value of capitulum characters of Scorzoneroides autumnalis (Asteraceae). Nordic Journal of Botany 2024: e04211.2LiteratúraENSamuel R., Gutermann W., Stuessy T. F., Ruas C. F., Lack H.-W., Tremetsberger K., Talavera S., Hermanowski B., Ehrendorfer F.: Molecular phylogenetics reveals Leontodon (Asteraceae, Lactuceae) to be diphyletic. American Journal of Botany 93(8): 1193–1205. 2006. Ingimundardóttir G. V. , Tyler T., Cronberg N., Hedrén M. Andersson S.: Dressed for the occasion! Ecotypic divergence, phenotypic plasticity and taxonomic value of capitulum characters of Scorzoneroides autumnalis (Asteraceae). Nordic Journal of Botany 2024: e04211.3CieľSK1. komplexne analyzovať ekofyziologickú diferenciáciu vybraných taxónov rodov Leontodon a Scorzoneroides v strednej Európe a identifikovať kľúčové mechanizmy, ktoré umožňujú ich ekologickú diverzifikáciu a adaptáciu na rôzne prostredie 2. aktualizovať taxonomické a evolučné poznanie vybraných druhov rodu v rámci čeľade Asteraceae.3CieľEN1. The first aim of the thesis is to comprehensively analyze the ecophysiological differentiation of selected taxa of the genera Leontodon and Scorzoneroides in Central Europe and to identify the key mechanisms that enable their ecological diversification and adaptation to different environments. 2. The second aim of the thesis is to update the taxonomic and evolutionary knowledge of selected species of the genus within the family Asteraceae.4AnotáciaENThe genera Leontodon and Scorzoneroides (Asteraceae) represent an important group of meadow and pasture species and exhibit a broad ecological amplitude. Despite their distribution in Central Europe, knowledge of their ecophysiological adaptations, responses to environmental gradients, and mechanisms of ecological differentiation remains fragmentary. A better understanding of these processes may clarify the evolutionary dynamics of the group, the mechanisms of specialization, and the potential of species to respond to changing climatic conditions. The aim of the thesis will be to comprehensively analyse the ecophysiological differentiation of selected taxa in Central Europe and to identify the key mechanisms that enable their ecological diversification and adaptation to various environments, as well as to update the taxonomic and evolutionary understanding of the group. The research will focus primarily on morphological, anatomical, and karyological characteristics, as well as on the assessment of genome size variation and the specialization of taxa in their natural habitats. The results may be applied in biodiversity conservation, grassland ecosystem management, and in predicting the responses of plant communities to climate change.4AnotáciaSKRody Leontodon a Scorzoneroides (Asteraceae) predstavujú významnú skupinu lúčnych a pasienkových druhov a vykazujú širokú ekologickú amplitúdu. Napriek ich rozšíreniu v strednej Európe sú poznatky o ich ekofyziologických adaptáciách, reakciách na environmentálne gradienty a mechanizmoch ekologickej diferenciácie stále fragmentárne. Lepšie pochopenie týchto procesov môže objasniť evolučnú dynamiku skupiny, mechanizmy špecializácie a potenciál druhov reagovať na meniace sa klimatické podmienky. Cieľom práce bude komplexne analyzovať ekofyziologickú diferenciáciu vybraných taxónov v strednej Európe a identifikovať kľúčové mechanizmy, ktoré umožňujú ich ekologickú diverzifikáciu a adaptáciu na rôzne prostredie a aktualizovať taxonomické a evolučné poznanie skupiny. Práca sa bude venovať hlavne morfologickým, anatomickým, karyologickým charakteristikám a hodnoteniu z hľadiska veľkosti genómu taxónov a špecializácii taxónov v prirodzenom prostredí. Výsledky môžu byť využité pri ochrane biodiverzity, manažmente trávnych ekosystémov a pri predikcii reakcií rastlinných spoločenstiev na klimatické zmeny.6Kľúčové slováENLeontodon, Scorzoneroides, ecophysiology, specialization, phenotype, genotype, genome size6Kľúčové slováSKLeonodon, Scorzoneroides, ekofyziológia, špecializácie, fenotyp, genotyp, veľkosť genómu2026-02-21+01:003.biológiaFRdfyziológia rastlínENBiologyPlant physiology76367Ekogenetika a ekogenomika extrémnych prostredí2026-02-17T00:00:00.000+01:0012ŠkoliteľRNDr. Jana Kisková, PhD.ENTutor3Konzultantdoc. RNDr. Peter Pristaš, CSc., univerzitný profesorENConsultant1NázovENEcogenetics and ecogenomics of extreme environments1NázovSKEkogenetika a ekogenomika extrémnych prostredí2LiteratúraSKSalwan R, Sharma V (2022) Genomics of prokaryotic extremophiles to unfold the mystery of survival in extreme environments. Microbiol Res 264:127156. https://doi.org/10.1016/j.micres.2022.127156 Marzban G, Tesei D (2025) The Extremophiles: Adaptation Mechanisms and Biotechnological Applications. Biology 14(4):412. https://doi.org/10.3390/biology14040412 Rekadwad BN, Li WJ, Gonzalez JM, Punchappady Devasya R, Ananthapadmanabha Bhagwath A, Urana R, Parwez K (2023) Extremophiles: the species that evolve and survive under hostile conditions. 3 Biotech 13(9):316. https://doi.org/10.3390/biology140404123CieľSKCieľom projektu je odhaliť mechanizmy adaptácie, odolnosti a diverzity medzi prokaryotickými extrémofilmi pomocou integrácie ekologických a genomických údajov. Výsledkom práce bude prepojenie fyzikálno-chemických charakteristík prostredia s konkrétnymi genetickými a funkčnými adaptáciami prokaryotov, čím sa prispeje k lepšiemu pochopeniu biodiverzity extrémnych ekosystémov a ich potenciálu pre biotechnologické a environmentálne aplikácie.3CieľENThe aim of the project is to reveal the mechanisms of adaptation, resistance, and diversity among prokaryotic extremophiles by integrating ecological and genomic data. The result of the work will be linage of physicochemical characteristics of the environment with specific genetic and functional adaptations of prokaryotes, thereby contributing to a better understanding of the biodiversity of extreme ecosystems and their potential for biotechnological and environmental applications.4AnotáciaENEcogenetics and ecogenomics are emerging fields that explore the intricate relationships between genetic variation and environmental factors, particularly in extreme environments such as deep-sea vents, polar regions, and salt pans and springs. These extreme conditions exert unique selective pressures that shape the genetic architecture of organisms, driving adaptations at both the phenotypic and molecular levels. The aim of the project is to uncover the mechanisms of adaptation, resilience, and diversity among procaryotic extremophiles by integrating ecological and genomic data. The data obtained will not only enhance our understanding of microorganism’s biodiversity and evolutionary processes but also has should have implications for biotechnological applications, environmental conservation, and understanding potential life forms beyond Earth.4AnotáciaSKEkogenetika a ekogenomika sú nové oblasti výskumu, ktoré skúmajú zložité vzťahy medzi genetickými variáciami a environmentálnymi faktormi, najmä v extrémnych prostrediach, ako sú hlboko morské prieduchy, polárne oblasti a soľné panvy a pramene. Tieto extrémne podmienky vyvíjajú jedinečné selektívne tlaky, ktoré formujú genetickú architektúru organizmov a riadia adaptácie na fenotypovej aj molekulárnej úrovni. Cieľom projektu je odhaliť mechanizmy adaptácie, odolnosti a diverzity medzi prokaryotickými extrémofilmi pomocou integrácie ekologických a genomických údajov. Získané údaje nielen rozšíria naše chápanie biodiverzity a evolučných procesov u mikroorganizmov, ale môžu byť základom pre moderné biotechnologické aplikácie, ochranu životného prostredia a pochopenie potenciálnych možností existencie foriem života mimo našej Zeme.6Kľúčové slováENextreme environments, extremophiles, adaptation, genomics, metagenomics, diversity6Kľúčové slováSKextrémne prostredia, extrémofily, adaptácia, genomika, metagenomika, diverzita2026-02-24+01:003.biológiaMCGdmolekulárna cytológia a genetikaENBiologyMolecular Cytology and Genetics76333Fyziológia vybraných vzácnych a ohrozených machorastov z extrémneho prostredia a ich ochrana.2026-02-13T00:00:00.000+01:0003Konzultantprof. Dr. rer. nat. Marko Sabovljević, Dr. rer. nat.ENConsultant2Školiteľdoc. RNDr. Michal Goga, PhD.ENTutor1NázovENConservation physiology of selected rare and threatened bryophytes from extreme environment.1NázovSKFyziológia vybraných vzácnych a ohrozených machorastov z extrémneho prostredia a ich ochrana.2LiteratúraSKOdborné články z databáz Web of Science a Scopus.2LiteratúraENScientific articles from databases Web of Science and Scopus. 3CieľSKCieľom doktorandského štúdia je štúdium fyziológie machorastov a skúmanie adaptačných mechanizmov a reakcií ohrozených druhov na stresové faktory, ako sú stratu biotopov a klimatické zmeny. Špecificky: 1. Integráciou fyziologického profilovania (fluorescencia chlorofylu, markery oxidačného stresu) s environmentálnym monitorovaním sa výskum zameriava na definovanie limitov ich fyziologickej plasticity. 2. Vývoj protokolov pre ex situ propagáciu ohrozených druhov machorastov. 3. Štúdium ochranných enzymatických reakcií na bunkovej úrovni, čo poskytuje údaje s vysokým rozlíšením o fyziologickej odolnosti druhov machorastov.3CieľENThe aim of the doctoral study is to examine the physiology of bryophytes and investigate the adaptive mechanisms and responses of endangered species to stress factors such as habitat loss and climate change. Specifically: 1. By integrating physiological profiling (chlorophyll fluorescence, oxidative stress markers) with environmental monitoring, the research focuses on defining the limits of their physiological plasticity. 2. Development of protocols for ex situ propagation of endangered bryophyte species. 3. Study of protective enzymatic responses at the cellular level, providing high-resolution data on the physiological resilience of bryophyte species.4AnotáciaENBryophytes are non-vascular plants that lack true roots and depend on water for reproduction. In ecosystem, they play a crucial role in moisture regulation, the prevention of soil erosion, and serve as pioneer organisms on bare surfaces. Due to their specialized ecological niches and lack of protective tissues, endangered bryophyte species are exceptionally sensitive to habitat loss and climate change. The protection of these species requires a combination of habitat restoration and the study of physiology and adaptive mechanisms, with a specific focus on laboratory cultivation to prevent their extinction. The objective of this doctoral study is to examine bryophyte physiology and investigate the adaptive mechanisms and responses of endangered species to these environmental stressors. By integrating physiological profiling (such as chlorophyll fluorescence and oxidative stress markers) with environmental monitoring, the research aims to define the limits of their physiological plasticity. Furthermore, the project focuses on developing protocols for ex situ propagation including axenic cultures and fragmentation techniques to facilitate the restoration of these populations. Fluorescence microscopy can be utilized to visualize the activity of biochemical processes in bryophyte tissues responding to environmental stress. By employing specific fluorescence methods, we can monitor oxidative changes in real-time. An additional goal is the study of protective enzymatic reactions at the cellular level, providing high-resolution data on the physiological resilience of the target species. Ultimately, this work seeks to bridge the gap between laboratory physiological data and field-based conservation strategies, thereby providing a scientific foundation for the conservation of bryophytes in a changing climate.4AnotáciaSKMachorasty sú necievnaté rastliny, ktorým chýbajú pravé korene a pri rozmnožovaní sú závislé od vody. V ekosystémoch zohrávajú kľúčovú úlohu pri regulácii vlhkosti, prevencii pôdnej erózie a pôsobia ako pionierske organizmy na holých povrchoch. Ohrozené druhy machorastov sú pre svoje špecializované ekologické niky a chýbajúce ochranné pletivá mimoriadne citlivé na stratu biotopov a klimatické zmeny. Ochrana týchto druhov si vyžaduje kombináciu obnovy biotopov a štúdium fyziológie a adaptačné mechanizmy so zameraním na laboratórnu kultiváciu, aby sa zabránilo ich vyhynutiu. Cieľom doktorandského štúdia je štúdium fyziológie machorastov a skúmanie adaptačných mechanizmov a reakcií ohrozených druhov na tieto stresory. Integráciou fyziologického profilovania (fluorescencia chlorofylu, markery oxidačného stresu) s environmentálnym monitorovaním sa výskum zameriava na definovanie limitov ich fyziologickej plasticity. Projekt sa okrem toho sústreďuje na vývoj protokolov pre ex situ propagáciu, ako sú axenické kultúry a techniky fragmentácie, s cieľom uľahčiť obnovu týchto populácií. Na vizualizáciu aktivity biochemických procesov v pletivách machorastov reagujúcich na environmentálny stres je možné využiť fluorescenčnú mikroskopiu. Použitím špecifických fluorescenčných metód môžeme v reálnom čase monitorovať oxidatívne zmeny. Ďalším cieľom je štúdium ochranných enzymatických reakcií na bunkovej úrovni, čo poskytuje údaje s vysokým rozlíšením o fyziologickej odolnosti daného druhu. Práca má v konečnom dôsledku za cieľ preklenúť priepasť medzi laboratórnymi fyziologickými údajmi a stratégiami ochrany v teréne, čím poskytne vedecký základ pre ochranu machorastov v podmienkach meniacej sa klímy.6Kľúčové slováENadaptation mechanisms, environmental stress, ex situ propagation, physiological plasticity, biodiversity conservation6Kľúčové slováSKadaptačné mechanizmy, environmentálny stres, ex situ propagácia, fyziologická plasticita, ochrana biodiverzity2026-02-21+01:003.biológiaFRdfyziológia rastlínENBiologyPlant physiology76679Chronologické vzory kostného a zubného tkaniva a zmeny vo veľkosti genómu ektotermných a endotermných plazov v období turónskeho teplotného maxima2026-03-13T00:00:00.000+01:0002Školiteľdoc. RNDr. Martin Kundrát, Ph.D.ENTutor3KonzultantRomain Amiot, Ph.D.ENConsultant1NázovENChronological patterns of bone and dental tissue and changes in genome size of the ectotherm and endotherm reptiles during the Turonian Thermal Maximum1NázovSKChronologické vzory kostného a zubného tkaniva a zmeny vo veľkosti genómu ektotermných a endotermných plazov v období turónskeho teplotného maxima2LiteratúraSKAngilletta, M. J. et al. 2004. Temperature, growth rate, and body size in ectotherms: fitting pieces of a life-history puzzle. Integr. Comp. Biol. 44(6): 498-509. Amiot, R. et al. 2011. Oxygen isotopes of east Asian dinosaurs reveal exceptionally cold Early Cretaceous climates. Proc. Nat. Acad. Sci. 108: 5179-5183. Averianov A. P., Sues H. D. 2012. Correlation of Late Cretaceous continental vertebrate assemblages in Middle and Central Asia. J. Stratigr. 36: 462-485. Cavin, L. 2010. Oxygen and carbon isotope compositions of middle Cretaceous vertebrates from North Africa and Brazil: Ecological and environmental significance. Palaeogeogr. Palaeoclimat. Palaeoecol. 297: 439-451. Finch, S. P., D´Emic, M. D. 2022. Evolution of amniote dentine apposition rates. Biol. Lett. 18: 20220092. Gregory, T. R. 2005. The Evolution of the Genome. Elsevier Academic Press, Burlington. Hanken, J., Wake, D. 1993. Miniaturization of body size: organismal consequences and evolutionary significance. Ann. Rev. 24: 501-519. Martin, J .E. et al. 2014. Sea surface temperature contributes to marine crocodylomorph evolution. Nat. Commun. 5: 4658. Organ, C. L. et al. 2007. Origin of avian genome size and structure in non-avian dinosaurs. Nature 446: 180-184. Secord, R. et al. 2012. Evolution of the earliest horses driven by climate change in the Paleocene-Eocene thermal maximum. Science 335: 959-962. Shedlock, A. M. et al. 2007. Phylogenomics of non-avian reptiles and the structure of the ancestral amniote genome. Proc. Natl Acad. Sci. USA 104: 2767-2772. Wiest, L. A. et al. 2018. Terrestrial evidence for the Lilliput effect across the Cretaceous-Paleogene (K-Pg) boundary. Palaeogeogr. Palaeoclimat. Palaeoecol. 491: 161-169.2LiteratúraENAngilletta, M. J. et al. 2004. Temperature, growth rate, and body size in ectotherms: fitting pieces of a life-history puzzle. Integr. Comp. Biol. 44(6): 498-509. Amiot, R. et al. 2011. Oxygen isotopes of east Asian dinosaurs reveal exceptionally cold Early Cretaceous climates. Proc. Nat. Acad. Sci. 108: 5179-5183. Averianov A. P., Sues H. D. 2012. Correlation of Late Cretaceous continental vertebrate assemblages in Middle and Central Asia. J. Stratigr. 36: 462-485. Cavin, L. 2010. Oxygen and carbon isotope compositions of middle Cretaceous vertebrates from North Africa and Brazil: Ecological and environmental significance. Palaeogeogr. Palaeoclimat. Palaeoecol. 297: 439-451. Finch, S. P., D´Emic, M. D. 2022. Evolution of amniote dentine apposition rates. Biol. Lett. 18: 20220092. Gregory, T. R. 2005. The Evolution of the Genome. Elsevier Academic Press, Burlington. Hanken, J., Wake, D. 1993. Miniaturization of body size: organismal consequences and evolutionary significance. Ann. Rev. 24: 501-519. Martin, J .E. et al. 2014. Sea surface temperature contributes to marine crocodylomorph evolution. Nat. Commun. 5: 4658. Organ, C. L. et al. 2007. Origin of avian genome size and structure in non-avian dinosaurs. Nature 446: 180-184. Secord, R. et al. 2012. Evolution of the earliest horses driven by climate change in the Paleocene-Eocene thermal maximum. Science 335: 959-962. Shedlock, A. M. et al. 2007. Phylogenomics of non-avian reptiles and the structure of the ancestral amniote genome. Proc. Natl Acad. Sci. USA 104: 2767-2772. Wiest, L. A. et al. 2018. Terrestrial evidence for the Lilliput effect across the Cretaceous-Paleogene (K-Pg) boundary. Palaeogeogr. Palaeoclimat. Palaeoecol. 491: 161-169.3CieľSK1. Akvizícia fosílií a vytvorenie materiálnej základne z vchnokriedových lokalít Uzbekistanu. 2. Vytvorenie databázy synchrotrónových skenov (s mikrónovým rozlíšením) fosílnych zubov a kostí kriedových krokodylomorfov a dinosaurov a kvantitatívna analýza periodicity dentinových inkrementov a kortikálnej zonácie. 3. Vytvorenie virtuálnej databázy synchrotrónových skenov (so submikrónovým rozlíšením) lakún osteocytov kriedových krokodylomorfov a dinosaurov, 3D volumetrická rekonštrukcia a výpočet veľkosti genómu paleotaxónov. 4. Časovo (vrchná krieda) kalibrovaná korelácia teplotných a paleogenomických parametrov krokodylomorfov a dinosaurov s nízkou versus vysokou evolučnou disparitou. 5. Časovo (vrchná krieda) kalibrovaná korelácia teplotných a histologických parametrov v evolučnom morfopriestore krokodylomorfov a dinosaurov. 6. Formulácia makroevolučných trendov vyplývajúcich z výsledkov riešenia projektu a revízia súčasnej vedeckej paradigmy o dôsledkoch posledných globálnych teplotných maxím a dôsledkov impaktovej udalosti na evolúciu života na severnej hemisfére našej planéty. Tento výskum bude financovaný z grantu VEGA 1/0259/25 a APVV-24-0161 a ďalších súvisiacich grantov Japan Synchrotron Radiation Research Institute. 3CieľEN1. Acquisition of fossils and setting up a material base from the Upper Cretaceous localities of Uzbekistan. 2. Establishing database based on synchrotron scans (with micron resolution) of fossil teeth and bones of Cretaceous crocodylomorphs and dinosaurs and quantitative analysis of the periodicity of dentin increments and cortical zonation. 3. Establishing a virtual model database of synchrotron scans (with submicron resolution) of osteocyte lacunae of Cretaceous crocodylomorphs and dinosaurs, 3D volumetric reconstruction, and calculation of genome size of individual extinct taxa. 4. Time-calibrated (Upper Cretaceous) correlation of temperature and paleogenomic parameters of crocodylomorphs and dinosaurs with low versus high evolutionary disparity. 5. Time-calibrated (Upper Cretaceous) correlation of temperature and histological parameters in the evolutionary morphospace of crocodylomorphs and dinosaurs. 6. Formulation of macroevolutionary trends resulting from the results of the project and revision of the current scientific paradigm on the consequences of the last global temperature maxima and the consequences of the impact event on the evolution of life in the northern hemisphere of our planet. The project will be funded through the project VEGA 1/0259/25 a APVV-24-0161, and other grants provided by the Japan Synchrotron Radiation Research Institute. 4AnotáciaSKEkologické javy súvisiace s teplotou a veľkosťou, ako napríklad pravidlá teplotného spádu verzus pravidlá nárastu teploty, ukazujú, že jedince žijúce pri nízkej teplote sa stávajú väčšími ako jedince rovnakého druhu žijúce pri vyššej teplote. Jedince v biotopoch s nízkou teplotou tiež vykazujú zväčšenú veľkosť buniek a genómu. Pozoruhodná variabilita veľkosti genómu medzi ektotermami a endotermami naznačuje, že vplyv teploty je signifikantný. Vzhľadom na overené pozorovanie, že veľkosť genómu a objem buniek sú kauzálne prepojené, nás privádza k nasledujúcim základným otázkam pri štúdiu fosílií: ako súvisel objem buniek stavovcov (zdroj pre výpočet veľkosti genómu u vyhynutých organizmov) s teplotou prostredia počas najvyšších teplotných extrémov za posledných 100 miliónov rokov? Mohli by teplotné maximá spustiť vyššiu mieru vymierania? Ovplyvnila teplota ako selektívny faktor skorý vývoj modernej bioty vo vrchnej kriede a paleogéne? Môžeme spojiť zmeny vo veľkosti paleogenómu stavovcov so vznikom nových skupín zvierat alebo/a inováciami v rámci línií predkov? A aká je kauzálna súvislosť medzi dlhodobým zmenšovaním telesnej veľkosti a tepelným maximom (miniaturizácia) alebo podnebím po hromadnom vyhynutí (liliputský efekt)? Tepelné maximum v kriedovom období (turón: 94-93 milióny rokov) a v paleogéne (eocén: 55 milióny rokov) a dopad asteroidu na hranici týchto období (K/Pg; mástricht-paleogén: 65 milióny rokov) významne ovplyvnili vývoj života na Zemi. Postupnosť vyššie uvedených globálnych udalostí poskytuje mimoriadny experimentálny systém na posúdenie vplyvu teplotných zmien na vývoj stavovcov. V tomto doktorandskom projekte budeme študovať uvedený vplyv na úrovni mikroštruktúry a vývojového rytmu kostného a zubného tkaniva ektotermných korkodylomorfov a endotermných dinosaurov, primárne turónskeho veku. Otestujeme tri skupiny hypotéz súvisiace s: 1) koreláciou cirkadiánnych prírastkov dentínu; 2) adaptívnymi zmenami v kostnom tkanive; a 3) vplyv environmentálnych faktorov na veľkosť genómu vyhynutých tetrapodov s nízkou a vysokou disparitou. Projekt poskytne originálne údaje o dynamickej interakcii života a klímy; evolučný model adaptability morfopriestoru stavovcov v extrémnych klimatických podmienkach; a argumentačný základ pre posúdenie protichodných názorov na súčasné globálne otepľovanie.4AnotáciaENTemperature-size ecological phenomena, such as temperature-cline rules versus temperature-rise rules, demonstrate that individuals raised at low temperature become larger than conspecifics raised at a higher temperature. Individuals in low-temperature habitats also exhibit increased cell size and genome. The striking variability in genome size between ectotherms and endotherms implies that a temperature effect is involved. Given the verified observation that genome size and cell volume are causally related brings us to the following fundamental questions in the study of fossils: how did the vertebrate cell volume (source for calculating genome size in extinct organisms) relate to environmental temperature during top thermal extremes in the last 100 million years? Could thermal maxima trigger higher extinction rates? Did temperature, as a selective factor, influence the early evolution of modern biota in the Upper Cretaceous and Paleogene? Can we link changes in the size of vertebrate paleogenome with the emergence of new groups of animals or/and innovations within the ancestral lineages? And what is the causal direction between a long-term decrease in body size and a thermal maximum (miniaturization) or post-extinction climate (the Lilliput effect)? The thermal maximum in the Cretaceous (Turonian: 94-93 Myr) and in the Paleogene (Eocene: 55 Myr) and the asteroid impact at the boundary of these periods (K/Pg; Maastrichtian-Paleogene: 65 Myr) significantly influenced the evolution of life on Earth. The sequence of the above global events provides an extraordinary experimental system for assessing the impact of temperature changes on vertebrate evolution. In your doctoral project, we will study this impact at the level of microstructure and developmental rhythm of bone and dental tissue of ectotherm crocodylomorphs and endotherm dinosaurs, primarily of Turonian age. We will test three groups of hypotheses related to: 1) the correlation of circadian dentin increments; 2) adaptive changes in bone tissue; and 3) the impact of environmental factors on the genome size of these vertebrates with low versus high disparity. The project will provide original data on the dynamic interaction of life and climate; an evolutionary model of the adaptability of vertebrate morphospace in extreme climatic conditions; and an argumentative basis for assessing conflicting views on current global warming.2026-03-13+01:003.biológiaZFZdzoológia a fyziológia živočíchovTéma bude realizovaná na externej vzdelávacej inštitúcii - Centrum integratívnej paleobiológie, Technologický a inovačný park, Univerzita Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach; Názov pracoviska konzultanta: Laboratoire de Géologie de Lyon: Terre, Planètes, Environnement, Villeurbanne, Lyon, FranceENBiologyZoology and Animal physiology76667MIKROBIOTA AKO MODULÁTOR ČREVNO-OBLIČKOVEJ OSI PRI TRANSPLANTÁCII OBLIČIEK ZO SEPTICKÉHO DARCU.2026-03-12T00:00:00.000+01:0002ŠkoliteľRNDr. Vlasta Demečková, PhD., univerzitná docentkaENTutor1NázovENMICROBIOTA AS A MODULATOR OF THE GUT–KIDNEY AXIS IN KIDNEY TRANSPLANTATION FROM SEPTIC DONORS1NázovSKMIKROBIOTA AKO MODULÁTOR ČREVNO-OBLIČKOVEJ OSI PRI TRANSPLANTÁCII OBLIČIEK ZO SEPTICKÉHO DARCU.2LiteratúraSK1. Jin, Y., Zhang, S.J., Zhuang, S., Li, P., Miao, H., Zhao, Y.Y. (2026). Microbiota-gut-kidney axis in health and renal disease. International Journal of Biological Sciences, 22(2), 750-770. https://doi.org/10.7150/ijbs.125140. 2. Evenepoel P, Poesen R, Meijers B. The gut-kidney axis. Pediatr Nephrol. 2017 Nov;32(11):2005-2014. doi: 10.1007/s00467-016-3527-x. Epub 2016 Nov 15. PMID: 27848096. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27848096/ 3. Haak BW, Prescott HC, Wiersinga WJ. Therapeutic Potential of the Gut Microbiota in the Prevention and Treatment of Sepsis. Front Immunol. 2018 Sep 10;9:2042. doi: 10.3389/fimmu.2018.02042. PMID: 30250472; PMCID: PMC6139316. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30250472/ 4. Polonio, C.M., Quintana, F.J. Intestinal microbiome metabolites control sepsis outcome. Nat Immunol 26, 155–156 (2025). https://doi.org/10.1038/s41590-024-02050-1 5. Moers, C., Smits, J.M., Maathuis, M.H.J., Treckmann, J., van Gelder, F., Napieralski, B.P., van Kasterop-Kutz, M., van der Heide, J.J.H., Squifflet, J.P., van Heurn, E., et al. (2009) Machine perfusion or cold storage in deceased-donor kidney transplantation. New England Journal of Medicine, 360(1), pp. 7–19. https://doi.org/10.1056/NEJMoa0802289 6. Simsek C, Karatas M, Tatar E, Yildirim AM, Tasli Alkan F, Uslu A. Kidney Transplantation From Infected Donors With Particular Emphasis on Multidrug-Resistant Organisms: A Single-Center Cohort Study. Exp Clin Transplant. 2022 Mar;20(Suppl 1):61-68. doi: 10.6002/ect.MESOT2021.O25. PMID: 35384809 https://www.ectrx.org/detail/supplement/2022/20/3/1/61/02LiteratúraEN1. Jin, Y., Zhang, S.J., Zhuang, S., Li, P., Miao, H., Zhao, Y.Y. (2026). Microbiota-gut-kidney axis in health and renal disease. International Journal of Biological Sciences, 22(2), 750-770. https://doi.org/10.7150/ijbs.125140. 2. Evenepoel P, Poesen R, Meijers B. The gut-kidney axis. Pediatr Nephrol. 2017 Nov;32(11):2005-2014. doi: 10.1007/s00467-016-3527-x. Epub 2016 Nov 15. PMID: 27848096. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27848096/ 3. Haak BW, Prescott HC, Wiersinga WJ. Therapeutic Potential of the Gut Microbiota in the Prevention and Treatment of Sepsis. Front Immunol. 2018 Sep 10;9:2042. doi: 10.3389/fimmu.2018.02042. PMID: 30250472; PMCID: PMC6139316. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30250472/ 4. Polonio, C.M., Quintana, F.J. Intestinal microbiome metabolites control sepsis outcome. Nat Immunol 26, 155–156 (2025). https://doi.org/10.1038/s41590-024-02050-1 5. Moers, C., Smits, J.M., Maathuis, M.H.J., Treckmann, J., van Gelder, F., Napieralski, B.P., van Kasterop-Kutz, M., van der Heide, J.J.H., Squifflet, J.P., van Heurn, E., et al. (2009) Machine perfusion or cold storage in deceased-donor kidney transplantation. New England Journal of Medicine, 360(1), pp. 7–19. https://doi.org/10.1056/NEJMoa0802289 6. Simsek C, Karatas M, Tatar E, Yildirim AM, Tasli Alkan F, Uslu A. Kidney Transplantation From Infected Donors With Particular Emphasis on Multidrug-Resistant Organisms: A Single-Center Cohort Study. Exp Clin Transplant. 2022 Mar;20(Suppl 1):61-68. doi: 10.6002/ect.MESOT2021.O25. PMID: 35384809 https://www.ectrx.org/detail/supplement/2022/20/3/1/61/03CieľSKCieľom dizertačnej práce je experimentálne zhodnotiť úlohu črevnej mikrobioty ako modulátora črevno-obličkovej osi pri transplantácii obličiek zo septického darcu a objasniť jej vplyv na zápalovú odpoveď a funkciu obličkového štepu v kontexte mechanickej perfúzie s antibiotikami.3CieľENThe aim of this PhD thesis is to experimentally evaluate the role of gut microbiota as a modulator of the gut–kidney axis in kidney transplantation from septic donors and to elucidate its impact on inflammatory responses and kidney graft function in the context of machine perfusion with antibiotics.4AnotáciaENThe shortage of organs suitable for transplantation is forcing transplantation medicine to continuously push the boundaries of donor acceptability criteria. One of the major challenges in contemporary transplant practice is the utilization of kidneys from donors with active sepsis or a history of septic episodes. Although clinical experience suggests that such organs may be viable under certain conditions, the mechanisms influencing their long-term survival and functional integrity remain insufficiently explored. A promising strategy to improve the safety of these transplants is machine perfusion of kidney grafts combined with targeted antibiotic application. This PhD project focuses on elucidating the role of the gut–kidney axis in the context of septic donors. Sepsis induces profound alterations in the intestinal microenvironment, including disruption of the gut barrier and dysregulation of immune responses, which may indirectly yet critically affect the fate of the transplanted organ. The research will be conducted using a large animal model of minipigs, which closely mirrors human physiology and the pathophysiological processes associated with sepsis and kidney transplantation. The PhD candidate will actively participate in the individual experimental phases, enabling a comprehensive evaluation of interactions between gut microbiota, inflammatory responses, and kidney graft function.4AnotáciaSKNedostatok orgánov vhodných na transplantáciu núti transplantačnú medicínu posúvať hranice akceptovateľnosti darcovských kritérií. Jednou z najväčších výziev súčasnosti je využitie obličiek od darcov so sepsou alebo po prekonanej septickej epizóde. Hoci klinická prax naznačuje, že tieto orgány môžu byť za určitých podmienok životaschopné, mechanizmy ovplyvňujúce ich dlhodobé prežívanie a funkčnú integritu zostávajú doposiaľ nedostatočne preskúmané. Perspektívnym nástrojom na zvýšenie bezpečnosti takýchto transplantácií sa javí mechanická perfúzia obličkového štepu s cielenou aplikáciou antibiotík. Táto dizertačná práca sa v rámci riešeného projektu zameriava na objasnenie úlohy črevno-obličkovej osi v kontexte septického darcu. Sepsa totiž vyvoláva výrazné zmeny v črevnom mikroprostredí, narušenie intestinálnej bariéry a dysreguláciu imunitnej odpovede, ktoré môžu nepriamo, no zásadným spôsobom ovplyvniť osud transplantovaného orgánu. Výskum bude realizovaný na veľkom animálnom modeli miniprasiat, ktorý verne odráža humánnu fyziológiu a patofyziologické procesy spojené so sepsou a transplantáciou obličiek. Doktorand sa bude aktívne podieľať na jednotlivých experimentálnych fázach, čo umožní komplexné hodnotenie interakcií medzi črevnou mikrobiotou, zápalovou odpoveďou a funkciou obličkového štepu. Získané poznatky môžu prispieť k lepšiemu pochopeniu mechanizmov črevno-obličkovej osi a vytvoriť vedecký základ pre bezpečnejšie a efektívnejšie využitie obličiek od septických darcov v transplantačnej praxi.6Kľúčové slováENgut microbiota; gut–kidney axis; kidney transplantation; septic donor; machine perfusion; inflammatory response; kidney graft6Kľúčové slováSKčrevná mikrobiota; črevno-obličková os; transplantácia obličiek; septický darca; mechanická perfúzia; zápalová odpoveď; obličkový štep2026-03-12+01:003.biológiaZFZdzoológia a fyziológia živočíchovENBiologyZoology and Animal physiology76671Molekulárne mechanizmy reakcií skorých embryonálnych buniek na faktory prostredia2026-03-12T00:00:00.000+01:0002ŠkoliteľRNDr. Štefan Čikoš, DrSc.ENTutor3KonzultantRNDr. Alexandra Špirková, PhD.ENConsultant1NázovENMolecular mechanisms of early embryo cell responses to the factors of environment1NázovSKMolekulárne mechanizmy reakcií skorých embryonálnych buniek na faktory prostredia2LiteratúraSKDePamphilis M. 2016. Mammalian preimplantation development. Academic Press, Elsevier, 447pp. Leese HJ and Brison DR. 2015 Cell Signaling during mammalian early embryo development. Springer, 213pp. Niakan KK et al. Human pre-implantation embryo development. Development. 2012 Mar;139(5):829-41. doi: 10.1242/dev.060426. Leese HJ .Metabolism of the preimplantation embryo: 40 years on. Reproduction 2012 Apr;143(4):417-27. doi: 10.1530/REP-11-0484. Duranthon V et al. Preimplantation embryo programming: transcription, epigenetics, and culture environment. Reproduction 2008 Feb;135(2):141-50. doi: 10.1530/REP-07-0324. 2LiteratúraENDePamphilis M. 2016. Mammalian preimplantation development. Academic Press, Elsevier, 447pp. Leese HJ and Brison DR. 2015 Cell Signaling during mammalian early embryo development. Springer, 213pp. Niakan KK et al. Human pre-implantation embryo development. Development. 2012 Mar;139(5):829-41. doi: 10.1242/dev.060426. Leese HJ .Metabolism of the preimplantation embryo: 40 years on. Reproduction 2012 Apr;143(4):417-27. doi: 10.1530/REP-11-0484. Duranthon V et al. Preimplantation embryo programming: transcription, epigenetics, and culture environment. Reproduction 2008 Feb;135(2):141-50. doi: 10.1530/REP-07-0324.3CieľSK1) Analyzovať expresiu vybraných bunkových receptorov viažucich nízkomolekulárne ligandy v preimplantačných embryách 2) Analyzovať vplyv aktivácie identifikovaných bunkových receptorov na skoré embryonálne bunky 3) Analyzovať možné dlhodobé efekty aktivácie identifikovaných bunkových receptorov na fyziologický / zdravotný stav potomstva3CieľEN1) To analyze the expression of selected cell receptors binding low molecular weight ligands in preimplantation embryos 2) To analyze the impact of activation of identified cell receptors on early embryonic cells 3) To analyze the possible long-term effects of activation of identified cell receptors on the physiological / health status of the offspring4AnotáciaENThe mammalian preimplantation embryo (i.e. the embryo in the period from oocyte fertilization to implantation of blastocyst into uterus) can finish its development to the blastocyst stage relatively autonomously and in in vitro conditions in relatively simple culture media. On the other hand, recent data indicate that disturbed maternal environment significantly affects developmental potential of oocytes, quality of pre-implantation embryos, success of implantation and can be the cause of unsuccessful pregnancies in both humans and animals. Moreover, in line with the DOHaD (Developmental Origin Health and Diseases) hypothesis, impairment of early embryonic development can also have long term consequences for health in adulthood. The research will mainly focus on the role of low molecular weight ligands and their receptors. The experiments will mostly use a mouse model (in vivo as well as in vitro approaches, including mouse embryonic stem cells). Modern biochemical methods, molecular biology techniques as well as morphological methods will be used to analyze cell receptors, activated signaling pathways and physiological responses of early embryo cells.4AnotáciaSKPreimplantačné embryo cicavcov (t.j embryo v období od oplodnenia vajíčka po implantáciu blastocysty do maternice) je schopné dokončiť svoj vývin do štádia blastocysty relatívne autonómnym spôsobom a v in vitro podmienkach v pomerne jednoduchých kultivačných médiách. Najnovšie poznatky však ukazujú, že narušené materské prostredie významne ovplyvňuje vývinový potenciál oocytov, kvalitu preimlantačných embryí, úspešnosť implantácie a môže byť príčinou neúspešnej gravidity tak u ľudí ako aj u zvierat. Naviac, v súlade s hypotézou DOHaD (Developmental Origin Health and Diseases), poruchy v skorom embryonálnom vývine môžu mať aj dlhodobé následky prejavujúce sa na zdravotnom stave v dospelosti. Výskum bude zameraný najmä na úlohu nízkomolekulárnych ligandov a ich receptorov. Experimenty budú uskutočňované prevažne na modeli laboratórnej myši, pričom budú využité in vivo aj in vitro prístupy, vrátane modelu myšacích embryonálnych kmeňových buniek. Analýza bunkových receptorov, aktivovaných signálnych dráh a fyziologických reakcií skorých embryonálnych buniek bude vykonávaná pomocou moderných biochemických metód, techník molekulárnej biológie a využité budú aj morfologické metódy.2026-03-13+01:003.biológiaZFZdzoológia a fyziológia živočíchovTéma bude realizovaná na externej vzdelávacej inštitúcii - Ústav fyziológie hospodárskych zvierat, Centrum biovied SAV, v.v.i., Košice, Šoltésovej 4-6ENBiologyZoology and Animal physiology76360Nanočasticami indukovaná biosyntéza antrachinónov v rastlinách rodu Hypericum a ich endofytických hubách2026-02-16T00:00:00.000+01:0012Školiteľdoc. RNDr. Katarína Bruňáková, PhD.ENTutor3KonzultantRNDr. Linda Petijová, PhD.ENConsultant1NázovENNanoparticle-induced biosynthesis of anthraquinones in plants of the genus Hypericum and their endophytic fungi1NázovSKNanočasticami indukovaná biosyntéza antrachinónov v rastlinách rodu Hypericum a ich endofytických hubách2LiteratúraSKAktuálne vedecké publikácie v recenzovaných domácich a zahraničných časopisoch indexovaných v databázach Web of Science a Scopus2LiteratúraENCurrent scientific publications in peer-reviewed domestic and international journals indexed in the Web of Science and Scopus databases.3CieľSKCieľom dizertačnej práce je vyhodnotiť vplyv nanočastíc ako abiotických elicítorov na biosyntézu antrachinónov v rastlinách rodu Hypericum a v ich endofytických hubách na základe analýzy zmien v metabolóme a transkriptóme po elicitácii. Identifikácia kľúčových metabolitov prostredníctvom integrácie LC-MS/MS analýz a bioinformatického spracovania transkriptomických dát prispeje k lepšiemu pochopeniu mechanizmov regulácie biosyntézy antrachinónov v rastlinných in vitro systémoch a v systémoch rastlina–endofyt.3CieľENThe aim of the doctoral thesis is to evaluate the effect of nanoparticles as abiotic elicitors on the biosynthesis of anthraquinones in plants of the genus Hypericum and in their endophytic fungi, based on the analysis of changes in the metabolome and transcriptome following elicitation. The identification of key metabolites through the integration of LC-MS/MS analyses and bioinformatic processing of transcriptomic data will contribute to a better understanding of the regulatory mechanisms governing anthraquinone biosynthesis in plant in vitro systems and in plant–endophyte interactions.4AnotáciaENAnthraquinones, including naphthodianthrones, are important biologically active secondary metabolites of the genus Hypericum. Their biosynthesis is influenced by complex interactions between plants and their endophytic microorganisms, while key steps of their biosynthetic pathway have not yet been completely elucidated. Current models of hypericin biosynthesis are based on interdisciplinary studies, highlighting the need for an integrated approach combining the analysis of metabolomic and transcriptomic data. Despite their structural relatedness, the biosynthetic pathways of anthraquinones in plants and fungi differ substantially in their enzymatic mechanisms as well as in the genomic organization of the corresponding biosynthetic genes. The aim of this dissertation is to evaluate the effect of nanoparticles as alternative abiotic elicitors on the biosynthesis of anthraquinones in plants of the genus Hypericum and in their endophytic fungi. Elicitation-induced changes will be analyzed at the transcriptomic and metabolomic levels. Metabolomic analysis, based on modern analytical approaches including LC-MS/MS, will enable detailed characterization of the chemical profiles of elicited systems and identification of the predominant anthraquinone derivatives. Bioinformatic approaches will be used to support the interpretation of transcriptomic data and to identify candidate biosynthetic genes. The results of this work will contribute to a better understanding of the regulatory mechanisms of anthraquinone biosynthesis in plant in vitro systems and in plant–endophyte systems.4AnotáciaSKAntrachinóny vrátane naftodiantrónov sú významné biologicky aktívne sekundárne metabolity rodu Hypericum. Ich biosyntéza je ovplyvnená komplexnými interakciami medzi rastlinami a ich endofytickými mikroorganizmami, pričom kľúčové kroky ich biosyntetickej dráhy neboli dosiaľ uspokojivo objasnené. Súčasné modely biosyntézy hypericínu vychádzajú z interdisciplinárnych štúdií, čo poukazuje na potrebu integrovaného prístupu kombinujúceho analýzu metabolomických a transkriptomických dát. Napriek štruktúrnej podobnosti antrachinónov sa ich biosyntetické dráhy v rastlinách a hubách výrazne líšia v enzymatických mechanizmoch, ako aj v genómovej organizácii príslušných biosyntetických génov. Cieľom dizertačnej práce je vyhodnotiť vplyv nanočastíc ako alternatívnych abiotických elicítorov na biosyntézu antrachinónov v rastlinách rodu Hypericum, ich endofytických hubách. Zmeny indukované elicitáciou budú analyzované na úrovni transkriptómu a metabolómu. Metabolomická analýza, založená na moderných analytických prístupoch vrátane LC-MS/MS, umožní detailnú charakterizáciu chemických profilov elicitovaných systémov a identifikáciu prevládajúcich antrachinónových derivátov. Bioinformatické prístupy budú využité na podporu interpretácie transkriptomických dát a na identifikáciu kandidátnych biosyntetických génov. Výsledky práce prispejú k lepšiemu pochopeniu mechanizmov regulácie biosyntézy antrachinónov v rastlinných in vitro systémoch a v systémoch rastlina–endofyt.6Kľúčové slováENHypericum, anthraquinones, nanoparticles, endophytes, metabolomics, transcriptomics6Kľúčové slováSKHypericum, antrachinóny, nanočastice, endofyty, metabolomika, transkriptomika2026-02-24+01:003.biológiaMCGdmolekulárna cytológia a genetikaENBiologyMolecular Cytology and Genetics76361Ovplyvnenie regulácie invazívneho a hypoxiou podmieneného fenotypu PDAC buniek hypericínom2026-02-16T00:00:00.000+01:0013KonzultantRNDr. Viktória Dečmanová, PhD.ENConsultant2Školiteľprof. RNDr. Peter Fedoročko, CSc.ENTutor1NázovENTargeting the invasive and hypoxia-driven phenotype of PDAC cells with hypericin1NázovSKOvplyvnenie regulácie invazívneho a hypoxiou podmieneného fenotypu PDAC buniek hypericínom2LiteratúraSKVedecké práce z uvedenej problematiky publikované v odborných časopisoch a dostupné v medzinárodných databázach, napríklad: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ https://www.scopus.com/search/form.uri?display=basic https://www.sciencedirect.com/3CieľSKCieľom dizertačnej práce je overiť antimigračný potenciál hypericínu na modeli silne hypoxického nádoru, pankreatického duktálneho adenokarcinómu (PDAC), jedného z najagresívnejších a najrezistentnejších nádorov súčasnosti. Cieľom dizertačnej práce bude objasniť mechanizmy, ktorými hypericín ovplyvňuje správanie nádorových buniek odvodených z PDAC, so zameraním najmä na inhibíciu bunkovej motility, invazivity a potenciálne zvýšenie citlivosti buniek na chemoterapiu. Osobitná pozornosť pritom bude venovaná účinku hypericínu v podmienkach hypoxie, ktorá je pre PDAC charakteristická a významne prispieva k agresivite nádoru. 6Kľúčové slováSKhypericín, hypoxia, invazivita, migrácia, pankreatický duktálny karcinóm2026-02-24+01:003.biológiaMCGdmolekulárna cytológia a genetikaENBiologyMolecular Cytology and Genetics76331Plasticita endoreplikácie vo vzťahu k veľkosti genómu a ekofyziologickým faktorom.2026-02-13T00:00:00.000+01:0002Školiteľdoc. Mgr. Vladislav Kolarčik, PhD.ENTutor1NázovENPlasticity of endoreplication in relation to genome size and ecophysiological factors.1NázovSKPlasticita endoreplikácie vo vzťahu k veľkosti genómu a ekofyziologickým faktorom.2LiteratúraSKOdborné články z databázy Web of Science a Scopus.2LiteratúraENScientific articles from databases Web of Science and Scopus.3CieľSKV tejto dizertačnej práci bude cieľom doktoranda preskúmať vzťah endopolyploidie a veľkosti genómu a karyológie, ako aj ekofyziologicky podmienenej modulácie endopolyploidie na príklade málo preskúmanej skupine rastlín zástupcov čeľade Boraginaceae (napr. v rodoch Pulmonaria a Onosma).3CieľENIn this dissertation, the PhD candidate will aim to investigate the relationship between endopolyploidy and genome size and karyology, as well as the ecophysiologically conditioned modulation of endopolyploidy, using the examples of a little-studied group of plants from the family Boraginaceae (e.g., in the genera Pulmonaria and Onosma).4AnotáciaENGenome multiplication, or endopolyploidization, represents the repeated doubling of the entire nuclear genome of a cell or only part of it and is one of the mechanisms of change in the ploidy level at the cellular level. It leads to the formation of polyploid cells and occurs during morphogenesis, i.e. differentiation of various organs of plants. The level of endopolyploidy is the result of the interaction of several factors, such as the systematic position of the plant species, the ploidy level, the genome size and the stage of plant development, the type of tissues and organs, and environmental conditions. Endopolyploidy is phylogenetically determined and is also common in economically important angiosperm families such as Fabaceae, Brassicaceae, Solanaceae or Orchidaceae. Previous studies have also often, but inconsistently, shown a negative relationship between endopolyploidy and genome size in plants. Especially significant are the previous studies of polyploids in the model species Arabidopsis thaliana conducted in the context of the ecophysiological differentiation of polyploids and the role of endopolyploidy in it. For a better understanding of the relationship between the extent of endopolyploidy and genome size, it is necessary to identify plant models where polyploidy does not contribute to genome enlargement. In this dissertation, the PhD candidate will aim to investigate the relationship between endopolyploidy and genome size and karyology, as well as the ecophysiologically conditioned modulation of endopolyploidy, using the examples of a little-studied group of plants from the family Boraginaceae (e.g., in the genera Pulmonaria and Onosma). One of the advantages of these taxa is the presence of species with high intracytotype variability in genome size (e.g., Onosma pseudoarenaria s.l. group), which will allow filtering out the effect of polyploidization in relation to endopolyploidy versus genome size. The applicant will have access to a wide range of promising research subjects where endopolyploidy has been partially studied. The applicant will learn various research methods, such as flow cytometry, DIC and fluorescence microscopy, histochemical methods, phenotyping of different organs and plant structures, or ecophysiological techniques.4AnotáciaSKMultiplikácia genómu, alebo endopolyploidizácia, predstavuje opakované zdvojenie celého jadrového genómu bunky alebo len jeho časti a je jedným z mechanizmov zmeny ploidnej úrovne na bunkovej úrovni. Vedie k vzniku polyploidných buniek a vyskytuje sa počas morfogenézy, t.j. diferenciácie rôznych orgánov rastlín. Úroveň endopolyploidie je výsledkom interakcie viacerých faktorov ako sú systematická pozícia rastlinného druhu, ploidná úroveň, veľkosť genómu a štádium vývinu rastlín, typ pletív a orgánov a environmentálne podmienky. Endopolyploidia je fylogeneticky podmienená a je častá aj v ekonomicky významných čeľadiach krytosemenných rastlín, ako sú Fabaceae, Brassicaceae, Solanaceae alebo Orchidaceae. Doterajšie štúdie tiež preukázali často, ale nekonzistentne, negatívny vzťah medzi endopolyploidizáciou a veľkosťou genómu v rastlinách. Významnými sú predovšetkým doterajšie štúdie polyploidov modelového druhu Arabidopsis thaliana vykonané v kontexte ekofyziologickej diferenciácie polyploidov a úlohy endopolyploidie v nej. Pre lepšie pochopenie vzťahu veľkosti endopolyploidie a veľkosti genómu je potrebné nájsť také rastlinné modely, kde polyploidia neprispieva k nárastu genómu. V tejto dizertačnej práci bude cieľom doktoranda preskúmať vzťah endopolyploidie a veľkosti genómu a karyológie, ako aj ekofyziologicky podmienenej modulácie endopolyploidie na príklade málo preskúmanej skupine rastlín zástupcov čeľade Boraginaceae (napr. v rodoch Pulmonaria a Onosma). Jednou z výhod týchto taxónov je prítomnosť druhov s veľkou intracytotypovou variabilitou vo veľkosti genómu (napr. skupina Onosma pseudoarenaria s.l.), čo umožní odfiltrovať efekt polyploidizácie vo vzťahu endopolyplodia vs. veľkosť genómu. Doktorand bude mať k dispozícii širokú paletu perspektívnych výskumných objektov, kde už endopolyploidia bola čiastočne študovaná. Doktorand si osvojí viaceré výskumné metódy, napr. prietoková cytometria, DIC a fluorescenčná mikroskopia, histochemické metódy, fenotypizácia rôznych orgánov a rastlinných štruktúr alebo ekofyziologické techniky.6Kľúčové slováENBoraginaceae, endoreplication, endosperm, flow cytometry, genome size6Kľúčové slováSKBoraginaceae, endoreplikácia, endosperm, prietoková cytometria, veľkosť genómu2026-02-21+01:003.biológiaFRdfyziológia rastlínENBiologyPlant physiology76666PORUCHY AUTISTICKÉHO SPEKTRA A DYSREGULÁCIA OSI ČREVO–MOZOG: EXPERIMENTÁLNA MODULÁCIA POMOCOU FEKÁLNEJ MIKROBIÁLNEJ TRANSPLANTÁCIE A PRÍRODNÝCH ADITÍV.2026-03-12T00:00:00.000+01:0002ŠkoliteľRNDr. Vlasta Demečková, PhD., univerzitná docentkaENTutor1NázovENAUTISM SPECTRUM DISORDERS AND GUT–BRAIN AXIS DYSREGULATION: EXPERIMENTAL MODULATION VIA FECAL MICROBIOTA TRANSPLANTATION AND NATURAL ADDITIVES1NázovSKPORUCHY AUTISTICKÉHO SPEKTRA A DYSREGULÁCIA OSI ČREVO–MOZOG: EXPERIMENTÁLNA MODULÁCIA POMOCOU FEKÁLNEJ MIKROBIÁLNEJ TRANSPLANTÁCIE A PRÍRODNÝCH ADITÍV.2LiteratúraSK1. Taniya MA, Chung HJ, Al Mamun A, Alam S, Aziz MA, Emon NU, Islam MM, Hong SS, Podder BR, Ara Mimi A, Aktar Suchi S, Xiao J. Role of Gut Microbiome in Autism Spectrum Disorder and Its Therapeutic Regulation. Front Cell Infect Microbiol. 2022 Jul 22;12:915701. doi: 10.3389/fcimb.2022.915701. PMID: 35937689; PMCID: PMC9355470. 2. Anshula Mehra, Geetakshi Arora, Gaurav Sahni, Manmohit Kaur, Hasandeep Singh, Balbir Singh, Sarabjit Kaur, Gut microbiota and Autism Spectrum Disorder: From pathogenesis to potential therapeutic perspectives, Journal of Traditional and Complementary Medicine, Volume 13, Issue 2, 2023, Pages 135-149,ISSN 2225-4110, https://doi.org/10.1016/j.jtcme.2022.03.001 3. Morton, J.T., Jin, DM., Mills, R.H. et al. Multi-level analysis of the gut–brain axis shows autism spectrum disorder-associated molecular and microbial profiles. Nat Neurosci 26, 1208–1217 (2023). https://doi.org/10.1038/s41593-023-01361-0 3CieľSKCieľom dizertačnej práce je experimentálne zhodnotiť vplyv fekálnej mikrobiálnej transplantácie (FMT) od detí s poruchami autistického spektra (PAS) a následnej terapeutickej intervencie pomocou prírodných aditív (probiotík a prebiotík) na črevnú dysbiózu, imunitné a zápalové procesy, hematologické parametre a génovú expresiu v myšacom modeli PAS.3CieľENThe main objective is to experimentally evaluate the impact of fecal microbiota transplantation (FMT) from children with autism spectrum disorders (ASD), followed by therapeutic intervention using natural additives (probiotics and prebiotics), on gut dysbiosis, immune and inflammatory responses, hematological parameters, and gene expression in a mouse model of ASD.4AnotáciaENAutism spectrum disorders (ASD) are complex neurodevelopmental conditions increasingly associated with disturbances in gut microbiota and dysregulation of gut–brain axis communication. Numerous studies suggest that intestinal dysbiosis may contribute not only to frequent gastrointestinal issues in individuals with ASD but also to behavioral disorders and immune imbalance. This dissertation project focuses on the experimental modulation of gut dysbiosis using fecal microbiota transplantation (FMT) from children with ASD, as well as natural additives – specifically probiotics and prebiotics. Using a mouse model, we investigate the effects of these interventions on systemic and intestinal immune responses, inflammatory processes, hematological parameters, and gene expression in colonic tissue. If you are interested in research that bridges immunology, neuroscience, and microbiology, this is a unique opportunity. To explore the mechanisms underlying these disorders, we will employ state-of-the-art molecular biology techniques such as high-throughput next-generation sequencing (NGS), RNA-seq, and other advanced analytical approaches. Join us in research that may open up new therapeutic strategies and significantly shape the future of medicine.4AnotáciaSKPoruchy autistického spektra (PAS) predstavujú komplexné neurovývinové ochorenia, ktoré sú čoraz častejšie spájané s narušením črevnej mikrobioty a dysreguláciou komunikácie v osi črevo–mozog. Viaceré štúdie poukazujú na to, že črevná dysbióza môže prispievať nielen k častým gastrointestinálnym ťažkostiam u osôb s PAS, ale aj k poruchám správania a imunitnej rovnováhy. Predkladaná dizertačná práca je zameraná na experimentálnu moduláciu črevnej dysbiózy pomocou transplantácie fekálnej mikrobioty (FMT) od detí s PAS, ako aj prostredníctvom prírodných aditív – probiotík a prebiotík. Pomocou myšacieho modelu skúmame účinky týchto intervencií na systémové a intestinálne imunitné odpovede, zápalové procesy, hematologické parametre a génovú expresiu v tkanive hrubého čreva. Ak chceš byť súčasťou výskumu, ktorý prepája imunológiu, neurovedu a mikrobiológiu, ponúka sa ti jedinečná príležitosť. Pri skúmaní mechanizmov vzniku týchto ochorení budeme využívať najmodernejšie metódy molekulárnej biológie, ako sú vysokokapacitné technológie sekvenovania novej generácie (NGS), RNA-seq a ďalšie pokročilé analytické prístupy. Zapoj sa do výskumu, ktorý môže priniesť nové terapeutické možnosti a zásadne ovplyvniť budúcnosť medicíny.6Kľúčové slováENautism spectrum disorders; gut microbiota; gut–brain axis; intestinal dysbiosis; fecal microbiota transplantation; probiotics; prebiotics; immune response; inflammation; mouse model; gene expression6Kľúčové slováSKporuchy autistického spektra; črevná mikrobiota; os črevo–mozog; črevná dysbióza; fekálna mikrobiálna transplantácia; probiotiká; prebiotiká; imunitná odpoveď; zápal; myšací model; génová expresia2026-03-12+01:003.biológiaZFZdzoológia a fyziológia živočíchovENBiologyZoology and Animal physiology76315Preferencia tvorby izoflavonoidov a flavonolov v stresových podmienkach v sóji.2026-02-12T00:00:00.000+01:0002Školiteľdoc. RNDr. Peter Paľove-Balang, PhD.ENTutor1NázovENPreference for isoflavonoid and flavonol formation under stress conditions in soybean.1NázovSKPreferencia tvorby izoflavonoidov a flavonolov v stresových podmienkach v sóji.2LiteratúraSKvedecké práce registrované vo WOS a/alebo SCOPUS2LiteratúraENscientific papers registered in WOS and/or SCOPUS3CieľSKCieľom práce je sledovanie biosyntézy a akumulácie flavonoidov a izoflavonoidov v stresových podmienkach pomocou modelovej odrody sóje (Glycine max), prípadne sa na porovnanie použijú aj iné významné pestované odrody. Látky budú analyzované chomatografickými metódami a identifikované pomocou LC-MS. Bude tiež sledovaná biosyntéza týchto látok na úrovni expresie génov pre biosyntetické enzýmy, alebo transkripčné faktory. Sledovaná bude akumulácia genisteínu, daidzeínu, glyciteínu, formononetínu vrátane príslušných glykozidov a ďalších látok ako aj vplyv hormónov (najmä. kyseliny abscisovej) na ich produkciu. Získané výsledky budú porovnávané v rámci čeľade Fabaceae s cieľom hlbšieho pochopenia regulácia tvorby izoflavonoidov, ktoré sú typické pre túto čeľaď.3CieľENThe aim of the work is to evaluate the biosynthesis and accumulation of flavonoids and isoflavonoids under stress conditions using a model soybean variety (Glycine max), or other important cultivated varieties may be used for comparison. The substances will be analyzed by chromatography methods and identified by LC-MS. The biosynthesis of these substances will also be monitored at the level of expression of genes for biosynthetic reactions or transcription factors. The accumulation of genistein, daidzein, glycitein, formononetin, including the relevant glycosides and other substances will be monitored, as well as the influence of hormones (especially abscisic acid) on their production. The obtained results will be compared within the Fabaceae family with the aim of a deeper understanding of the regulation of the formation of isoflavonoids, which are typical for legumes.2026-02-21+01:003.biológiaFRdfyziológia rastlínENBiologyPlant physiology76362Redoxná modulácia a stres endoplazmatického retikula v senzitizácii nádorových buniek voči vybraným terapeutickým prístupom2026-02-16T00:00:00.000+01:0013KonzultantRNDr. Zuzana Jendželovská, PhD.ENConsultant2Školiteľprof. RNDr. Peter Fedoročko, CSc.ENTutor1NázovENRedox modulation and endoplasmic reticulum stress in the sensitization of tumor cells to selected therapeutic approaches1NázovSKRedoxná modulácia a stres endoplazmatického retikula v senzitizácii nádorových buniek voči vybraným terapeutickým prístupom2LiteratúraSKVedecké práce z uvedenej problematiky publikované v odborných časopisoch a dostupné v medzinárodných databázach, napríklad: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ https://www.scopus.com/search/form.uri?display=basic https://www.sciencedirect.com/3CieľSKDizertačná práca je zameraná na štúdium účinku likochalkónu A (LCA) ako potenciálneho senzibilizátora rezistentných nádorových buniek voči fotodynamickej terapii sprostredkovanej hypericínom (HY-PDT), ako aj voči vybraným chemoterapeutikám. Hlavným cieľom dizertačnej práce bude objasniť, či LCA moduluje redoxnú rovnováhu buniek, napríklad prostredníctvom regulácie intracelulárnych hladín reaktívnych foriem kyslíka (ROS), signalizácie Nrf2/Keap1 a expresie antioxidačných enzýmov, a či ovplyvňuje odpoveď buniek na ER stres, vrátane signálnych dráh PERK/eIF2α/ATF4/CHOP, IRE1α/XBP1 a ATF6. 6Kľúčové slováSKredoxná rovnováha, rezistencia, likochalkón, hypericín, fotodynamická terapia2026-02-24+01:003.biológiaMCGdmolekulárna cytológia a genetikaENBiologyMolecular Cytology and Genetics76683Regulácia neurogenézy v mozgu dospelých jedincov2026-03-13T00:00:00.000+01:0002ŠkoliteľRNDr. Marcela Martončíková, PhD.ENTutor1NázovENRegulation of neurogenesis in the adult brain1NázovSKRegulácia neurogenézy v mozgu dospelých jedincov2LiteratúraSK(1) Saghatelyan A. Role of blood vessels in the neuronal migrtion. Semin. Cell Dev. Biol. 2009, 20:744-750. (2) Lim, D.A., Alvarez-Buylla A. The adult ventricular-subventricular zone (V-SVZ) and olfactory bulb (OB neurogenesis. Cold Spring Harb. Perspect Biol. 2016, 8a018820. (3) Garcia-González, D., Khodosevich, K., Watanabe, Y., Rollenhagen, A., Lübke, J.H.R., Monyer H. Serotonergic projections govern postnatal neuroblast migration. Neuron 2017,94:534-549. (4) Martončíková, M., Alexovič Matiašová, A., Ševc, J. Račeková, E. Relationship between blood vessels and migration of neuroblasts in the olfactory neurogenic region of the rodent brain. Int. J. Mol. Sci. 2021, 11506. (5) Angelidis, A., Račeková, E., Arnoul, P., Závodská, M., Raček A., Martončíková, M. Disrupted migration and proliferation of neuroblasts after postnatal administration of angiogenesis inhibitor. Brain Res. 2018, 1698:121-129. 2LiteratúraEN(1) Saghatelyan A. Role of blood vessels in the neuronal migrtion. Semin. Cell Dev. Biol. 2009, 20:744-750. (2) Lim, D.A., Alvarez-Buylla A. The adult ventricular-subventricular zone (V-SVZ) and olfactory bulb (OB neurogenesis. Cold Spring Harb. Perspect Biol. 2016, 8a018820. (3) Garcia-González, D., Khodosevich, K., Watanabe, Y., Rollenhagen, A., Lübke, J.H.R., Monyer H. Serotonergic projections govern postnatal neuroblast migration. Neuron 2017,94:534-549. (4) Martončíková, M., Alexovič Matiašová, A., Ševc, J. Račeková, E. Relationship between blood vessels and migration of neuroblasts in the olfactory neurogenic region of the rodent brain. Int. J. Mol. Sci. 2021, 11506. (5) Angelidis, A., Račeková, E., Arnoul, P., Závodská, M., Raček A., Martončíková, M. Disrupted migration and proliferation of neuroblasts after postnatal administration of angiogenesis inhibitor. Brain Res. 2018, 1698:121-129. 3CieľSKSkúmanie mechanizmov regulujúcich proliferáciu, migráciu a diferenciáciu buniek v neurogénnej oblasti SVZ-RMS-BO mozgu dospelého potkana, na základe histologických a in vitro metód a behaviorálneho testovania.3CieľENInvestigation of the mechanisms regulating cell proliferation, migration and differentiation in the neurogenic region SVZ-RMS-BO of the adult rat brain, based on histological and in vitro methods and behavioral testing.4AnotáciaENThe largest neurogenic region in the adult brain is the subventricular zone (SVZ) of the lateral ventricles. Neurons originating in the SVZ migrate long distances along the rostral migration pathway (RMS) to the olfactory bulb (OB), where they integrate into existing neuronal circuits. Understanding the mechanisms regulating adult neurogenesis is essential for its potential therapeutic use. The aim of the dissertation will be to investigate the mechanisms regulating cell proliferation, migration and differentiation in the SVZ-RMS-OB system based on histological and in vitro methods and behavioral testing.4AnotáciaSKNajväčšou neurogénnou oblasťou v dospelom mozgu je subventrikulárna zóna (SVZ) bočných mozgových komôr. Neuróny vznikajúce v SVZ migrujú na dlhé vzdialenosti rostrálnou migračnou dráhou (RMS) do bulbus olfactorius (BO), kde sa začleňujú do už existujúcich neurónových okruhov. Poznanie mechanizmov regulujúcich adultnú neurogenézu je nevyhnutné pre jej prípadné terapeutické využitie. Cieľom dizertačnej práce bude skúmať mechanizmy regulujúce proliferáciu, migráciu a diferenciáciu buniek v systéme SVZ-RMS-BO na základe histologických a in vitro metód a behaviorálneho testovania.2026-03-13+01:003.biológiaZFZdzoológia a fyziológia živočíchovTéma bude realizovaná na externej vzdelávacej inštitúcii - NbÚ BMC SAV - Oddelenie regeneračnej medicíny a bunkovej terapie, Neurobiologický ústav, Biomedicínske centrum SAV, v. v. i.; https://bmc.sav.sk/veda/vyskumne-skupiny-podla-temy/neurobiologia/regeneracna-medicina-a-bunkova-terapia/ENBiologyZoology and Animal physiology76314Stresové metabolity v rode Lotus a ich význam v odpovedi na stres.2026-02-12T00:00:00.000+01:0002Školiteľdoc. RNDr. Peter Paľove-Balang, PhD.ENTutor1NázovENStres metabilites in Lotus sp. and their relevance in stress-response.1NázovSKStresové metabolity v rode Lotus a ich význam v odpovedi na stres.2LiteratúraSKvedecké práce v časopisoch evidovaných v WOS a/alebo SCOPUS2LiteratúraENscientific papers in journals registered in WOS and/or SCOPUS3CieľSKCieľom práce je sledovanie biosyntézy a akumulácie flavonoidov a izoflavonoidov v stresových podmienkach pomocou modelového druhu Lotus japonicus, vrátane jeho mutantných línií a jej porovnanie s odrodami L. corniculatus, ktoré sa pestujú ako krmivo, prípadne aj ďalších druhoch vplyvom vonkajších faktorov (sucha, UV-B žiarenia prípadne ďalších). Bude tiež sledovaný vplyv hormónov a iných regulačných látok. Látky budú analyzované chomatografickými metódami a identifikované pomocou LC-MS. Bude sledovaná biosyntéza týchto látok na úrovni expresie génov pre biosyntetické enzýmy, alebo transkripčné faktory. Sledovanie akumulácie vestitolu, objasnenie jeho významu ako obranného metabolitu, prípadne aj ďalších významných izoflavonoidov.3CieľENThe aim of the work is the evaluation of the biosynthesis and accumulation of flavonoids and isoflavonoids under stress conditions (drought, UV-B or others) in the model species Lotus japonicus incl. its mutant lines. The influence of hormones and other regulatory substances will also be followed. The results will be compared in the forage-varieties of L. corniculatus, or in other species under the different external factors. Substances will be analysed by chromatographic methods and identified by LC-MS. The biosynthesis of these substances will also be monitored at the level of gene expression for biosynthetic enzymes or transcription factors. Tracking the accumulation of vestitol, clarifying its functions in plant defence. Other important isoflavonoids may be also focused.2026-02-21+01:003.biológiaFRdfyziológia rastlínENBiologyPlant physiology76675Sukcesia pôdnych spoločenstiev chvostoskokov v smrekových lesoch vo Vysokých Tatrách (Slovensko) – 20 rokov od veternej kalamity2026-03-13T00:00:00.000+01:0002ŠkoliteľRNDr. Natália Raschmanová, PhD., univerzitná docentkaENTutor3Konzultantprof. RNDr. Ľubomír Kováč, CSc.ENConsultant1NázovENThe succession of soil Collembola communities in spruce forests of the High Tatra Mountains (Slovakia) - twenty years after a windthrow1NázovSKSukcesia pôdnych spoločenstiev chvostoskokov v smrekových lesoch vo Vysokých Tatrách (Slovensko) – 20 rokov od veternej kalamity2LiteratúraSKColeman, D.C., Callaham, M.A., Crossley, D.A., 2017. Fundamentals of soil ecology: third edition. Fundam. Soil Ecol. Third Ed. Hopkin, S.P., 1997. Biology of the springtails (Insecta: Collembola), Oxford Huhta, V., 1976. Effects of clear-cutting on numbers, biomass and community respiration of soil invertebrates. Ann. Zool. Fenn. 13. Flórián N., Gergócs-Winkler V., Kovács B., Aszalós R., Bidló A., Ódo P., 2025. Effects of different forestry management practices on soil mesofauna in the regeneration phase. Forest Ecology and Management, 598: 123196. https://doi.org/10.1016/j.foreco.2025.123196 Thom, D., Seidl, R., 2016. Natural disturbance impacts on ecosystem services and biodiversity in temperate and boreal forests. Biol. Rev. Camb. Philos. Soc. 91. Wallwork, J.A. 1970. Ecology of Soil Animals. McGraw-Hill, England, 283 pp. 2LiteratúraENColeman, D.C., Callaham, M.A., Crossley, D.A., 2017. Fundamentals of soil ecology: third edition. Fundam. Soil Ecol. Third Ed. Hopkin, S.P., 1997. Biology of the springtails (Insecta: Collembola), Oxford Huhta, V., 1976. Effects of clear-cutting on numbers, biomass and community respiration of soil invertebrates. Ann. Zool. Fenn. 13. Flórián N., Gergócs-Winkler V., Kovács B., Aszalós R., Bidló A., Ódo P., 2025. Effects of different forestry management practices on soil mesofauna in the regeneration phase. Forest Ecology and Management, 598: 123196. https://doi.org/10.1016/j.foreco.2025.123196 Thom, D., Seidl, R., 2016. Natural disturbance impacts on ecosystem services and biodiversity in temperate and boreal forests. Biol. Rev. Camb. Philos. Soc. 91. Wallwork, J.A. 1970. Ecology of Soil Animals. McGraw-Hill, England, 283 pp. 3CieľSK1) Posúdiť obnovu spoločenstiev pôdnych chvostoskokov v horských smrekových lesoch vo Vysokých Tatrách, 20 rokov po veternej kalamite. 2) Porovnať tieto spoločenstvá z hľadiska aplikovania rôznych praktík lesníckeho manažmentu. 3CieľEN1) To assess the recovery of soil Collembola communities in mountain spruce forests in the High Tatra Mts., 20 years after a windthrow. 2) To compare these communities in relation to different practices within of forest management. 4AnotáciaENWindthrow, as one of the natural disturbance factors, plays an important role in the successional cycle of natural montane forests, affecting their structure, resources and microclimate. These changes in forest ecosystems significantly influence soil arthropod communities. Knowledge on the response of soil biota to such natural disturbances and soil fauna regeneration in montane ecosystems are scarce. The windstorm devastated the forest ecosytem in mountain area of the Tatras (National Park of High Tatras, Sloavakia) 20 years ago. In this context, the impact of windthrow and the forestry (management) practices on the structure and community abundance of soil Collembola will be investigated over time. Collembola can serve as sensitive indicator mesofauna group in assessments of disturbance-induced changes in soil environments of mountain forests. Goal of the PhD. thesis is to assess „the recovery“ of soil Collembola communities in mountain spruce forests in the High Tatra Mts., 20 years after a windthrow, and to compare these communities in relation to different forestry practices.4AnotáciaSKVeterná kalamita, ako jeden z prírodných disturbančných faktorov, zohráva dôležitú úlohu v sukcesnom cykle horských prirodzených lesov a ovplyvňuje ich štruktúru, zdroje a mikroklímu. Tieto zmeny v lesných ekosystémoch významne ovplyvňujú spoločenstvá pôdnych článkonožcov. Poznatky o reakcii pôdnej bioty na takéto prírodné disturbancie a o regenerácii pôdnej fauny v horských ekosystémoch sú menej známe. Veterná smršť pred 20 rokmi zdevastovala lesný horský ekosystém v Tatranskom národnom parku (TANAP). V tomto kontexte, vplyv veternej kalamity a rôznych postupov v rámci lesníckeho manažmentu na štruktúru a abundanciu pôdnych spoločenstiev Collembola bude preskúmaný. Chvostoskoky môžu poslúžiť ako citlivé indikátory mezofauny pri hodnotení zmien v pôdnom prostredí horských lesov vyvolaných týmito disturbanciami. Cieľom dizertačnej práce je posúdiť „obnovu“ spoločenstiev pôdnych chvostoskokov v horských smrekových lesoch vo Vysokých Tatrách, 20 rokov po veternej kalamite, a porovnať tieto spoločenstvá z hľadiska aplikovania rôznych praktík lesníckeho manažmentu.2026-03-13+01:003.biológiaZFZdzoológia a fyziológia živočíchovENBiologyZoology and Animal physiology76685Veľkosť genómu vybraných skupín pôdnych, jaskynných a vodných článkonožcov na evolučnom a ekologickom pozadí2026-03-13T00:00:00.000+01:0002Školiteľdoc. RNDr. Andrej Mock, PhD.ENTutor3Konzultantdoc. Mgr. Vladislav Kolarčik, PhD.ENConsultant1NázovENGenome size of some gropus of soil, cave and aquatic arthropods in evolutionary and ecological context1NázovSKVeľkosť genómu vybraných skupín pôdnych, jaskynných a vodných článkonožcov na evolučnom a ekologickom pozadí2LiteratúraSKAlfsnes, K., Leinaas, H.P., Hessen, D.O. (2017) Genome size in arthropods; different roles of phylogeny, habitat and life history in insects and crustaceans. Ecology and Evolution, 7: 5939–5947. Brown, T.A. (2002) Genomes, 2nd edition. BIOS Scientific Publishers, Oxford, 572 s. Freeland, J.R. (2020) Molecular Ecology. 3rd Editon. Willey Blackwell, 384 s. Gregory, T.R. (2005) The Evolution of the Genome. Elsevier Academic Press, Inc., London, 768 s. Gregory, T.R. (2026) Animal Genome Size Database. http://www.genomesize.com. Gregory, T.R., P. Nathwani, T.R. Bonnett, and D.P.W. Huber (2013) Sizing up arthropod genomes: an evaluation of the impact of environmental variation on genome size estimates by flow cytometry and the use of qPCR as a method of estimation. Genome 56: 505–510. Jeffery, N. W., and T. R. Gregory (2014). Genome size estimates for crustaceans using Feulgen image analysis densitometry of ethanol-preserved tissues. Cytometry Part A 85: 862-868 Ruppert, E.E., Fox, R.S., Barnes, R.D. (2004) Invertebrate Zoology. 7th Edition. Brooks/Cole Cengage Learning, 1008 s. Shapiro, J.A. (2023) Engines of innovation: biological origins of genome evolution, Biological Journal of the Linnean Society, Volume 139 (4): 441–456. Thomas, G.W.C., Dohmen, E., Hughes, D.S.T. et al. (2020) Gene content evolution in the arthropods. Genome Biol 21, 15. 2LiteratúraENAlfsnes, K., Leinaas, H.P., Hessen, D.O. (2017) Genome size in arthropods; different roles of phylogeny, habitat and life history in insects and crustaceans. Ecology and Evolution, 7: 5939–5947. Brown, T.A. (2002) Genomes, 2nd edition. BIOS Scientific Publishers, Oxford, 572 s. Freeland, J.R. (2020) Molecular Ecology. 3rd Editon. Willey Blackwell, 384 s. Gregory, T.R. (2005) The Evolution of the Genome. Elsevier Academic Press, Inc., London, 768 s. Gregory, T.R. (2026) Animal Genome Size Database. http://www.genomesize.com. Gregory, T.R., P. Nathwani, T.R. Bonnett, and D.P.W. Huber (2013) Sizing up arthropod genomes: an evaluation of the impact of environmental variation on genome size estimates by flow cytometry and the use of qPCR as a method of estimation. Genome 56: 505–510. Jeffery, N. W., and T. R. Gregory (2014). Genome size estimates for crustaceans using Feulgen image analysis densitometry of ethanol-preserved tissues. Cytometry Part A 85: 862-868 Ruppert, E.E., Fox, R.S., Barnes, R.D. (2004) Invertebrate Zoology. 7th Edition. Brooks/Cole Cengage Learning, 1008 s. Shapiro, J.A. (2023) Engines of innovation: biological origins of genome evolution, Biological Journal of the Linnean Society, Volume 139 (4): 441–456. Thomas, G.W.C., Dohmen, E., Hughes, D.S.T. et al. (2020) Gene content evolution in the arthropods. Genome Biol 21, 15. 3CieľSK1) Metódou prietokovej cytometrie získať súbory meraní veľkosti jadrovej DNA a preskúmať rozsah variability vo veľkosti genómu vybraných taxónov článkonožcov najmä viacnôžok (Myriapoda) a kôrovcov (Crustacea) a preskúmať trendy vo vývoji veľkosti genómu týchto skupín. 2) Preskúmať variabilitu vo veľkosti genómu vybraných taxónov vo vzťahu k morfológii ich tiel a jednotlivých orgánov, ich ekologických nárokov a životných stratégii. 3) Aplikovať prietokovú cytometriu ako nástroj umožňujúci hlbšie pochopiť pozadie biodiverzity viazanej na klimatické mikrorefúgiá. 3CieľEN1) Creating of datasets of nuclear DNA size measurements by flow cytometry and examine the range of genome size variability in selected taxa of arthropods, particularly myriapods (Myriapoda) and crustaceans (Crustacea), and investigate trends in genome size evolution in these groups. 2) Investigate the variability in genome size of selected taxa in relation to the morphology of their bodies and individual organs, their ecological requirements, and life strategies. 3) Apply flow cytometry as a tool enabling a deeper understanding of the background of biodiversity associated with climatic microrefugia.4AnotáciaENMeasuring intra- and interspecies genome size (nuclear DNA) using flow cytometry (FCM) is a widely used rapid tool to distinguish taxonomic, reproductive, and adaptive differences between organisms, so far mainly utilized in plant biology. However, a number of studies also point to the potential use of FCM in the study of animals. Genome size evolution has its own regularities and does not follow a linear trend. Genome enlargement is often associated with polyploidization and the hybrid origin of species. These two fundamental evolutionary processes lead to the emergence of genomes with a broader range of genetic material, enabling faster adaptive responses of living organisms to environmental changes. The genome size database (https://www.genomesize.com/) provides an excellent overview of current knowledge and literature sources. At the same time, it shows further possibilities. Some groups of animals in this area are almost unexplored. This work will focus mainly on crustaceans and millipedes, obtained from soil, caves, and aquatic environments. For crustaceans and millipedes, we have recently standardized a protocol (method of fixation, nucleus isolation, and nuclear DNA staining), which is not universally applicable. The study will test intraspecific genome variability (between sexes, within a population, and between populations), examine potential polyploidy and endopolyploidy, and explore correlations between the phylogenetic positions of species, differences between closely related and distant species, body size, preferred environment and adaptability of species, biogeography, and genome size. Material will be collected in the field during ecological research of the training center and field excursions, as well as from breeding (exotic species).4AnotáciaSKMeranie vnútro-druhovej a medzidruhovej veľkosti genómu (jadrovej DNA) metódou prietokovej cytometrie (FCM - flow cytometry) je široko využívaný rýchly nástroj na rozlíšenie taxonomických, reprodukčných, adaptačných rozdielov medzi organizmami, využívaný vo veľkej miere dosiaľ hlavne v biológii rastlín. Rad štúdií ale ukazuje aj na možnosti využitia FCM pri štúdiu živočíchov. Evolúcia veľkosti genómu má svoje zákonitosti a nemá lineárny trend. Zväčšenie genómu často súvisí s polyploidizáciou a hybridným vznikom druhov. Tieto dva zásadné evolučné procesy vedú k vzniku genómov s širšou paletou genetického materiálu, ktorý umožňuje rýchlejšie adaptačné odpovede živých organizmov na zmeny v prostredí. Databáza veľkosti genómu (https://www.genomesize.com/) poskytuje vynikajúci prehľad doterajších poznatkov a literárnych zdrojov. Zároveň ukazuje ďalšie možnosti. Niektoré skupiny živočíchov sú v tejto oblasti takmer neprebádané. V tejto práci bude pozornosť venovaná najmä kôrovcom a viacnôžkam, získaných v pôde, jaskyniach a vodnom prostredí. Pre kôrovce a mnohonôžky sme v nedávnom období štandardizovali protokol (spôsob fixácie, uvoľňovania jadier a farbenia jadrovej DNA), ktorý neplatí univerzálne. V práci bude testovaná variabilita genómu vnútrodruhová (medzi pohlaviami, v rámci populácie a medzi-populačná), študovaná bude potenciálna polyploidia a endopolyploidia, korelácia medzi fylogenetickým postavením druhov, rozdiely medzi blízko príbuznými aj vzdialenými druhmi, veľkosťou tela, preferovaným prostredím a adaptabilitou druhov, biogeografiou a veľkosťou genómu. Materiál bude získavaný v teréne počas ekologických výskumov školiaceho pracoviska a terénnych exkurzií a z chovov (exotické druhy). 2026-03-13+01:003.biológiaZFZdzoológia a fyziológia živočíchovENBiologyZoology and Animal physiology76684Vplyv mikroklímy na spoločenstvá roztočov panciernikov (Acari, Oribatida) pozdĺž gradientov vchodovej zóny chladných jaskýň na širšej geografickej škále2026-03-13T00:00:00.000+01:0002Školiteľprof. RNDr. Ľubomír Kováč, CSc.ENTutor3KonzultantRNDr. Peter Ľuptáčik, PhD.ENConsultant1NázovENThe influence of microclimate on oribatid mite communities (Acari, Oribatida) along gradients in the entrance zone of cold caves on a broader geographical scale1NázovSKVplyv mikroklímy na spoločenstvá roztočov panciernikov (Acari, Oribatida) pozdĺž gradientov vchodovej zóny chladných jaskýň na širšej geografickej škále2LiteratúraSKBehan-Pelletier V., Lindo, Z. 2023. Oribatid mites. Biodiversity, Taxonomy and Ecology. CRC Press, Boca Raton, 494 pp. Gaston, K. J. 2000. Global patterns in biodiversity. Nature, 405(6783), 220–227. Margesin, R., Schinner, F. 1999. Cold-Adapted Organisms—Ecology, Physiology, Enzymology and Molecular Biology. Springer-Verlag, Berlin, 416 pp. Petrovová, V., Ľuptáčik, P., Kolarčik, V., Kováč, Ľ., 2024: Biodiversity of a temperate karst landscape - ice cave collapse doline supports high α-diversity of the soil mesofauna. Scientific Reports, 14: 22205. Salazar-Fillipo et al. 2025. Changes in trait assemblages of oribatid mite communities during natural succession on post-mining sites. European Journal of Soil Biology 127, 103777. Wallwork, J.A. 1970. Ecology of Soil Animals. McGraw-Hill, England, 283 pp. Walter, D.E., Proctor, H.C. 2013. Mites: Ecology, Evolution & Behaviour. Springer, Dordrecht, 494 pp. 2LiteratúraENBehan-Pelletier V., Lindo, Z. 2023. Oribatid mites. Biodiversity, Taxonomy and Ecology. CRC Press, Boca Raton, 494 pp. Gaston, K. J. 2000. Global patterns in biodiversity. Nature, 405(6783), 220–227. Margesin, R., Schinner, F. 1999. Cold-Adapted Organisms—Ecology, Physiology, Enzymology and Molecular Biology. Springer-Verlag, Berlin, 416 pp. Petrovová, V., Ľuptáčik, P., Kolarčik, V., Kováč, Ľ., 2024: Biodiversity of a temperate karst landscape - ice cave collapse doline supports high α-diversity of the soil mesofauna. Scientific Reports, 14: 22205. Salazar-Fillipo et al. 2025. Changes in trait assemblages of oribatid mite communities during natural succession on post-mining sites. European Journal of Soil Biology 127, 103777. Wallwork, J.A. 1970. Ecology of Soil Animals. McGraw-Hill, England, 283 pp. Walter, D.E., Proctor, H.C. 2013. Mites: Ecology, Evolution & Behaviour. Springer, Dordrecht, 494 pp. 3CieľSK1) Preštudovať diverzitu a štruktúru spoločenstiev Oribatida v prostredí mikroklimatických gradientov jaskynných vchodov vybraných lokalít Karpát, Dinárskych pohorí, Álp a Kaukazu. 2) Vyhodnotiť distribúciu funkčných skupín panciernikov na mikroklimaticky a topograficky odlišných stanovištiach jaskynných vchodov.3CieľEN1) To assess the diversity and community composition of oribatid mites within the microclimatic gradients of cave entrances, focusing on selected sites in the Carpathian, Dinaric, Alpine, and Caucasian regions. 2) To assess the distribution of oribatid functional groups in relation to the microclimatic and topographical heterogeneity of cave entrance habitats. 4AnotáciaENNatural microclimatic gradients in cold cave entrances with temperature and vegetation inversions reveal high a-diversity of oribatid mites (Acari, Oribatida). Cave entrances represent relatively stable and heterogeneous habitats characterized by environmental gradients determined by their topology and morphology. Such habitats may serve as crucial microrefugia for endemic and relict arthropods. The ecotonal environment of cave entrances, where subterranean and surface habitats overlap, has remained understudied regarding its significance for the local biodiversity of small soil arthropods. The diversity, structure, and ecology of oribatid mite assemblages, and their relationship to microclimatic and edaphic conditions, will be investigated along transects from cave entrances to adjacent forest habitats within a broader geographical context, encompassing selected localities in the Carpathians, Alps, Dinaric mountains and Caucasus Mts. 4AnotáciaSKPrírodné mikroklimatické gradienty vchodovej zóny chladných jaskýň s teplotnou a vegetačnou inverziou odhaľujú vysokú a-diverzitu roztočov panciernikov. Jaskynné vchody predstavujú relatívne stabilné a heterogénne habitaty charakteristické gradientmi prostredia v závislosti na ich topológii a morfológii. Takéto biotopy môžu slúžiť ako dôležité mikrorefúgiá pre endemické a reliktné článkonožce. Ekotonálne prostredie vchodov jaskýň, v ktorom sa prelínajú jaskynné a povrchové habitaty, bolo doposiaľ málo študované z hľadiska ich významu pre lokálnu biodiverzitu pôdnych článkonožcov. Diverzita, štruktúra a ekológia spoločenstiev panciernikov a ich vzťah ku mikroklimatických a pôdno-chemickým parametrom prostredia budú študované pozdĺž línií od vchodov jaskýň do priľahlých lesných habitatov, a to v širšom geografickom kontexte, zahŕňajúcom vybrané lokality Karpát, Álp, Dinárskych pohorí a Kaukazu. 2026-03-13+01:003.biológiaZFZdzoológia a fyziológia živočíchovENBiologyZoology and Animal physiology76359Využitie nanočastíc v modulácii hydrofóbneho charakteru a terapeutického potenciálu vybraných sekundárnych metabolitov prírodného pôvodu2026-02-16T00:00:00.000+01:0012Školiteľdoc. RNDr. Rastislav Jendželovský, PhD.ENTutor1NázovENExploitation of nanostructures in the modulation of hydrophobic character and therapeutic potential of selected natural secondary metabolites1NázovSKVyužitie nanočastíc v modulácii hydrofóbneho charakteru a terapeutického potenciálu vybraných sekundárnych metabolitov prírodného pôvodu2LiteratúraSKVedecké práce z uvedenej problematiky publikované v odborných časopisoch a dostupné v medzinárodných databázach, napríklad: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ https://www.scopus.com/search/form.uri?display=basic https://www.sciencedirect.com/3CieľSKCieľom dizertačnej práce bude zistiť stabilitu NPs, tolerovateľnosť NPs zdravými bunkami a úspešnosť konjugácie NPs s rastlinnými metabolitmi (hypericín, hyperforín) prostredníctvom stanovenia ich vnútrobunkovej akumulácie a analýzy potenciálneho protinádorového účinku s využitím ľudských nádorových bunkových línií hrubého čreva a chemicky indukovaných kolorektálnych nádorov potkanov in vivo.6Kľúčové slováSKnanočastice, nanobiokonjugát, hypericín, hyperforín, kolorektálny karcinóm2026-02-24+01:003.biológiaMCGdmolekulárna cytológia a genetikaENBiologyMolecular Cytology and Genetics76680Vznik a adaptívne vzory sekundárnej nelietavosti: alternatívna evolúcia vtákov2026-03-13T00:00:00.000+01:0003Konzultantprof. Luís Fábio Silveira, Ph.D.ENConsultant3KonzultantDr. Thomas L. Stubbs, Ph.D.ENConsultant2Školiteľdoc. RNDr. Martin Kundrát, Ph.D.ENTutor1NázovENOrigin and adaptive patterns of secondary flightlessness: an alternative evolution of birds1NázovSKVznik a adaptívne vzory sekundárnej nelietavosti: alternatívna evolúcia vtákov2LiteratúraSKHeck, C. T., Woodward, H. N. 2021. Intraskeletal bone growth patterns in the North Island Brown Kiwi (Apteryx mantelli): Growth mark discrepancy and implications for extinct taxa. J. Anat. 239: 1075-1095. Kundrát , M. 2009. Primary chondrification foci in the wing basipodium of Struthio camelus with comments on interpretation of autopodia elements in Crocodilia and Aves. J. Exp. Zool. 312B: 30-41. de Ricqlès, A. et al. 2016. Preliminary assessment of bone histology in the extinct elephant bird Aepyornis (Aves, Palaeognathae) from Madagascar. C. R. Palevol. 15: 197-208. Sackton, T. B. et al. 2019. Convergent regulatory evolution and loss of flight in paleognathous birds. Science 364: 74-78. Turvey, S. T. et al. 2005. Cortical growth marks reveal extended juvenile development in New Zealand moa. Nature 435: 940-943. Worthy, T. H. et al. 2017. The evolution of giant flightless birds and novel phylogenetic relationships for extinct fowl (Aves, Galloanseres) R. Soc. Open Sci. 4: 170975. Wright, N. A. et al. 2016. Predictable evolution toward flightlessness in volant island birds. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 113: 4765-4770. Young, J. J. et al. 2019. Attenuated Fgf signaling underlies the forelimb heterochrony in the emu Dromaius novaehollandiae. Curr. Biol. 29: 3681-3691.e52LiteratúraENHeck, C. T., Woodward, H. N. 2021. Intraskeletal bone growth patterns in the North Island Brown Kiwi (Apteryx mantelli): Growth mark discrepancy and implications for extinct taxa. J. Anat. 239: 1075-1095. Kundrát , M. 2009. Primary chondrification foci in the wing basipodium of Struthio camelus with comments on interpretation of autopodia elements in Crocodilia and Aves. J. Exp. Zool. 312B: 30-41. de Ricqlès, A. et al. 2016. Preliminary assessment of bone histology in the extinct elephant bird Aepyornis (Aves, Palaeognathae) from Madagascar. C. R. Palevol. 15: 197-208. Sackton, T. B. et al. 2019. Convergent regulatory evolution and loss of flight in paleognathous birds. Science 364: 74-78. Turvey, S. T. et al. 2005. Cortical growth marks reveal extended juvenile development in New Zealand moa. Nature 435: 940-943. Worthy, T. H. et al. 2017. The evolution of giant flightless birds and novel phylogenetic relationships for extinct fowl (Aves, Galloanseres) R. Soc. Open Sci. 4: 170975. Wright, N. A. et al. 2016. Predictable evolution toward flightlessness in volant island birds. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 113: 4765-4770. Young, J. J. et al. 2019. Attenuated Fgf signaling underlies the forelimb heterochrony in the emu Dromaius novaehollandiae. Curr. Biol. 29: 3681-3691.e53CieľSK1. Fylogeografické mapovanie výskytu stráty aktívneho letu v evolúcii Avialae; 2. Vývojová anatómia a osteohistológia: model nelietavého zástupcu Palaneognathae vs model nelietavého zástupcu Neognathae; 3. Adultná morfológia a histológia kostí krídla a nohy nelietavých vtákov so zreteľom na gigantizmus; 4. Definovanie mikroštruktúrnych a funkčných adaptačných trendov krídla v evolúcii sekundárne nelietavých vtákov. Tento výskum bude financovaný z grantu VEGA 1/0259/25 a APVV-24-0161 a ďalších súvisiacich grantov Japan Synchrotron Radiation Research Institute. 3CieľEN1. Phylogeographic mapping of the occurrence of loss of active flight in the evolution of Avialae; 2. Developmental anatomy and osteohistology to understand the flightless Palaneognathae model vs the flightless Neognathae model; 3. Study adult wing and leg bone morphology and histology in flightless birds in relation to gigantism; 4. Defining microstructural and functional adaptation trends of the wing in the evolution of secondary flightless birds. The project will be funded through the project VEGA 1/0259/25 a APVV-24-0161, and other grants provided by the Japan Synchrotron Radiation Research Institute (16A-1038/32694 a 18B-1543/42978). 4AnotáciaENThe transformation of the forelimb into a dominant locomotor organ characterizes the evolution of Paraves species, including modern birds. This adaptive transformation occurred independently, in several clades, and in different ways. Although the flapping wing became the dominant support for active flight, the secondary loss of this ability occurred frequently in bird evolution. The evolution of flightlessness is associated with several ecological, physiological, and morphological phenomena, which reflect adaptive requirements of a ground-dwelling lifestyles. The goal of our research is to understand how the loss of flight affects body proportions, especially wing polymorphism, at the microstructure level of bone tissues. For example, how do developmental heterochronies contribute to the diversity and functionality of wings and legs in partially or completely flightless birds? Within the framework of accelerated somatic maturation, we will investigate the hypothesis of multi-rate skeletal organ development that enabled the adaptive transition to flightlessness, and why the loss of flight led to gigantism in some birds, while not in others. We aim to map these adaptive specializations within the evolutionary phylomorphospace and to examine the temporal and topological constraints on the evolution of flightless birds.4AnotáciaSKPremena prednej (hornej) končatiny na dominantný pohybový orgán charakterizuje evolúciu druhov Paraves, vrátane moderných vtákov. Táto adaptívna transformácia prebehla nezávisle vo viacerých kladoch a rôznymi spôsobmi. Hoci sa mávajúce krídlo stalo dominantnou podporou aktívneho letu, sekundárna strata schopnosti letu sa v evolúcii vtákov vyskytuje pomerne často. Nelietavosť je spojená s množstvom ekologických, fyziologických a morfologických javov, ktoré predstavujú alternatívny scenár evolúcie vtákov, preferujúcich pozemnú lokomóciu. Cieľom nášho výskumu je pochopiť, ako strata letu ovplyvňuje telesné proporcie, najmä polymorfizmus krídel, na úrovni mikroštruktúry kostného tkaniva. Napríklad, ako vývojové heterochrónie prispievajú k disparite a funkčnosti krídel a nôh u čiastočne alebo úplne nelietavých vtákov? V rámci zrýchleného somatického dozrievania budeme testovať hypotézu viacrýchlostného vývoja kostrových orgánov, ktoré umožnili adaptívny prechod k nelietavosti, a prečo strata letu viedla u niektorých vtákov ku gigantizmu, zatiaľ čo u iných nie. Naším cieľom je zmapovať tieto adaptívne špecializácie v rámci evolučného fylomorfopriestoru a preskúmať časové a topologické obmedzenia v evolúcii nelietavých vtákov.2026-03-13+01:003.biológiaZFZdzoológia a fyziológia živočíchovTéma bude realizovaná na externej vzdelávacej inštitúcii - Centrum integratívnej paleobiológie, Technologický a inovačný park, Univerzita Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach; Názov pracoviska konzultantov: 1. Museum of Zoology, University of São Paulo, São Paulo, Brazil 2. School of Life, Health and Chemical Sciences, Faculty of STEM, Open University, Milton Keynes, UKENBiologyZoology and Animal physiology76334Z extrémneho prostredia k priemyselnému využitiu: Biotechnologický potenciál proteínov a sekundárnych metabolitov z vybraných druhov lišajníkov.2026-02-13T00:00:00.000+01:0003Konzultantprof. RNDr. Erik Sedlák, DrSc.ENConsultant2Školiteľdoc. RNDr. Michal Goga, PhD.ENTutor1NázovENFrom extreme environments to industrial applications: Biotechnological potential of proteins and secondary metabolites from selected lichen species.1NázovSKZ extrémneho prostredia k priemyselnému využitiu: Biotechnologický potenciál proteínov a sekundárnych metabolitov z vybraných druhov lišajníkov.2LiteratúraSKCieľom doktorandského projektu je systematická identifikácia a charakterizácia proteínov s vysokým biotechnologickým potenciálom kódovaných v genómoch lišajníkových symbióz. Práca využíva metódy komparatívnej genomiky a bioinformatiky na vyhľadávanie unikátnych biosyntetických génových klastrov a enzýmov zapojených do metabolizmu špecifických lichenofytov.2LiteratúraENThe aim of the doctoral project is the systematic identification and characterization of proteins with high biotechnological potential encoded in the genomes of lichen symbioses. The work uses methods of comparative genomics and bioinformatics to search for unique biosynthetic gene clusters and enzymes involved in the metabolism of specific lichenophytes.3CieľSKOdborné články z databáz Web of Science a Scopus.3CieľENScientific articles from databases Web of Science and Scopus.4AnotáciaENLichens represent one of the most important symbiotic relationships on earth. One reason is that they are pioneer organisms that colonize parts of the earth that are extremely inhospitable to higher plants. Together with mosses or cyanobacteria, they form small ecosystems that are directly involved in primary succession. The significance of lichens, however, extends beyond their ecological role. Survival in extreme conditions such as high UV radiation, frost stress or desiccation is enabled by the production of stress proteins. There is a lack of information about their biotechnological potential. In addition to these proteins, lichens also produce secondary metabolites, whose pharmaceutical potential is not negligible. However, the isolation of these unique substances is crucial and challenging. The aim of the doctoral project is the systematic identification and characterization of proteins with high biotechnological potential encoded in the genomes of lichen symbioses. The work uses methods of comparative genomics and bioinformatics to search for unique biosynthetic gene clusters and enzymes involved in the metabolism of specific lichenophytes. Selected candidate genes will subsequently be subjected to cloning and heterologous expression, which will allow the production of functional proteins in laboratory conditions. Another goal will be the isolation and identification of secondary metabolites using Flash chromatography, the most efficient separation, the creation of protocols or derivatives of the obtained metabolites in order to increase their biological potential in the field of pharmacology. The next phase of the research will focus on detailed biochemical and structural analysis of the obtained products with the aim of clarifying the relationship between their structure and catalytic properties. The project brings an innovative perspective on the use of the genetic wealth of lichens as a source of new biocatalysts for industrial biotransformation and pharmacology. The results of the work will contribute to the development of efficient procedures for the production of previously difficult-to-access natural substances under controlled conditions.4AnotáciaSKLišajníky predstavujú jeden z najdôležitejších symbiotických vzťahov na zemi. Jedným z dôvodov je, že patria k pionierskym organizmom ktoré kolonizujú časti zeme, ktoré sú extrémne až nehostinné pre vyššie rastliny. Spolu s machmi či sinicami tvoria malé ekosystémy, ktoré sú priamo zapojené do primárnej sukcesie. Význam lišajníkov však presahuje ich ekologickú úlohu. Prežitie v extrémnych podmienkach ako je vysoké UV-žiarenie, stres mrazom či vysychanie im umožňuje produkcia stresových proteínov. O ich biotechnologickom potenciáli sa vie málo. Okrem týchto proteínov lišajníky produkujú aj sekundárne metabolity, ktorých farmaceutický potenciál nie je zanedbateľný. Izolácia týchto unikátnych látok je však kľúčová a náročná. Cieľom doktorandského projektu je systematická identifikácia a charakterizácia proteínov s vysokým biotechnologickým potenciálom kódovaných v genómoch lišajníkových symbióz. Práca využíva metódy komparatívnej genomiky a bioinformatiky na vyhľadávanie unikátnych biosyntetických génových klastrov a enzýmov zapojených do metabolizmu špecifických lichenofytov. Vybrané kandidátske gény budú následne podrobené klonovaniu a heterológnej expresii, čo umožní zisk funkčných proteínov v laboratórnych podmienkach. Ďalším cieľom bude izolácia a identifikácia sekundárnych metabolitov pomocou Flash chromatografie, najefektívnejšia separácia, tvorba protokolov či derivátoch získaných metabolitov s cieľom zvýšenia ich biologického potenciálu v oblasti farmakológie. Nadväzujúca fáza výskumu sa sústredí na detailnú biochemickú a štrukturálnu analýzu získaných produktov s cieľom objasniť vzťah medzi ich stavbou a katalytickými vlastnosťami. Projekt prináša inovatívny pohľad na využitie genetického bohatstva lišajníkov ako zdroja nových biokatalyzátorov pre priemyselnú biotransformáciu a farmakológiu. Výsledky práce prispejú k rozvoju efektívnych postupov pri produkcii predtým ťažko dostupných prírodných látok v kontrolovaných podmienkach.6Kľúčové slováENbiosynthetic gene clusters, heterologous expression, lichens, primary succession, secondary metabolites, stress proteins, symbiosis6Kľúčové slováSKbiosyntetické génové klastre, heterológna expresia, lišajníky, primárna sukcesia, sekundárne metabolity, stresové proteíny, symbióza2026-02-21+01:003.biológiaFRdfyziológia rastlínENBiologyPlant physiology